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- PDB-3vfp: crystal structure of HLA B*3508 LPEP158G, HLA mutant Gly158 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vfp
タイトルcrystal structure of HLA B*3508 LPEP158G, HLA mutant Gly158
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • LPEP peptide from EBV, LPEPLPQGQLTAY
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA B*3508 / Epstein Barr virus / TCR / T cell / antigen-presenting molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions ...symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / sequence-specific DNA binding / learning or memory / protein dimerization activity / immune response / Amyloid fiber formation / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HLA-B*3507 / Lytic switch protein BZLF1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Liu, Y.C. / Rossjohn, J. / Gras, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Energetic Basis Underpinning T-cell Receptor Recognition of a Super-bulged Peptide Bound to a Major Histocompatibility Complex Class I Molecule.
著者: Liu, Y.C. / Chen, Z. / Burrows, S.R. / Purcell, A.W. / McCluskey, J. / Rossjohn, J. / Gras, S.
履歴
登録2012年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: LPEP peptide from EBV, LPEPLPQGQLTAY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2044
ポリマ－45,1453
非ポリマー591
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.993, 81.505, 110.899
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31970.254 Da / 分子数: 1 / 変異: A182G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5MK56
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド LPEP peptide from EBV, LPEPLPQGQLTAY


分子量: 1426.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: BL biochem / 参照: UniProt: P03206*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M ammonium acetate, 16% PEG 4K, 0.1M sodium citrate pH5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
Reflection数: 249836 / Rmerge(I) obs: 0.079 / D res high: 1.7 Å / Num. obs: 36101 / % possible obs: 70.4
Diffraction reflection shell最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.8 Å / Num. obs: 3328 / % possible obs: 41.9 % / Rmerge(I) obs: 0.198
反射最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 70.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 15.003 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 16.55
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 8.12 / Num. measured obs: 24250 / Num. unique obs: 3328 / % possible all: 41.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZHK

1zhk


解像度: 1.85→19.481 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.7983 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 1970 5.04 %
Rwork0.2074 --
obs0.2104 39123 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 71.99 Å2 / Biso mean: 21.1368 Å2 / Biso min: 6.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0717 Å20 Å2-0 Å2
2---5.3922 Å20 Å2
3---7.464 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3186 0 4 480 3670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0044521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7991241
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.89620.47781160.40932416253290
1.8962-1.94750.43581350.34962643277898
1.9475-2.00470.24821440.22472593273798
2.0047-2.06930.24921370.18382679281699
2.0693-2.14320.25791420.18562683282599
2.1432-2.22890.32271390.24722440257991
2.2289-2.33020.40131250.31812483260892
2.3302-2.45280.28711290.209427092838100
2.4528-2.60620.24591460.189826922838100
2.6062-2.80690.27161610.200627122873100
2.8069-3.08830.24841500.195427162866100
3.0883-3.53290.24341500.180927332883100
3.5329-4.44240.20961350.16082746288198
4.4424-19.48240.20271610.174129083069100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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