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万見
- PDB-3vfi: Crystal Structure of a Metagenomic Thioredoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vfi
タイトルCrystal Structure of a Metagenomic Thioredoxin
要素thioredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / Thioredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative thioredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Silicibacter phage DSS3phi2 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Craig, T.K. / Gardberg, A. / Lorimer, D.D. / Burgin Jr., A.B. / Segall, A. / Rohwer, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Metagenomic Thioredoxin
著者: Craig, T.K. / Gardberg, A. / Lorimer, D.D. / Burgin Jr., A.B. / Segall, A. / Rohwer, F.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0701
ポリマ－12,0701
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.219, 55.364, 54.435
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 thioredoxin


分子量: 12069.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Silicibacter phage DSS3phi2 (ファージ)
プラスミド: VCID_5533, pEMB31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4NT42
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.44
詳細: 0.27M Tris-HCL pH 8.44 13.52% (w/v) PEG 1000 13.52% (w/v) PEG 3350 13.52% (w/v) MPD 0.03M NaF 0.03M NaBr 0.03M NaI 0.4uL@ 10mg/mL + 0.4uL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 10095 / Num. obs: 9812 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.73-1.762.10.173550.571172.7
1.76-1.792.50.1424630.62192.4
1.79-1.832.80.1364830.628199.6
1.83-1.862.80.1254890.647199.4
1.86-1.92.90.124920.728199
1.9-1.9530.1054820.8091100
1.95-230.0984990.851199.8
2-2.053.10.0924970.9381100
2.05-2.113.40.1074881.3981100
2.11-2.183.80.1055021.422199.8
2.18-2.264.20.1054951.5181100
2.26-2.354.50.1015041.411100
2.35-2.454.80.1064941.397199.6
2.45-2.584.90.0955031.2251100
2.58-2.755.40.0995171.241100
2.75-2.966.30.1054981.3161100
2.96-3.266.50.0975111.114198.8
3.262-3.736.10.085010.896196.3
3.733-4.6960.0644860.632193.3
4.692-505.90.0475530.325194.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å20.22 Å
Translation2.5 Å20.22 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.4.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2327 461 5%
Rwork0.2008 --
all-9242 -
obs-8781 -
原子変位パラメータBiso max: 70.11 Å2 / Biso mean: 25.0787 Å2 / Biso min: 10.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数822 0 0 67 889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d1.102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.007
LS精密化 シェル解像度: 1.7501→2.0031 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2975 140 -
Rwork0.2239 --
obs-2666 88.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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