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- PDB-3vfh: BlaC E166A CDC-1 Acyl-Intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vfh
タイトルBlaC E166A CDC-1 Acyl-Intermediate
要素Beta-lactamase
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / beta-lactamase / serine hydrolase / serine esterase / acyl-intermediate / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CD6 / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Mire, J.A. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: BlaC-Specific Fluorogenic Probes for Rapid Tuberculosis Detection
著者: Xie, H. / Mire, J.A. / Kong, Y. / Chang, M. / Sacchettini, J.C. / Cirillo, J.D. / Rao, J.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,28613
ポリマ－121,9564
非ポリマー1,3309
水2,054114
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7744
ポリマ－30,4891
非ポリマー2853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9163
ポリマ－30,4891
非ポリマー4272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9163
ポリマ－30,4891
非ポリマー4272
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6793
ポリマ－30,4891
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.396, 97.459, 110.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase / Penicillinase


分子量: 30489.074 Da / 分子数: 4 / 変異: E166A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: blaA, blaC, MT2128, MTCY49.07c, Rv2068c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CD6 / (2R)-5-methylidene-2-{(1R)-2-oxo-1-[(phenylacetyl)amino]ethyl}-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid


分子量: 332.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N2O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97929 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. all: 51168 / Num. obs: 49807 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2.17 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 45.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique allDiffraction-ID% possible all
2.57-2.642491198.8
2.64-2.692448198.5
2.69-2.742505198.7
2.74-2.82464198.7
2.8-2.862450198.5
2.86-2.932492199
2.93-32445198.9
3-3.082507198.9
3.08-3.172504199.5
3.17-3.282481199.3
3.28-3.392516199.6
3.39-3.532483199.6
3.53-3.692494199.6
3.69-3.882517199.7
3.88-4.132524199.7
4.13-4.452521199.4
4.45-4.892486199.1
4.89-5.62523199.3
5.06-7.052530198.9
7.05-502497196.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GDN

2gdn


解像度: 2.57→47.087 Å / SU ML: 0.7 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 2523 5.07 %random 5.07%
Rwork0.2254 ---
obs0.2268 49807 97.36 %-
all-51168 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.903 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8112 Å2-0 Å2-5.2826 Å2
2---7.3641 Å20 Å2
3---1.553 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→47.087 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7928 0 81 114 8123
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17611150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6652928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.57-2.6210.4048860.33381918X-RAY DIFFRACTION71
2.621-2.67450.36771290.3292645X-RAY DIFFRACTION98
2.6745-2.73260.31031210.31682685X-RAY DIFFRACTION98
2.7326-2.79620.34061280.3082632X-RAY DIFFRACTION99
2.7962-2.86610.33341500.29472637X-RAY DIFFRACTION99
2.8661-2.94360.3241570.28492646X-RAY DIFFRACTION99
2.9436-3.03020.3221240.27262628X-RAY DIFFRACTION99
3.0302-3.1280.31181340.26732689X-RAY DIFFRACTION99
3.128-3.23970.26121720.25572640X-RAY DIFFRACTION99
3.2397-3.36940.28741490.25032702X-RAY DIFFRACTION100
3.3694-3.52270.23381550.22472654X-RAY DIFFRACTION100
3.5227-3.70840.24541270.21222703X-RAY DIFFRACTION100
3.7084-3.94060.23791500.20412692X-RAY DIFFRACTION100
3.9406-4.24470.21221290.18992699X-RAY DIFFRACTION100
4.2447-4.67150.19811460.17032687X-RAY DIFFRACTION99
4.6715-5.34670.19551600.17832661X-RAY DIFFRACTION99
5.3467-6.73310.2481610.22612689X-RAY DIFFRACTION99
6.7331-47.09490.23141450.20392677X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2903-0.46481.64083.20780.28013.02640.43750.2208-0.671-0.7346-0.1268-0.02780.670.0261-0.27020.3591-0.0386-0.00120.27490.01370.153527.7173-0.9591-5.8375
22.21330.7510.9522.2130.7922.5578-0.1976-0.06810.61830.1520.05390.0402-0.29010.34860.14540.331-0.0530.02840.22350.01680.268834.148117.991814.0077
32.41191.37882.23135.20412.04284.4397-0.44-0.47461.4917-0.058-0.29040.6564-0.6053-0.4390.09440.47990.063-0.0440.5161-0.08590.423923.303922.277823.3064
41.37130.2710.34791.43660.84681.0925-0.14550.05380.20850.01890.1049-0.0198-0.27140.10560.04590.2266-0.02690.02010.20810.03440.135333.609112.822310.3218
51.4971-0.59151.32893.5302-1.2042.4464-0.110.0683-0.01220.24550.10380.1119-0.4145-0.06830.10030.1685-0.03560.0060.21520.02810.134125.33123.67513.6486
61.01620.3291.00811.0116-0.46232.8218-0.0941-0.07930.17010.1230.12460.1726-0.157-0.10010.0760.18310.0443-0.01740.1037-0.03770.24396.7038.049127.996
70.6824-0.449-0.07593.5189-0.62292.1681-0.0376-0.04960.2317-0.15220.22860.1898-0.415-0.026-0.17710.20580.02040.08280.1764-0.07540.32630.051410.599131.2243
81.0599-0.10941.12151.5554-0.42522.3139-0.0691-0.06340.0248-0.13090.02610.0192-0.19140.08520.02980.16910.00410.03880.1464-0.04140.179211.2507-1.329535.3826
95.2417-2.05192.16361.8751-1.49872.82370.03850.08320.2276-0.2039-0.1108-0.1922-0.05880.05490.10950.29750.0380.01710.2344-0.04430.239626.8967-21.3316-3.0534
103.3091-0.0020.13860.8655-0.93681.95820.1491-0.408-0.58970.00750.40220.61130.3793-0.4364-0.20260.2629-0.0237-0.01530.25620.14230.48498.3402-35.298514.6325
112.4881-0.6974-0.38812.9513-0.93512.57290.1965-0.3408-0.314-0.0650.1979-0.49660.53170.504-0.44990.25970.0969-0.25150.0844-0.04370.453513.3618-41.56743.3712
122.88560.1402-0.05422.0352-0.52971.5067-0.0785-0.0317-0.12310.03170.16940.19560.25290.04-0.09540.13420.0296-0.01410.0862-0.01650.111816.1718-23.24766.161
135.66881.67892.022.2574-0.67992.61880.0688-0.26110.80380.5369-0.0120.5761-0.6249-0.3669-0.18090.35610.09110.18810.27660.06960.26868.8905-22.285649.8039
141.5043-0.63080.62951.55080.09831.49720.05380.0782-0.16270.04510.1419-0.32510.32930.2327-0.03320.51770.02690.01010.16260.1694-0.019124.8767-36.290843.4661
152.4936-0.60641.32653.25251.38681.64610.53250.6342-0.5629-0.4869-0.41660.2990.62240.0965-0.28660.6620.1448-0.06390.4296-0.04570.24725.2653-44.603827.1776
161.2061-0.81030.6121.5696-0.13610.6059-0.0783-0.1576-0.09730.12820.1050.08450.1911-0.03230.02470.3122-0.01220.03440.2130.04480.123723.2018-35.3342.0002
172.49710.33450.54172.8151-0.8931.2081-0.2254-0.0385-0.2707-0.32480.30260.26250.1177-0.236-0.05340.2134-0.01880.04070.20860.06470.139912.1388-26.763742.0744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 29:60)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 61:102)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 103:118)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 119:229)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 230:293)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 29:144)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 145:212)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 213:293)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND (RESSEQ 29:57)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND (RESSEQ 58:144)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESSEQ 145:179)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESSEQ 180:293)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN D AND (RESSEQ 29:57)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN D AND (RESSEQ 58:92)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN D AND (RESSEQ 93:131)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND (RESSEQ 132:238)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESSEQ 240:293)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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