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万見
- PDB-3ve6: Crystal Structure Analysis of Venezuelan Equine Encephalitis Viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ve6
タイトルCrystal Structure Analysis of Venezuelan Equine Encephalitis Virus Capsid Protein NLS and Importin Alpha
要素
  • Importin subunit alpha-2
  • Venezuelan equine encephalitis virus capsid protein NLS
キーワードPROTEIN BINDING / importin / importin alpha / Venezuelan equine encephalitis virus / capsid protein NLS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host transcription / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / togavirin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / T=4 icosahedral viral capsid / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding ...symbiont-mediated suppression of host transcription / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / togavirin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / T=4 icosahedral viral capsid / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / DNA-binding transcription factor binding / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / postsynaptic density / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / glutamatergic synapse / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin E-set / Armadillo-type fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Importin subunit alpha-1 / Togavirin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.829 Å
データ登録者Fan, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of Venezuelan Equine Encephalitis Virus Capsid Protein NLS and Importin Alpha
著者: Fan, F.
履歴
登録2012年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22012年3月28日Group: Source and taxonomy
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-2
B: Venezuelan equine encephalitis virus capsid protein NLS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4582
ポリマ－47,4582
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1613.2 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.950, 89.750, 99.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-2 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 46184.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Venezuelan equine encephalitis virus capsid protein NLS


分子量: 1273.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WCF8, UniProt: P09592*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.91 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: vapor diffusion, hanging drop

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953692
検出器日付: 2010年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953692 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.829→50.937 Å / Num. obs: 17446 / Biso Wilson estimate: 53.2 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX2011_12_24_0706精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.829→50.937 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.85 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2702 882 5.06 %
Rwork0.2263 --
obs0.2285 17446 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.903 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 161.01 Å2 / Biso mean: 61.043 Å2 / Biso min: 16.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.829→50.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3336 0 0 0 3336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0013395
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4624622
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7571249
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.829-3.00640.30981530.281726882841
3.0064-3.23840.35131370.264327262863
3.2384-3.56430.2851570.253527092866
3.5643-4.07980.31081330.223127582891
4.0798-5.13940.22591580.200827612919
5.1394-50.94490.23631440.207329223066

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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