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- PDB-3vcm: Crystal structure of human prorenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vcm
タイトルCrystal structure of human prorenin
要素(prorenin) x 2
キーワードHYDROLASE / aspartic proteases / prorenin receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / amyloid-beta metabolic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins ...renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / amyloid-beta metabolic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cell maturation / angiotensin maturation / response to cAMP / insulin-like growth factor receptor binding / hormone-mediated signaling pathway / kidney development / regulation of blood pressure / male gonad development / apical part of cell / cellular response to xenobiotic stimulus / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Morales, R. / Watier, Y. / Bocskei, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Human Prorenin Structure Sheds Light on a Novel Mechanism of Its Autoinhibition and on Its Non-Proteolytic Activation by the (Pro)renin Receptor.
著者: Morales, R. / Watier, Y. / Bocskei, Z.
履歴
登録2012年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: prorenin
B: prorenin
P: prorenin
Q: prorenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8945
ポリマ－83,6734
非ポリマー2211
水1,74797
1
A: prorenin
P: prorenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0583
ポリマ－41,8372
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15850 Å2
手法PISA
2
B: prorenin
Q: prorenin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8372
ポリマ－41,8372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.420, 104.420, 237.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 prorenin / Angiotensinogenase


分子量: 36721.508 Da / 分子数: 2 / 断片: renin (UNP residues 67-406) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00797, renin
#2: タンパク質・ペプチド prorenin / Angiotensinogenase


分子量: 5115.053 Da / 分子数: 2 / 断片: activation peptide (UNP residues 24-66) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REN / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00797, renin
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris-propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.93→50 Å / Num. obs: 29148 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 61.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.93→3.09 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4176 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.9.7精密化
MOSFLMデータ削減
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.93→36.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8729 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8289 / SU R Cruickshank DPI: 0.599 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.634 / SU Rfree Blow DPI: 0.321 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.322
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2478 1476 5.08 %RANDOM
Rwork0.2118 ---
obs0.2136 29067 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.1356 Å20 Å20 Å2
2---11.1356 Å20 Å2
3---22.2712 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.405 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→36.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5627 0 14 97 5738
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1950SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes842HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5770HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion764SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6318SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5770HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7806HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.7
LS精密化 シェル解像度: 2.93→3.03 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 148 5.28 %
Rwork0.2545 2655 -
all0.2566 2803 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47440.5210.01570.7140.37470.9615-0.0312-0.0614-0.0185-0.02210.0735-0.0177-0.21110.1151-0.0423-0.02190.0184-0.0366-0.0894-0.0279-0.029-39.0214-0.265320.4044
20.5717-0.44820.66670.5675-0.5781.40260.03040.0797-0.055-0.01840.04440.04840.07980.1624-0.0748-0.13760.00280.0087-0.0122-0.0372-0.0118-27.5469-35.9114-0.0196
30.0377-0.02811.0390.61570.44830-0.0096-0.03040.00660.01550.0221-0.0069-0.020.0183-0.0125-0.0112-0.0377-0.0117-0.0371-0.0112-0.0105-35.2323-7.28112.5998
40.2673-0.13750.70990.38810.09040.2663-0.00710.00910.0008-0.00130.017-0.0028-0.02350.0192-0.0098-0.03610.03380.0033-0.0011-0.0196-0.0094-26.2546-26.54075.2329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A-5 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B4 - 326
3X-RAY DIFFRACTION3{ P|* }P6 - 43
4X-RAY DIFFRACTION4{ Q|* }Q6 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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