+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vbl | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the S84C mutant of AntD, an N-acyltransferase from Bacillus cereus in complex with dTDP-4-amino-4,6-dideoxyglucose and Coenzyme A | ||||||
要素 | Galactoside O-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / anthrose / acylated sugar / left-handed beta helix / sugar N-acylation | ||||||
機能・相同性 | Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Mainly Beta / dTDP-4-amino-4,6-dideoxyglucose / BICARBONATE ION / COENZYME A / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kubiak, R.L. / Holden, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Structural Studies of AntD: An N-Acyltransferase Involved in the Biosynthesis of d-Anthrose. 著者: Kubiak, R.L. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vbl.cif.gz | 137.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3vbl.ent.gz | 107.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vbl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3vbl_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3vbl_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3vbl_validation.xml.gz | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3vbl_validation.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/3vbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/3vbl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ACE
#1: タンパク質 | 分子量: 22768.359 Da / 分子数: 3 / 変異: S84C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: SJ1 / 遺伝子: antd, BCSJ1_02085 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 DE3 / 参照: UniProt: D7WGJ0, galactoside O-acetyltransferase |
---|
-非ポリマー , 5種, 343分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH), 2% isopropanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月8日 / 詳細: Montel |
放射 | モノクロメーター: Nickel filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→33.953 Å / Num. all: 53668 / Num. obs: 52194 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 7076 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 92.1 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: IN-HOUSE MIR MODEL 解像度: 1.9→33.953 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.087 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.566 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.953 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
|