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- PDB-3k9y: Crystal structure of rat mitochondrial P450 24A1 S57D in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k9y
タイトルCrystal structure of rat mitochondrial P450 24A1 S57D in complex with CYMAL-5
要素1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / MITOCHONDRIAL CYTOCHROME P450 / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN / MONOOXYGENASE / VITAMIN D HORMONE METABOLISM / ADRENODOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin D3 24-hydroxylase / 25-hydroxycholecalciferol-24-hydroxylase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 24-hydroxylase activity / 25-hydroxycholecalciferol-23-hydroxylase activity / Vitamins / Vitamin D (calciferol) metabolism / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process ...vitamin D3 24-hydroxylase / 25-hydroxycholecalciferol-24-hydroxylase activity / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 24-hydroxylase activity / 25-hydroxycholecalciferol-23-hydroxylase activity / Vitamins / Vitamin D (calciferol) metabolism / 1-alpha,25-dihydroxyvitamin D3 23-hydroxylase activity / vitamin D3 25-hydroxylase activity / vitamin D 24-hydroxylase activity / vitamin D catabolic process / vitamin D metabolic process / cellular response to vitamin D / response to vitamin D / osteoblast differentiation / iron ion binding / heme binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, CYP24A, mitochondrial / : / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Annalora, A.J. / Goodin, D.B. / Hong, W. / Zhang, Q. / Johnson, E.F. / Stout, C.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of CYP24A1, a mitochondrial cytochrome P450 involved in vitamin D metabolism.
著者: Annalora, A.J. / Goodin, D.B. / Hong, W.X. / Zhang, Q. / Johnson, E.F. / Stout, C.D.
履歴
登録2009年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
B: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0906
ポリマ－111,8682
非ポリマー2,2224
水00
1
A: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5394
ポリマ－55,9341
非ポリマー1,6063
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5502
ポリマ－55,9341
非ポリマー6161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0906
ポリマ－111,8682
非ポリマー2,2224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4050 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area40720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.297, 81.303, 108.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 1,25-dihydroxyvitamin D(3) 24-hydroxylase, mitochondrial / Vitamin D(3) 24-hydroxylase / 24-OHase / Cytochrome P450 24A1 / P450-CC24


分子量: 55933.773 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 34-514 / 変異: S57D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cyp24, Cyp24a1 / プラスミド: pTRC99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha-FIQ
参照: UniProt: Q09128, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q09128, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CM5 / 5-CYCLOHEXYL-1-PENTYL-BETA-D-MALTOSIDE / 5-CYCLOHEXYLPENTYL 4-O-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / CYMAL-5


分子量: 494.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.09 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl, 0.2M potassium thiocyanate, 0.05M CaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→91.67 Å / Num. all: 32727 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 67.645 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rsym value: 0.166 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 1.332 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 1768 / Rsym value: 1.642 / % possible all: 70.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TQN

1tqn


解像度: 2.8→50 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 1619 -
Rwork0.251 --
all-32345 -
obs-30726 92.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 77.151 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.045 Å20 Å2-18.334 Å2
2---13.505 Å20 Å2
3---12.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7549 0 154 0 7703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.605

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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