PDB-3vbb: Crystal Structure of Seryl-tRNA Synthetase from Human at 2.9 angstroms

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vbb

タイトル

Crystal Structure of Seryl-tRNA Synthetase from Human at 2.9 angstroms

要素

Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

キーワード

LIGASE / COILED-COIL

機能・相同性

機能・相同性情報

selenocysteine-tRNA ligase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor production / selenocysteine incorporation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA modification / Selenocysteine synthesis / negative regulation of angiogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.891 Å

データ登録者

Xu, X.L. / Yang, X.-L.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Unique domain appended to vertebrate tRNA synthetase is essential for vascular development.
著者: Xu, X. / Shi, Y. / Zhang, H.M. / Swindell, E.C. / Marshall, A.G. / Guo, M. / Kishi, S. / Yang, X.L.

履歴

登録	2012年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vbb.cif.gz	529 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vbb.ent.gz	436.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vbb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vbb_validation.pdf.gz	512.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vbb_full_validation.pdf.gz	589.9 KB	表示
XML形式データ	3vbb_validation.xml.gz	96.2 KB	表示
CIF形式データ	3vbb_validation.cif.gz	128.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/3vbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/3vbb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zr3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4orh-2 6p66-1 6blj-2 4ft4-d 1jmz-2 3iyp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (12) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

B: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

C: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

D: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

E: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

F: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

ヘテロ分子

360 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

B: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

D: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

F: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.800, 189.417, 230.589
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic / Serine--tRNA ligase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase 分子量: 59934.379 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SARS, SERS / プラスミド: PET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): E.Coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49591, serine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M tri-sodium citrate pH 7.0, 5mM ATP, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.891→50 Å / Num. all: 114546 / Num. obs: 113515 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 %
反射シェル	解像度: 2.891→3 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.456 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZR3

2zr3

解像度: 2.891→48.593 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2502	5461	5.02 %
R_work	0.1941	-	-
obs	0.1968	108801	94.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.662 Å² / k_sol: 0.318 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.0904 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-18.1712 Å²	-0 Å²
3-	-	-	9.0808 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.891→48.593 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21292	0	32	15	21339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	21776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.305	29394
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.472	8135
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	3264
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3785

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.891-2.924	0.3369	130	0.3107	2318	X-RAY DIFFRACTION	65
2.924-2.9584	0.3514	150	0.2896	2755	X-RAY DIFFRACTION	77
2.9584-2.9945	0.3188	149	0.2969	2942	X-RAY DIFFRACTION	81
2.9945-3.0324	0.3453	151	0.3178	3039	X-RAY DIFFRACTION	86
3.0324-3.0723	0.4222	157	0.3035	3191	X-RAY DIFFRACTION	87
3.0723-3.1144	0.3995	170	0.2876	3240	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1144-3.1589	0.3281	196	0.2668	3302	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1589-3.206	0.3305	170	0.243	3359	X-RAY DIFFRACTION	93
3.206-3.2561	0.3438	195	0.2345	3370	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2561-3.3095	0.2711	160	0.232	3501	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3095-3.3665	0.2765	179	0.2359	3475	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3665-3.4277	0.2988	210	0.2149	3480	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4277-3.4936	0.3066	198	0.2211	3503	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4936-3.5649	0.2503	179	0.209	3505	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5649-3.6424	0.2518	167	0.1949	3638	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6424-3.7271	0.2403	193	0.1921	3543	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7271-3.8203	0.2454	183	0.1902	3577	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8203-3.9235	0.2299	202	0.1823	3577	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9235-4.0389	0.2213	177	0.1682	3624	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0389-4.1692	0.2206	191	0.169	3613	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1692-4.3181	0.2312	185	0.1689	3602	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3181-4.4909	0.2282	189	0.1615	3640	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4909-4.6951	0.2043	180	0.1447	3652	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6951-4.9425	0.2109	175	0.1474	3649	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9425-5.2518	0.216	205	0.1751	3639	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2518-5.6567	0.2562	209	0.2028	3639	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6567-6.2249	0.298	197	0.2138	3684	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2249-7.1233	0.2307	177	0.1907	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1233-8.9653	0.2035	207	0.1638	3743	X-RAY DIFFRACTION	100
8.9653-48.5998	0.2291	230	0.192	3821	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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