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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6blj
タイトルCrystal structure of cytoplasmic Serine-tRNA ligase from Naegleria fowleri in complex with AMP
要素Serine-tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Naegleria fowleri / cystsolic serine--trna ligase / Adenosine monophosphate / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ADENOSINE MONOPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of cytoplasmic Serine-tRNA ligase from Neisseria fowlerii in complex with AMP
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年1月10日Group: Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_assembly ...atom_site / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine-tRNA ligase
B: Serine-tRNA ligase
C: Serine-tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,1369
ポリマ-165,9093
非ポリマー1,2286
18,3571019
1
A: Serine-tRNA ligase
B: Serine-tRNA ligase
C: Serine-tRNA ligase
ヘテロ分子

B: Serine-tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,84912
ポリマ-221,2124
非ポリマー1,6378
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
2
A: Serine-tRNA ligase
C: Serine-tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4246
ポリマ-110,6062
非ポリマー8194
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area37140 Å2
手法PISA
3
B: Serine-tRNA ligase
ヘテロ分子

B: Serine-tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4246
ポリマ-110,6062
非ポリマー8194
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area35990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.190, 168.190, 111.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-658-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -2 through 9 or (resid 10...
21(chain B and (resid -2 through 9 or (resid 10...
31(chain C and (resid -2 through 19 or resid 21...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISGLUGLU(chain A and (resid -2 through 9 or (resid 10...AA-2 - 96 - 17
12TYRTYRLYSLYS(chain A and (resid -2 through 9 or (resid 10...AA10 - 1118 - 19
13HISHISASNASN(chain A and (resid -2 through 9 or (resid 10...AA-2 - 4776 - 485
14HISHISASNASN(chain A and (resid -2 through 9 or (resid 10...AA-2 - 4776 - 485
15HISHISASNASN(chain A and (resid -2 through 9 or (resid 10...AA-2 - 4776 - 485
16HISHISASNASN(chain A and (resid -2 through 9 or (resid 10...AA-2 - 4776 - 485
21HISHISGLUGLU(chain B and (resid -2 through 9 or (resid 10...BB-2 - 96 - 17
22TYRTYRLYSLYS(chain B and (resid -2 through 9 or (resid 10...BB10 - 1118 - 19
23HISHISASNASN(chain B and (resid -2 through 9 or (resid 10...BB-2 - 4776 - 485
24HISHISASNASN(chain B and (resid -2 through 9 or (resid 10...BB-2 - 4776 - 485
25HISHISASNASN(chain B and (resid -2 through 9 or (resid 10...BB-2 - 4776 - 485
26HISHISASNASN(chain B and (resid -2 through 9 or (resid 10...BB-2 - 4776 - 485
31HISHISARGARG(chain C and (resid -2 through 19 or resid 21...CC-2 - 196 - 27
32SERSERLYSLYS(chain C and (resid -2 through 19 or resid 21...CC21 - 12929 - 137
33GLNGLNLYSLYS(chain C and (resid -2 through 19 or resid 21...CC130 - 131138 - 139
34HISHISASNASN(chain C and (resid -2 through 19 or resid 21...CC-2 - 4776 - 485
35HISHISASNASN(chain C and (resid -2 through 19 or resid 21...CC-2 - 4776 - 485
36HISHISASNASN(chain C and (resid -2 through 19 or resid 21...CC-2 - 4776 - 485
37HISHISASNASN(chain C and (resid -2 through 19 or resid 21...CC-2 - 4776 - 485

-
要素

#1: タンパク質 Serine-tRNA ligase


分子量: 55302.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
遺伝子: Nfow_scaffold00184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1019 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Microlytic MCSG1 screen, B8:25.5% PEG 4000, 15% glycerol, 170mM NaOAc: NafoA.01238.a.B1.PW37973 at 32.5mg/ml + 3mM L-Serine + 3mM AMPPNP + 3mM MgCl2: cryo: direct: tray 286789b8, puck PEM7-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月14日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.047 Å / Num. obs: 105635 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.457 % / Biso Wilson estimate: 31.28 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 18.67
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.157.5610.5444.3177380.8970.584100
2.15-2.217.5610.4515.2375850.9280.484100
2.21-2.287.5790.3836.0973550.9470.411100
2.28-2.357.5820.327.0971690.9620.34499.9
2.35-2.427.550.2528.8169140.9760.271100
2.42-2.517.540.20210.7267210.9830.21799.9
2.51-2.67.5360.16512.6764920.9890.17899.9
2.6-2.717.5280.13615.0262470.9910.14699.9
2.71-2.837.4820.10917.6759760.9940.11799.9
2.83-2.977.5030.09120.6957480.9950.09799.8
2.97-3.137.4510.07424.1954450.9970.07999.8
3.13-3.327.3910.06527.3851520.9970.0799.7
3.32-3.557.3350.05431.548690.9970.05899.7
3.55-3.837.2910.04934.3845350.9980.05399.7
3.83-4.27.2530.04436.8941810.9980.04799.7
4.2-4.77.2250.03839.2437950.9990.04199.5
4.7-5.427.2480.03639.5533540.9990.03999.7
5.42-6.647.3520.03538.6728740.9990.03899.7
6.64-9.397.2330.03140.4422390.9990.03399.6
9.39-42.0476.6770.02840.9312460.9980.0395.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MoRDa3.22位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3lsq via Morda
解像度: 2.1→42.047 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1911 1960 1.86 %0
Rwork0.1582 ---
obs0.1588 105584 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.48 Å2 / Biso mean: 40.2529 Å2 / Biso min: 13.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→42.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10450 0 81 1029 11560
Biso mean--32.87 44.42 -
残基数----1339
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A5767X-RAY DIFFRACTION6.386TORSIONAL
12B5767X-RAY DIFFRACTION6.386TORSIONAL
13C5767X-RAY DIFFRACTION6.386TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.15250.21741470.179873207467100
2.1525-2.21070.20371610.174173217482100
2.2107-2.27580.20681210.168573957516100
2.2758-2.34920.24471470.170673747521100
2.3492-2.43320.20881340.165373577491100
2.4332-2.53060.19991300.164573607490100
2.5306-2.64570.21221280.164173897517100
2.6457-2.78520.20771320.16574037535100
2.7852-2.95970.20321140.170674067520100
2.9597-3.18810.20131460.169373947540100
3.1881-3.50880.18941440.158874097553100
3.5088-4.01620.17141650.143673947559100
4.0162-5.05860.16311290.126875087637100
5.0586-42.05590.18981620.17437594775699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8478-0.63421.73770.501-1.13915.0795-0.0991-0.23050.04360.13180.1135-0.09930.0163-0.2273-0.02570.3889-0.03280.01130.5035-0.00960.2902-3.731346.839333.9876
21.10250.15430.12590.7834-0.08011.09420.0997-0.03240.12620.0221-0.06150.043-0.1068-0.1805-0.04010.24050.042-0.00160.18620.00730.24981.97563.7913-13.0636
32.8001-0.3595-0.41042.1511-0.0061.96940.0440.49830.1341-0.41280.0805-0.39660.0060.0454-0.17370.41620.01120.09980.31870.06350.313322.899540.2712-41.1015
44.538-0.2131-2.86630.20160.10422.10870.4525-0.76760.4655-0.0024-0.0048-0.7672-0.26460.9281-0.39480.4326-0.09580.14620.86960.02850.846240.387544.6323-37.5455
51.45680.024-0.41830.6421-0.01811.41360.05290.04980.1194-0.0464-0.02110.11640.0001-0.4942-0.03260.1778-0.0079-0.02080.23260.00580.2191-6.299730.8342-7.7871
60.7668-0.2842-0.11180.49930.29391.73170.02820.05650.0572-0.0476-0.0576-0.06070.1083-0.02350.03170.2263-0.0227-0.02170.15790.0230.190215.276524.714-11.0972
71.7414-0.3562-0.59890.9180.22171.87660.05360.19830.0102-0.1364-0.03360.01290.1286-0.1951-0.00190.2246-0.0477-0.03540.1543-0.00580.16384.535125.8402-18.4047
84.8224-2.6714-2.27264.30110.75313.0888-0.1062-0.2436-0.31690.11650.00160.34650.5177-0.37410.12930.3006-0.16260.00680.33690.01330.2435-10.043315.75343.5458
90.6967-0.8746-0.44062.9490.91171.5822-0.02860.0930.0819-0.11130.0279-0.81860.40890.6153-0.10690.4490.14020.10620.5666-0.00750.627151.854760.9386-21.362
101.0590.33170.05231.33960.06030.96580.03570.06290.0275-0.0716-0.0605-0.2243-0.11950.10530.02120.2644-0.0107-0.0090.19860.03370.288128.124274.2902-15.2475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 141 )A-2 - 141
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 142 through 477 )A142 - 477
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid -2 through 61 )B-2 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 62 through 141 )B62 - 141
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 142 through 210 )B142 - 210
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 211 through 311 )B211 - 311
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 312 through 451 )B312 - 451
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 452 through 477 )B452 - 477
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid -2 through 182 )C-2 - 182
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 183 through 477 )C183 - 477

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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