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- PDB-3vaw: Crystal structure of a smt fusion peptidyl-prolyl cis-trans isome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vaw
タイトルCrystal structure of a smt fusion peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with surface mutation v3i from burkholderia pseudomallei complexed with fk506
要素Ubiquitin-like protein SMT3,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードIsomerase / PROTEIN BINDING/INHIBITOR / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / SUMOylation of DNA replication proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein tag activity / protein folding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) ...Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / Ubiquitin-like protein SMT3 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014
タイトル: A structural biology approach enables the development of antimicrobials targeting bacterial immunophilins.
著者: Begley, D.W. / Fox, D. / Jenner, D. / Juli, C. / Pierce, P.G. / Abendroth, J. / Muruthi, M. / Safford, K. / Anderson, V. / Atkins, K. / Barnes, S.R. / Moen, S.O. / Raymond, A.C. / Stacy, R. / ...著者: Begley, D.W. / Fox, D. / Jenner, D. / Juli, C. / Pierce, P.G. / Abendroth, J. / Muruthi, M. / Safford, K. / Anderson, V. / Atkins, K. / Barnes, S.R. / Moen, S.O. / Raymond, A.C. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Harmer, N.J. / Norville, I.H. / Holzgrabe, U. / Sarkar-Tyson, M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2011年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年4月9日Group: Other
改定 1.32017年5月31日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like protein SMT3,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8202
ポリマ－23,0161
非ポリマー8041
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.940, 31.380, 81.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 23015.857 Da / 分子数: 1 / 断片: Q12306 RESIDUES 13-99, Q3JK38 RESIDUES 2-113 / 変異: V3I,V3I / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FUSION PROTEIN
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: ATCC 204508 / S288c, 1710b / 遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, BURPS1710b_A0907 / プラスミド: pET28-HisSMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q12306, UniProt: Q3JK38, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス


分子量: 804.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.96 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Internal tracking number 226593. PACT well H3. 0.2M Sodium Iodide, 0.1M Bis-Tris Propane, pH 8.5, 20.0% w/v PEG3350, 30% PEG400 Cryo. BupsA.00130.a.D24 PD00194 19.6mg/ml., vapor diffusion, ...詳細: Internal tracking number 226593. PACT well H3. 0.2M Sodium Iodide, 0.1M Bis-Tris Propane, pH 8.5, 20.0% w/v PEG3350, 30% PEG400 Cryo. BupsA.00130.a.D24 PD00194 19.6mg/ml., vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月17日
放射モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40.47 Å / Num. all: 22924 / Num. obs: 22306 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.88 % / Biso Wilson estimate: 19.899 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 24.33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.55-1.590.1514.82169117070.5
1.59-1.630.167.15329162396.4
1.63-1.680.1369.461581548100
1.68-1.730.11411.26406156699.9
1.73-1.790.09313.76114148199.9
1.79-1.850.07915.86028146699.9
1.85-1.920.06419.157211394100
1.92-20.05235608135999.9
2-2.090.04525.85366130899.9
2.09-2.190.0428.95066123199.9
2.19-2.310.03730.24819117199.7
2.31-2.450.03333.44595112499.6
2.45-2.620.03135.64277105599.5
2.62-2.830.02938.4394797399.6
2.83-3.10.02940.8371091799.6
3.1-3.470.02744.7323182199.6
3.47-40.02547.1283672699.6
4-4.90.02349238662499
4.9-6.930.02448.4187348199.4
6.930.02348.496726891.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3uqa

3uqa


解像度: 1.55→40.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.519 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 1148 5.1 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.166 22924 --
obs0.166 22298 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.153 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å2-0.15 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1395 0 57 154 1606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.582.0092082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87132547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1985196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.1152465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.29115249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3181511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02307
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 71 -
Rwork0.23 1076 -
all-1147 -
obs--70.07 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.5402 Å / Origin y: 0.7207 Å / Origin z: 20.748 Å
111213212223313233
T0.0116 Å20.0009 Å20.0053 Å2-0.0194 Å2-0.0017 Å2--0.0164 Å2
L0.0168 °2-0.0894 °20.0108 °2-0.5275 °2-0.1283 °2--0.236 °2
S0.0096 Å °-0.0008 Å °0.0025 Å °-0.0633 Å °-0.0087 Å °-0.0284 Å °-0.0045 Å °-0.014 Å °-0.001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-77 - 1
2X-RAY DIFFRACTION1A2 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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