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- PDB-3vad: Crystal structure of I170F mutant branched-chain alpha-ketoacid d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vad
タイトルCrystal structure of I170F mutant branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase in complex with 3,6-dichlorobenzo[b]thiophene-2-carboxylic acid
要素[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / GHKL protein kinase / Allosteric kinase inhibitor / Branched-chain alpha-ketoacid / Branched-chain amino acids / Maple syrup urine disease / Diabetes and obesity / Bergerat nucleotide-binding fold / protein kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine catabolic process / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / L-isoleucine catabolic process / L-leucine catabolic process / oxoglutarate dehydrogenase complex / branched-chain amino acid catabolic process ...[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine catabolic process / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / L-isoleucine catabolic process / L-leucine catabolic process / oxoglutarate dehydrogenase complex / branched-chain amino acid catabolic process / phosphorylation / lipid biosynthetic process / protein serine/threonine phosphatase activity / regulation of glucose metabolic process / spermatogenesis / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / mitochondrial matrix / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain ...Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6-dichloro-1-benzothiophene-2-carboxylic acid / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.602 Å
データ登録者Ahmed, K. / Gui, W.J. / Tso, S.C. / Chuang, J.L. / Wynn, R.M. / Chuang, D.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of I170F mutant branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase in complex with 3,6-dichlorobenzo[b]thiophene-2-carboxylic acid
著者: Ahmed, K. / Gui, W.J. / Tso, S.C. / Chuang, J.L. / M Wynn, R. / Chuang, D.T.
履歴
登録2011年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3936
ポリマ－47,4081
非ポリマー9855
水362
1
A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,78612
ポリマ－94,8172
非ポリマー1,97010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area10680 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area56390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)128.079, 128.079, 74.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / BCKD-kinase / BCKDHKIN


分子量: 47408.262 Da / 分子数: 1 / 変異: F170I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Bckdk / プラスミド: pTrckHisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-GroESL
参照: UniProt: Q00972, [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase

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非ポリマー , 5種, 7分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-0F1 / 3,6-dichloro-1-benzothiophene-2-carboxylic acid


分子量: 247.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H4Cl2O2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG8000, 0.1 M Tris, 1.9 M NaCl, 250mM KCl, 400mM Arg-HCl,2mM MgCl2, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 19456 / Num. obs: 19442 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.877 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique all: 958 / Rsym value: 0.746 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.7.1_743位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.602→40.502 Å / SU ML: 0.81 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 26.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2761 991 5.13 %random
Rwork0.2264 ---
obs0.2288 19328 99.35 %-
all-19454 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.652 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.261 Å2-0 Å20 Å2
2---0.261 Å20 Å2
3---0.522 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.602→40.502 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2505 0 57 2 2564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.373632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1831009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6015-2.73870.36051410.28522529X-RAY DIFFRACTION98
2.7387-2.91020.36721540.2722536X-RAY DIFFRACTION100
2.9102-3.13480.28481330.25132589X-RAY DIFFRACTION99
3.1348-3.45020.30961530.24192592X-RAY DIFFRACTION99
3.4502-3.9490.25811480.22592603X-RAY DIFFRACTION100
3.949-4.97390.24591410.19962661X-RAY DIFFRACTION100
4.9739-40.5070.26161210.22092827X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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