PDB-3vac: Crystal Structure of the CFA/I Enterotoxigenic E. coli adhesin Cf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vac

タイトル

Crystal Structure of the CFA/I Enterotoxigenic E. coli adhesin CfaE mutant G168D

要素

CFA/I fimbrial subunit E

キーワード

CELL ADHESION / Ig fold / CFA/I ETEC adhesin

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Liu, Y. / Esser, L. / Xia, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Tight Conformational Coupling between the Domains of the Enterotoxigenic Escherichia coli Fimbrial Adhesin CfaE Regulates Binding State Transition.
著者: Liu, Y. / Esser, L. / Interlandi, G. / Kisiela, D.I. / Tchesnokova, V. / Thomas, W.E. / Sokurenko, E. / Xia, D. / Savarino, S.J.

履歴

登録	2011年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月24日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vac.cif.gz	291.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vac.ent.gz	238.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vac.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vac_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vac_full_validation.pdf.gz	480.9 KB	表示
XML形式データ	3vac_validation.xml.gz	36.8 KB	表示
CIF形式データ	3vac_validation.cif.gz	49.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3vac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3vac	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hb0
類似構造データ	2hb0-2 2hb0-1 6p2a-2 3ejc-d 30622 6p2a-1 1284 5hj0-d 4o8w-1 1qoy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CFA/I fimbrial subunit E

B: CFA/I fimbrial subunit E

78.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFA/I fimbrial subunit E

登録者が定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CFA/I fimbrial subunit E

登録者が定義した集合体
39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.066, 126.364, 78.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.490, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	23 - 200	1 - 178
2	1	ALA	ALA	ASP	ASP	B	B	23 - 200	1 - 178
1	2	LYS	LYS	VAL	VAL	A	A	201 - 378	179 - 356
2	2	LYS	LYS	VAL	VAL	B	B	201 - 378	179 - 356

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	CFA/I fimbrial subunit E / dscCfaE / Colonization factor antigen I subunit E 分子量: 39393.168 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-360 / 変異: G168D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cfaE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25734
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.8, 1.5 M sodium chloride, 18% PEG4000, 50 mM guanidine chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 33308 / % possible obs: 95.3 % / R_merge(I) obs: 0.098

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→46.777 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 20.889 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.497 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	1498	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1836	-	-	-
all	0.194	-	-	-
obs	0.1861	30301	98.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.59 Å² / B_iso mean: 56.054 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.85 Å²	0 Å²	-1.78 Å²
2-	-	1.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.777 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5536	0	0	249	5785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	5649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.712	1.96	7676
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.883	5	710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	45.218	25.276	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.017	15	966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.728	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.12	1.5	3544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.093	2	5742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.426	3	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.039	4.5	1934

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1382	TIGHT POSITIONAL	0.1	0.05
1	1382	TIGHT THERMAL	0.19	0.5
2	1386	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	1386	TIGHT THERMAL	0.09	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	110	-
R_work	0.268	1889	-
all	-	1999	-
obs	-	-	87.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3775	0.2023	1.4563	0.1719	0.105	1.9883	-0.0039	0.0036	0.0977	-0.0875	-0.0897	0.0038	0.0523	0.1022	0.0937	0.0699	0.0312	0.0071	0.1086	0.0307	0.0425	39.4794	-0.2947	60.667
2	2.7074	0.9728	0.0347	4.0189	1.5766	2.8483	-0.1486	-0.0949	-0.0804	-0.1439	-0.3096	0.6049	0.5239	-0.4767	0.4582	0.255	-0.1118	-0.0152	0.0927	-0.0591	0.1565	5.4435	-21.6969	31.0615
3	0.8576	0.1689	0.7048	0.4801	0.7018	2.6492	0.0282	0.2288	0.0344	0.0553	0.0459	-0.0425	0.023	-0.0851	-0.074	0.0145	0.0112	-0.013	0.1437	0.0204	0.047	14.0432	0.7126	9.0622
4	1.1092	0.4542	-0.9074	3.0938	1.9558	4.1182	0.1653	0.0117	0.1936	0.4988	-0.1847	0.1204	-0.155	-0.2738	0.0194	0.2438	0.0317	-0.0265	0.0344	-0.0236	0.059	15.0484	21.3256	54.7623

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 200
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	201 - 378
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	23 - 200
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	201 - 378

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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