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- PDB-3v9t: Crystal structure of the PPARgamma-LBD complexed with a cercospor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v9t
タイトルCrystal structure of the PPARgamma-LBD complexed with a cercosporamide derivative modulator
要素
  • Peptide from Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION REGULATOR / three-layered alpha-helical sandwich / transcription regulation / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION REGULATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / negative regulation of extracellular matrix assembly / response to muscle activity / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of fatty acid oxidation / prostaglandin receptor activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / negative regulation of extracellular matrix assembly / response to muscle activity / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / arachidonate binding / cellular respiration / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / lncRNA binding / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / temperature homeostasis / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / response to starvation / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / fatty acid oxidation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / response to dietary excess / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / white fat cell differentiation / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of MAPK cascade / BMP signaling pathway / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / retinoic acid receptor signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / energy homeostasis / cell maturation / epithelial cell differentiation / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of signaling receptor activity / digestion / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of angiogenesis / RNA splicing / respiratory electron transport chain / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor coactivator activity / Regulation of PTEN gene transcription / gluconeogenesis / transcription coregulator binding / fatty acid metabolic process / mitochondrion organization / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / placenta development / PPARA activates gene expression
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-17L / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Matsui, Y. / Hanzawa, H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Substituents at the naphthalene C3 position of (-)-Cercosporamide derivatives significantly affect the maximal efficacy as PPAR(gamma) partial agonists
著者: Furukawa, A. / Arita, T. / Fukuzaki, T. / Satoh, S. / Mori, M. / Honda, T. / Matsui, Y. / Wakabayashi, K. / Hayashi, S. / Araki, K. / Ohsumi, J.
履歴
登録2011年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
C: Peptide from Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0093
ポリマ－34,4802
非ポリマー5301
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.889, 54.614, 66.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 32412.576 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain, UNP residues 234-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PGC-1-alpha / PPAR-gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6


分子量: 2067.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 化合物 ChemComp-17L / (9aS)-8-acetyl-N-[(3-ethoxynaphthalen-1-yl)methyl]-1,7-dihydroxy-3-methoxy-9a-methyl-9-oxo-9,9a-dihydrodibenzo[b,d]furan-4-carboxamide


分子量: 529.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H27NO8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, sodium thiocyanate, Tris-hydrochloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 37110 / Num. obs: 36869 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 %
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3 % / Num. unique all: 3491 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
CNS精密化
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LMP

3lmp


解像度: 1.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.838 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21878 3392 10.1 %RANDOM
Rwork0.20176 ---
obs0.2035 30353 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å2-0.3 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2134 0 39 219 2392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0032.0212980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80433685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.375264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58725.38591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.26315427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.128158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5411.51335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0941.5535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06922157
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6133874
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7414.5823
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 257 -
Rwork0.251 2218 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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