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- PDB-3v8s: Human RHO-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 1 (ROCK 1) IN COMPLEX WITH IN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v8s
タイトルHuman RHO-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 1 (ROCK 1) IN COMPLEX WITH INDAZOLE DERIVATIVE (COMPOUND 18)
要素Rho-associated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KINASE / DIMERIZATION / MYOSIN / TRANSFERASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apical constriction / podocyte cell migration / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of phosphatase activity / myoblast migration / membrane to membrane docking / regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta ...apical constriction / podocyte cell migration / regulation of angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of phosphatase activity / myoblast migration / membrane to membrane docking / regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of connective tissue replacement / response to transforming growth factor beta / regulation of cell junction assembly / negative regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of dephosphorylation / bleb / negative regulation of amyloid precursor protein catabolic process / embryonic morphogenesis / neuron projection arborization / bleb assembly / leukocyte tethering or rolling / negative regulation of biomineral tissue development / regulation of cell motility / positive regulation of amyloid-beta clearance / regulation of establishment of endothelial barrier / regulation of synapse maturation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHO GTPases Activate ROCKs / regulation of stress fiber assembly / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / response to angiotensin / aortic valve morphogenesis / cortical actin cytoskeleton organization / motor neuron apoptotic process / RHOBTB1 GTPase cycle / regulation of neuron differentiation / RND3 GTPase cycle / regulation of establishment of cell polarity / tau-protein kinase activity / regulation of focal adhesion assembly / leukocyte migration / leukocyte cell-cell adhesion / RHOB GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RHOC GTPase cycle / mRNA destabilization / negative regulation of amyloid-beta formation / regulation of synaptic vesicle endocytosis / mitotic cytokinesis / RHOH GTPase cycle / smooth muscle contraction / positive regulation of focal adhesion assembly / RHOA GTPase cycle / Rho protein signal transduction / epithelial to mesenchymal transition / regulation of cell adhesion / ruffle / positive regulation of autophagy / EPHB-mediated forward signaling / negative regulation of protein binding / centriole / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of angiogenesis / regulation of cell migration / blood vessel diameter maintenance / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / small GTPase binding / tau protein binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cytoplasmic stress granule / neuron projection development / G alpha (12/13) signalling events / lamellipodium / peptidyl-serine phosphorylation / actin cytoskeleton organization / secretory granule lumen / Potential therapeutics for SARS / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity
類似検索 - 分子機能
Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Rho-associated protein kinase 1, HR1 / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / : / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(1H-indazol-5-yl)-3-(2-phenylethyl)urea / Rho-associated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.286 Å
データ登録者Martin, M.P. / Zhu, J.-Yi. / Schonbrunn, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Fragment-based and structure-guided discovery and optimization of rho kinase inhibitors.
著者: Li, R. / Martin, M.P. / Liu, Y. / Wang, B. / Patel, R.A. / Zhu, J.Y. / Sun, N. / Pireddu, R. / Lawrence, N.J. / Li, J. / Haura, E.B. / Sung, S.S. / Guida, W.C. / Schonbrunn, E. / Sebti, S.M.
履歴
登録2011年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-associated protein kinase 1
B: Rho-associated protein kinase 1
C: Rho-associated protein kinase 1
D: Rho-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,0648
ポリマ－189,9434
非ポリマー1,1214
水15,709872
1
A: Rho-associated protein kinase 1
B: Rho-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5324
ポリマ－94,9712
非ポリマー5612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area36930 Å2
手法PISA
2
C: Rho-associated protein kinase 1
D: Rho-associated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5324
ポリマ－94,9712
非ポリマー5612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area36850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.720, 152.110, 186.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-702-

HOH

21A-824-

HOH

31C-820-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Rho-associated protein kinase 1 / Renal carcinoma antigen NY-REN-35 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 1 / Rho- ...Renal carcinoma antigen NY-REN-35 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase 1 / Rho-associated / coiled-coil-containing protein kinase I / ROCK-I / p160 ROCK-1 / p160ROCK


分子量: 47485.660 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUE 6-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROCK1 / プラスミド: pFB-Dual-PBL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13464, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-0HD / 1-(1H-indazol-5-yl)-3-(2-phenylethyl)urea


分子量: 280.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 872 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 10 MG/ML ROCK1, 25 MM HEPES PH 7.4, 50 MM MES PH 6.5, 2.5% TACSIMATE PH 7.0, 5% PEG 5000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月28日
放射モノクロメーター: MD2 micro diffractometer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.286→20 Å / Num. obs: 96308 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 34.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TV7

3tv7


解像度: 2.286→19.851 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 1938 2.06 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
obs0.1876 94051 97.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.175 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6337 Å20 Å2-0 Å2
2--5.5918 Å20 Å2
3----9.2255 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.286→19.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12878 0 84 872 13834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25517932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1064926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0981880
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062326
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.286-2.34310.21871220.21455643X-RAY DIFFRACTION85
2.3431-2.40630.31351360.20766353X-RAY DIFFRACTION95
2.4063-2.4770.30471410.21316378X-RAY DIFFRACTION95
2.477-2.55680.25941390.20546497X-RAY DIFFRACTION96
2.5568-2.6480.27221350.20956394X-RAY DIFFRACTION96
2.648-2.75370.29441330.20936580X-RAY DIFFRACTION97
2.7537-2.87870.27891390.20786599X-RAY DIFFRACTION98
2.8787-3.030.23821370.20576672X-RAY DIFFRACTION99
3.03-3.21910.25541370.20356733X-RAY DIFFRACTION99
3.2191-3.46640.28591390.19576809X-RAY DIFFRACTION100
3.4664-3.8130.20911420.1756758X-RAY DIFFRACTION100
3.813-4.35970.23261410.15096813X-RAY DIFFRACTION100
4.3597-5.47360.18261460.16086880X-RAY DIFFRACTION100
5.4736-19.85190.19161510.197004X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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