PDB-3v8f: Crystal structure of crosslinked GltPh V216C-M385C mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v8f

タイトル

Crystal structure of crosslinked GltPh V216C-M385C mutant

要素

sodium-coupled L-aspartate transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / sodium ions / L-arpartate / membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Verdon, G. / Boudker, O.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of an asymmetric trimer of a bacterial glutamate transporter homolog.
著者: Verdon, G. / Boudker, O.

履歴

登録	2011年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v8f.cif.gz	483.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v8f.ent.gz	406.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v8f_validation.pdf.gz	481.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v8f_full_validation.pdf.gz	545.5 KB	表示
XML形式データ	3v8f_validation.xml.gz	49.8 KB	表示
CIF形式データ	3v8f_validation.cif.gz	67.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v8gC 1xfh 2nwl 2nww 2nwx 3kbc C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wzb-d 6ctf-d 4p3j-d 4p6h-d 4p1a-d 4p19-d 21989 3kbc-d 3mpr-d 6xwp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (7) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (7)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: sodium-coupled L-aspartate transporter

B: sodium-coupled L-aspartate transporter

C: sodium-coupled L-aspartate transporter

ヘテロ分子

135 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.300, 199.810, 111.251
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.08, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	6 - 426
2	1	1	1	B	6 - 426
3	1	1	1	C	6 - 426

#1: タンパク質	sodium-coupled L-aspartate transporter / hypothetical proton glutamate symport protein 分子量: 44585.840 Da / 分子数: 3 変異: D37H, K40H, K125H, K132H, V216C, K223H, K264H, C321A, E368H, M385C 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH1295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59010
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-HG / MERCURY (II) ION 分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 15 - 20% PEG 350 MME, 0.1 M Hepes, ph = 7.4, 0.15 - 0.3 M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 3.8→96.7 Å / Num. all: 47156 / Num. obs: 46875 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 79.591 / SU ML: 0.502 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.629 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25457	1217	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24339	-	-	-
obs	0.244	22480	99.55 %	-
all	-	23786	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 247.219 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.48 Å²	0 Å²	-1.46 Å²
2-	-	6.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9119	0	36	0	9155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	9323
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.664	1.982	12718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.308	5	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.633	23.789	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.43	15	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.495	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.418	1.5	6098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.872	2	9832
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.544	3	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.015	4.5	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3050 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	tight positional	0.04	0.05
B	tight positional	0.04	0.05
C	tight positional	0.05	0.05
A	tight thermal	0.06	0.5
B	tight thermal	0.06	0.5
C	tight thermal	0.07	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.799→3.896 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	81	-
R_work	0.375	1617	-
obs	-	-	97.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	22.0413	-1.2514	-0.9054	4.6246	-0.7252	7.3834	0.4018	-2.272	1.0619	0.8466	-0.2266	-0.3794	-2.9983	2.0666	-0.1751	1.6446	-0.7024	-0.022	1.0009	-0.3965	0.436	7.282	56.168	27.06
2	8.4805	-2.0428	0.5905	4.7315	-0.6895	7.8695	0.4577	-1.2089	2.4249	0.5848	0.4022	-0.323	-2.9994	0.4534	-0.8599	3.4157	-0.8871	0.3931	0.8646	-0.8346	1.6488	6.2722	72.5466	30.1764
3	9.2849	4.2816	-0.8355	12.2174	2.3847	9.2739	-0.6014	-1.4257	-1.1304	0.2183	0.0317	0.561	1.0656	0.6722	0.5697	0.2172	0.215	0.0908	0.4565	0.2994	0.3599	-2.6505	27.5104	24.6386
4	10.2533	1.3849	-1.1787	7.2416	-1.2172	14.9305	-0.0048	-1.6987	-1.076	0.7441	0.3264	-0.5441	1.3033	1.8053	-0.3215	0.632	0.6554	0.0023	1.0838	0.4279	0.6911	10.6319	19.5398	30.9995
5	8.9409	-4.4306	1.6337	12.4764	-0.9889	6.4555	-0.0857	-0.8103	1.1351	0.1454	-0.1433	0.3635	-2.027	-2.1516	0.2291	0.7588	0.6526	0.1193	0.7852	-0.1414	0.4462	-21.8291	50.6511	20.0327
6	9.859	-0.0298	-3.4012	7.591	1.5078	11.9496	0.222	-0.2365	0.0742	-0.0806	-0.2269	0.7273	-0.4802	-2.4512	0.005	0.1767	0.4691	-0.0759	1.7012	0.0429	0.3801	-36.1745	42.123	19.8267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	131 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	75 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	221 - 420
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	6 - 74
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	131 - 220
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	75 - 130
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	221 - 420
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	6 - 74
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	131 - 220
11	X-RAY DIFFRACTION	6	C	75 - 130
12	X-RAY DIFFRACTION	6	C	221 - 420

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)