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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v83 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | The 2.1 angstrom crystal structure of diferric human transferrin | ||||||
要素 | Serotransferrin | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / iron binding domain / iron carrier/transporter / transferrin receptor / serum | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報iron chaperone activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / ferric iron binding / basal plasma membrane / osteoclast differentiation / cellular response to iron ion ...iron chaperone activity / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / basal part of cell / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / ferric iron binding / basal plasma membrane / osteoclast differentiation / cellular response to iron ion / Post-translational protein phosphorylation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / iron ion transport / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / recycling endosome / regulation of protein stability / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / antibacterial humoral response / late endosome / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Platelet degranulation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / blood microparticle / vesicle / transmembrane transporter binding / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / endosome membrane / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å | ||||||
データ登録者 | Noinaj, N. / Steere, A. / Mason, A.B. / Buchanan, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012タイトル: Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria. 著者: Noinaj, N. / Easley, N.C. / Oke, M. / Mizuno, N. / Gumbart, J. / Boura, E. / Steere, A.N. / Zak, O. / Aisen, P. / Tajkhorshid, E. / Evans, R.W. / Gorringe, A.R. / Mason, A.B. / Steven, A.C. / Buchanan, S.K. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 3v83.cif.gz | 1.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb3v83.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 3v83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 3v83_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 3v83_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 3v83_validation.xml.gz | 194.2 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 3v83_validation.cif.gz | 258.1 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v83 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 単位格子 |
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| Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
| #1: タンパク質 | 分子量: 77153.906 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02787 |
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-非ポリマー , 5種, 2415分子 








| #2: 化合物 | ChemComp-BCT / #3: 化合物 | ChemComp-FE / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-P6G / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
| Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, and 2% PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
| 検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月4日 |
| 放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 297056 / Num. obs: 297056 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12.3 |
| 反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 91.5 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.102→29.947 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.368 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ |
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.102→29.947 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル |
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
|
ムービー
コントローラー
万見について




Homo sapiens (ヒト)
X線回折
引用













PDBj













