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- PDB-3v67: Periplasmic domain of Vibrio parahaemolyticus CpxA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v67
タイトルPeriplasmic domain of Vibrio parahaemolyticus CpxA
要素Sensor protein CpxA
キーワードSIGNALING PROTEIN / PAS fold / Signal sensing / MEROHEDRAL TWINNING
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain superfamily / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / : / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain ...Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain superfamily / Two-component sensor protein CpxA, periplasmic domain / : / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kwon, E. / Kim, D.Y. / Ngo, T.D. / Gross, J.D. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of the periplasmic domain of Vibrio parahaemolyticus CpxA
著者: Kwon, E. / Kim, D.Y. / Ngo, T.D. / Gross, C.A. / Gross, J.D. / Kim, K.K.
履歴
登録2011年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein CpxA
B: Sensor protein CpxA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4652
ポリマ－32,4652
非ポリマー00
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.583, 148.583, 32.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSTHRTHRchain A and (resseq 43:105 or resseq 108:161 )AA43 - 1058 - 70
12ARGARGASNASNchain A and (resseq 43:105 or resseq 108:161 )AA108 - 16173 - 126
21LYSLYSTHRTHRchain B and (resseq 43:105 or resseq 108:161 )BB43 - 1058 - 70
22ARGARGASNASNchain B and (resseq 43:105 or resseq 108:161 )BB108 - 16173 - 126

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein CpxA


分子量: 16232.465 Da / 分子数: 2 / 断片: Sensor domain, residues 38-173 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: VP2859 / プラスミド: PVFT1A - PET28A(+) DERIVED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q87KW6, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 0.1M Tris-HCl, 18-24% PEG 3000, 0.2M Ca(OAc)2, 3%(v/v) 1,6-hexanediol, 2mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, pH 7.0, EVAPORATION, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97943, 0.97970, 0.98751, 0.97176
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979431
20.97971
30.987511
40.971761
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.064
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 11802 / Num. obs: 11802 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 594 / Rsym value: 0.276 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX2011_12_05_2329精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→28.876 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 2.27 / 位相誤差: 32.77 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 562 4.78 %
Rwork0.2302 11158 -
obs0.2336 11757 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.585 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 150.01 Å2 / Biso mean: 48.4194 Å2 / Biso min: 10.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3497 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.3497 Å2-0 Å2
3----2.6994 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2191 0 0 100 2291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9113029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.727880
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A972X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
12B972X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3024-2.53370.30381440.27922787293194
2.5337-2.89930.3181420.26912775291795
2.8993-3.64880.30091370.24762794293195
3.6488-19.4310.23891360.19362802293895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5595-1.0677-1.4451.82980.08052.1406-0.0748-0.00560.0263-0.4779-0.0239-0.82610.09540.23450.0680.17760.02930.0930.17460.02590.22750.021559.74246.6331
21.8267-1.2123-1.41025.75732.65084.57860.09480.06990.233-0.57470.0076-0.113-0.3826-0.023-0.18680.3667-0.0409-0.1998-0.1550.12230.3228-7.874372.68451.7966
30.6038-0.1672-0.30380.46651.32373.7528-0.07440.2451-0.1369-0.1822-0.1378-0.09710.1357-0.0869-0.1860.53380.05720.0522-0.0536-0.2386-0.1608-8.821361.4723-3.6423
40.48420.3434-0.86042.23511.74394.3789-0.01470.3204-0.0284-0.8107-0.2260.7649-0.6728-0.59780.18160.41260.2565-0.13530.2579-0.14520.2865-14.702264.20016.6154
54.29730.65410.5916.6386-3.79584.68790.04670.04370.5644-0.64130.19841.19320.198-0.8253-0.1390.2492-0.1037-0.16160.16240.02130.529-16.38955.32514.8117
65.68350.0301-3.045.8693.78026.1770.0073-0.7846-0.82941.1889-0.02090.02841.4586-0.06720.11170.5175-0.04290.03030.22670.02370.1757-6.689352.134616.9211
74.91330.6128-0.2553.87031.83270.9304-0.04680.4303-0.421-0.8621-0.07520.43910.3585-0.1029-0.12590.58420.0696-0.0556-0.0174-0.1130.0797-9.364949.3092.94
86.3898-1.0858-0.01631.3055-1.91823.5493-0.1376-0.33-0.0386-0.05550.0755-0.16320.26990.0879-0.04720.14740.03510.03430.10880.03160.0671-4.968162.71519.5643
90.83760.3436-0.24496.87391.30540.3578-0.25730.08130.09560.2517-0.10650.1476-0.9811-0.3180.27570.57260.1497-0.18950.3598-0.09190.2588-3.476831.7218-8.039
107.01795.91815.95127.64496.84096.2956-1.37110.50871.2974-0.06420.5895-1.1372-1.61650.54850.84430.59870.0255-0.2880.19660.03950.58495.323541.44923.0503
111.9536-0.7873-0.34114.35360.49741.41640.0450.1116-0.0172-0.4924-0.11840.8823-0.0816-0.178-0.03650.28840.1383-0.33990.0057-0.09170.8598-3.91225.22760.6281
126.1319-4.4299-0.51216.4789-4.76278.07850.11290.0791-1.098-0.66350.23821.53720.7172-0.3028-0.35170.6691-0.0188-0.04010.18460.040.58852.97248.36342.3542
133.5583-3.74611.86277.2777-3.32694.3070.30550.1789-0.411-0.9633-0.02810.10470.47420.0787-0.2290.840.13060.21650.05090.10640.39648.304413.14-3.4061
140.08780.0095-0.0630.0528-0.27491.25580.04950.167-0.0307-0.2687-0.23580.0935-0.02090.1222-0.1920.73230.3312-0.19210.08770.2465-0.04149.060124.3855-8.8033
150.4841-0.55450.58231.3197-1.08222.27460.05740.19070.195-0.4627-0.2907-0.72770.1710.36670.40390.11310.29620.16620.27640.35960.633415.023421.671.589
168.68970.6129-2.31126.1722-0.70326.8706-0.1546-0.39780.01720.0212-0.2497-1.3707-0.64680.70930.22660.37660.00330.010.22810.15920.536612.850431.72994.0586
173.40250.34910.46353.3864-0.15262.5309-0.06180.14390.4006-0.6169-0.1237-0.6395-0.28310.05840.07870.35440.09010.1099-0.10080.15330.11537.132830.33191.3661
187.37852.0647-2.09953.1373-1.80724.38860.0720.36030.2725-0.8136-0.12770.0462-0.2180.0539-0.05610.38480.02530.0030.0854-0.00790.12146.333525.65972.0321
190.39140.09080.10420.53790.26050.1681-0.03090.3626-0.1871-0.48930.0261-0.28490.40830.4490.08730.82170.24450.24140.87690.08110.23913.14953.0927-7.1474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 41:71)A41 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 72:82)A72 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 83:96)A83 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 97:109)A97 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resseq 110:122)A110 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and (resseq 123:129)A123 - 129
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and (resseq 130:141)A130 - 141
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and (resseq 142:159)A142 - 159
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and (resseq 160:172)A160 - 172
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and (resseq 42:48)B42 - 48
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and (resseq 49:65)B49 - 65
12X-RAY DIFFRACTION12chain B and (resseq 66:71)B66 - 71
13X-RAY DIFFRACTION13chain B and (resseq 72:82)B72 - 82
14X-RAY DIFFRACTION14chain B and (resseq 83:96)B83 - 96
15X-RAY DIFFRACTION15chain B and (resseq 97:109)B97 - 109
16X-RAY DIFFRACTION16chain B and (resseq 110:129)B110 - 129
17X-RAY DIFFRACTION17chain B and (resseq 130:149)B130 - 149
18X-RAY DIFFRACTION18chain B and (resseq 150:159)B150 - 159
19X-RAY DIFFRACTION19chain B and (resseq 160:172)B160 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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