PDB-3v52: Structure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v52

タイトル

Structure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen

要素

ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 H CHAIN
ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 L CHAIN
H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Ig domain / 3-10 helix

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / immune response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.697 Å

データ登録者

Mage, M.G. / Dolan, M.A. / Wang, R. / Boyd, L.F. / Revilleza, M.J. / Robinson, H. / Natarajan, K. / Myers, N.B. / Hansen, T.H. / Margulies, D.H.

引用

ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: The Peptide-receptive transition state of MHC class I molecules: insight from structure and molecular dynamics.
著者: Mage, M.G. / Dolan, M.A. / Wang, R. / Boyd, L.F. / Revilleza, M.J. / Robinson, H. / Natarajan, K. / Myers, N.B. / Hansen, T.H. / Margulies, D.H.

履歴

登録	2011年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v52.cif.gz	189.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v52.ent.gz	150.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/3v52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/3v52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uo1C 3uyrC 3v4uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ug9-3 5nb5-1 6w73-d 7jwp-1 5ig7-1 5mub-6 6u3z-2 6p7h-d 6wos-d 3uo1-d 2gcy-d 3g6j-4 5yfi-d 6wla-3 4wht-8 1vge-d 5dsc-1 3lex-2 1rih-d 3if1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

H: ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 H CHAIN

L: ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 L CHAIN

P: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

ヘテロ分子

48.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.524, 40.423, 59.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.74, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-395- HOH

#1: タンパク質	ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 H CHAIN 分子量: 23163.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: タンパク質	ANTI-MHC-I MONOCLONAL ANTIBODY, 64-3-7 L CHAIN 分子量: 23967.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain 分子量: 987.085 Da / 分子数: 1 / Fragment: H-2Ld peptide p46-53 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01897
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M LiSO4, 0.1M Tris, 30% (w/v/) PEG 3000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月9日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator; vertical focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.697→50 Å / Num. obs: 49812 / % possible obs: 99.78 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	最高解像度: 1.697 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.697→45.067 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	2523	5.07 %
R_work	0.1968	-	-
obs	0.1983	49809	99.57 %
all	-	31132	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.859 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5237 Å²	-0 Å²	2.7754 Å²
2-	-	-0.8374 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.6864 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.697→45.067 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3349	0	4	345	3698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3438
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.201	4678
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.54	1215
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.697-1.7291	0.3547	127	0.2983	2492	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7291-1.7644	0.3663	122	0.2719	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7644-1.8028	0.2854	148	0.255	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8028-1.8447	0.2633	144	0.2278	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8447-1.8909	0.2602	131	0.2301	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8909-1.942	0.2371	136	0.2174	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.942-1.9991	0.2433	136	0.2184	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9991-2.0637	0.2929	99	0.223	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0637-2.1374	0.2474	147	0.2214	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1374-2.223	0.2551	159	0.2111	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.223-2.3242	0.2382	149	0.2233	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3242-2.4467	0.2614	157	0.2116	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4467-2.6	0.2378	153	0.2181	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.8007	0.2282	146	0.2148	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8007-3.0825	0.2538	141	0.2078	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0825-3.5284	0.2115	148	0.195	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5284-4.4448	0.2011	152	0.1645	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4448-45.0833	0.1846	128	0.167	2779	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1762	-1.6933	1.1717	3.1013	-0.0335	3.3687	0.0047	0.0003	-0.3941	0.0229	-0.1464	0.2549	-0.1706	-0.2993	0.1252	0.1636	0.0039	0.0549	0.165	-0.0207	0.1973	17.2406	-8.7505	24.2947
2	1.6147	-0.926	-0.9637	1.8087	2.1553	4.046	0.0872	0.2549	0.087	-0.0618	-0.0491	-0.0771	-0.0578	-0.1156	-0.0291	0.2404	0.0385	0.0447	0.2686	0.0594	0.2344	11.3587	-3.5201	-6.977
3	2.6425	-0.6069	0.273	2.6321	1.8789	5.7784	0.2307	0.8628	0.2387	-0.1421	-0.2032	-0.1826	-0.3172	0.258	-0.0481	0.215	0.033	-0.0124	0.3403	0.0375	0.2201	41.8069	-9.0481	12.0601
4	3.1677	-0.8987	-0.0262	1.8146	-0.5976	2.4	0.1444	0.361	-0.4334	-0.0281	-0.1064	0.0958	0.2948	-0.0032	-0.0111	0.2266	0.0245	-0.0254	0.1245	-0.0471	0.2414	36.7481	-17.1631	19.1648
5	1.0118	-0.2282	1.4566	0.6671	-0.9399	2.4828	0.1576	0.4698	-0.0235	-0.038	-0.0962	0.0037	0.0918	0.5695	-0.1074	0.194	0.0808	0.0151	0.3194	-0.0149	0.1961	28.8664	-6.6808	1.9565
6	2.2064	-1.0632	0.6136	2.7703	-1.1258	2.5998	0.0893	0.1972	0.3296	-0.0755	-0.0485	-0.1575	-0.1724	0.7404	-0.0458	0.217	-0.0477	0.0285	0.3824	0.0254	0.1929	24.3567	5.9549	-12.8731
7	5.6702	5.751	0.9123	8.0793	2.9401	4.0063	0.4566	-0.2802	-1.329	1.1772	0.4175	-0.6023	0.8185	-0.4253	-0.7072	0.8164	-0.0981	-0.0123	0.6729	0.227	0.6905	29.3811	-15.5837	34.8345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resseq 2:115)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resseq 116:216)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resseq 1:25)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resseq 26:80)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resseq 81:132)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resseq 133:218)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'P' and (resseq 46:53)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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