PDB-3v4y: Crystal Structure of the first Nuclear PP1 holoenzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v4y

タイトル

Crystal Structure of the first Nuclear PP1 holoenzyme

要素

Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1
Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

キーワード

HYDROLASE / PP1 / Ser/Thr phosphatase / NIPP1 / IDP

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease E activity / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / protein phosphatase type 1 complex / glycogen granule / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / regulation of translational initiation in response to stress / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 ...ribonuclease E activity / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / protein phosphatase type 1 complex / glycogen granule / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / regulation of translational initiation in response to stress / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / RNA catabolic process / regulation of canonical Wnt signaling pathway / molecular function inhibitor activity / dephosphorylation / protein serine/threonine phosphatase activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / glycogen metabolic process / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / Triglyceride catabolism / entrainment of circadian clock by photoperiod / Maturation of hRSV A proteins / phosphatase activity / telomere maintenance in response to DNA damage / phosphoprotein phosphatase activity / DARPP-32 events / transition metal ion binding / positive regulation of glycogen biosynthetic process / ribonucleoprotein complex binding / protein dephosphorylation / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / adherens junction / spliceosomal complex / lung development / circadian regulation of gene expression / response to lead ion / regulation of circadian rhythm / mRNA processing / : / presynapse / endonuclease activity / dendritic spine / perikaryon / cell population proliferation / nuclear speck / iron ion binding / cell division / mRNA binding / nucleolus / glutamatergic synapse / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.098 Å

データ登録者

Page, R. / Peti, W. / O'Connell, N.E. / Nichols, S.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The Molecular Basis for Substrate Specificity of the Nuclear NIPP1:PP1 Holoenzyme.
著者: O'Connell, N. / Nichols, S.R. / Heroes, E. / Beullens, M. / Bollen, M. / Peti, W. / Page, R.

履歴

登録	2011年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v4y.cif.gz	787.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v4y.ent.gz	665 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/3v4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/3v4y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3egg 3egh 3hvq
類似構造データ	4bzf-1 5drr-d 3il3-d 3os7-3 3t4p-d 4fw5-1 6s32-4 7cie-2 3tbh-d 7cie-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (3)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
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#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

B: Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1

C: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

D: Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1

E: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

F: Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1

G: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

H: Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1

ヘテロ分子

172 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

B: Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

D: Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

F: Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.5 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit

H: Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.639, 116.035, 168.093
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / PP-1A 分子量: 34941.066 Da / 分子数: 4 / 断片: PP1 binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1A, PPP1CA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質	Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1 / NIPP-1 / Protein phosphatase 1 regulatory inhibitor subunit 8 / Activator of RNA decay / ARD-1 分子量: 7213.829 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1R8, ARD1, NIPP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q12972, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / PP-1A

分子量: 34941.066 Da / 分子数: 4 / 断片: PP1 binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1A, PPP1CA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase

#2: タンパク質

Nuclear inhibitor of protein phosphatase 1 / NIPP-1 / Protein phosphatase 1 regulatory inhibitor subunit 8 / Activator of RNA decay / ARD-1

分子量: 7213.829 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1R8, ARD1, NIPP1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q12972, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 4種, 680分子

#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500 分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₉H₁₄₀O₃₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.08M Bis-Tris, 0.32M KF, 19% PEG1500, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月15日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.098→50 Å / Num. all: 88343 / Num. obs: 88343 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHENIX	(AutoMR)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(AutoMR)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.098→20 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1961	4261	5 %	random
R_work	0.1542	-	-	-
all	0.1563	88268	-	-
obs	0.1563	85153	96.47 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.52 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2589 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.4985 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.7574 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.098→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10782	0	80	661	11523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	11139
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.055	15130
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.044	4165
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1621
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1956

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.098-2.1218	0.255	128	0.1849	2444	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1218-2.1467	0.2471	135	0.175	2522	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1467-2.1729	0.2475	134	0.1609	2514	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1729-2.2003	0.2013	136	0.1539	2595	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2003-2.2292	0.2079	136	0.1595	2549	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2292-2.2597	0.2043	137	0.1484	2613	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2597-2.292	0.206	136	0.1463	2555	X-RAY DIFFRACTION	94
2.292-2.3261	0.2	134	0.1486	2646	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3261-2.3624	0.2273	138	0.1494	2628	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3624-2.4011	0.2177	141	0.1533	2648	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4011-2.4424	0.2279	135	0.1523	2621	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4424-2.4868	0.212	141	0.153	2653	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4868-2.5345	0.2154	142	0.1487	2677	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5345-2.5861	0.1815	138	0.151	2666	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5861-2.6422	0.1768	143	0.154	2701	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6422-2.7036	0.2161	140	0.1571	2663	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7036-2.771	0.2162	142	0.1593	2729	X-RAY DIFFRACTION	98
2.771-2.8457	0.2126	146	0.1637	2754	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8457-2.9292	0.2194	140	0.1558	2698	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9292-3.0234	0.2184	147	0.1529	2758	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0234-3.1311	0.2099	147	0.1583	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1311-3.256	0.1902	146	0.1584	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
3.256-3.4034	0.2196	147	0.1583	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4034-3.5819	0.1752	148	0.15	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5819-3.8049	0.1957	147	0.1597	2798	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8049-4.0963	0.1711	147	0.1407	2816	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0963-4.5043	0.1449	150	0.1195	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5043-5.1463	0.1621	150	0.1292	2841	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1463-6.4473	0.2175	152	0.1779	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4473-19.9626	0.1778	158	0.1905	2986	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6067	-0.0466	-0.16	0.6086	0.2746	0.9602	-0.002	0.0216	0.1037	0.0131	-0.0042	-0.0068	-0.1256	-0.0657	-0.0094	0.0936	0.0161	-0.0214	0.0687	0.0235	0.1277	19.3945	54.1387	67.1193
2	0.0155	-0.007	0.018	0.0594	-0.0593	0.0995	-0.013	-0.0398	-0.1969	-0.2742	0.1359	0.225	0.1375	-0.031	0.0035	0.1688	-0.0176	0.0089	0.167	0.0267	0.1919	8.7261	34.9877	74.4105
3	0.0078	0.003	-0.0165	-0.0065	-0.0074	0.026	-0.0138	-0.0443	-0.0956	0.0045	0.0077	-0.2888	0.0318	0.0204	0.0001	0.1855	-0.0254	-0.0132	0.2328	-0.0098	0.2831	15.6947	43.3287	92.0805
4	0.2172	-0.0858	-0.1968	0.0643	-0.0251	1.0627	0.3655	0.1702	0.3225	-0.0323	0.1979	-0.1275	-0.2142	0.0951	0.2059	0.4137	-0.1167	-0.0929	0.1012	0.0223	0.5777	29.8462	71.6334	67.0579
5	0.7103	-0.1965	0.0819	1.0674	-0.0908	0.6505	0.0372	0.101	0.0143	-0.0719	-0.066	-0.0902	0.0284	0.035	-0.0064	0.0592	0.0035	0.0083	0.1124	0.0113	0.0852	49.9789	29.6158	63.3669
6	0.0226	0.0086	-0.0179	0.0059	-0.0023	0.0131	0.0933	-0.3463	-0.1235	0.4948	-0.0653	0.2485	-0.1601	-0.015	0.0001	0.2906	-0.0475	0.0695	0.307	0.0472	0.2261	35.7099	21.4409	84.2267
7	0.0133	-0.0075	-0.0014	0.0109	-0.0029	0.022	0.1125	0.1818	-0.1876	-0.1432	0.05	0.0983	0.163	-0.0927	0	0.1739	-0.0486	0.0049	0.2005	-0.0167	0.288	39.0048	11.2023	70.6523
8	0.1416	-0.2253	0.0122	0.385	-0.0384	0.0139	0.1766	0.0788	0.3067	-0.2299	-0.1709	-0.4429	-0.1417	-0.0762	0.0422	0.2585	-0.0046	0.1138	0.3518	0.2237	0.1666	57.5366	37.753	46.4689
9	0.9449	0.402	0.4472	1.6242	0.6308	1.2162	-0.0737	0.0652	-0.1472	-0.0402	0.1551	-0.173	0.0483	-0.0151	0.1487	0.0739	-0.0167	0.0401	0.0707	-0.033	0.1165	15.683	1.2661	61.3236
10	0.1787	0.003	0.0052	0.0101	-0.0065	0.0267	-0.0166	0.1218	0.164	0.4132	0.1594	0.0912	-0.3762	-0.0682	0.0037	0.4203	-0.0357	-0.0176	0.1897	0.019	0.1739	10.6445	22.408	53.4896
11	-0.0003	-0.0146	-0.0041	0.2372	0.052	0.0193	0.0904	-0.0531	-0.0168	-0.0729	0.1839	-0.2455	0.0694	-0.1136	-0.0115	0.5062	0.1042	-0.0286	0.4293	-0.05	0.2001	13.8429	11.6068	37.3319
12	0.3742	0.031	0.3608	0.1564	0.0775	0.3557	0.3349	0.1247	-0.5763	-0.063	0.3733	-0.2167	0.1396	0.0142	0.4051	0.4035	0.1371	-0.1148	0.0774	-0.0802	0.6699	22.3919	-18.0277	63.6404
13	1.4757	0.37	0.4149	1.5078	0.334	1.4305	0.0192	0.2678	-0.1246	-0.2555	0.1091	-0.1593	0.0463	0.0663	0.0085	0.2101	-0.0375	0.0047	0.2248	-0.0411	0.1008	16.2588	27.4841	23.0903
14	0.1753	-0.26	0.1398	0.4176	-0.1785	0.2952	0.2075	-0.3961	0.0894	-0.2053	0.1777	0.2926	0.1825	-0.192	0.109	0.2536	-0.1522	0.0059	0.2982	-0.0047	0.2456	-0.0344	18.5916	38.1037
15	0.0621	-0.0258	0.0073	0.0328	-0.0017	0.0253	0.0555	0.1011	-0.0891	-0.0267	-0.1207	0.0797	0.1037	-0.1381	-0.0093	0.5535	-0.0894	-0.1622	0.4294	-0.2457	0.7932	-0.9901	7.1614	20.1756
16	0.0161	-0.0151	-0.0212	0.018	0.0175	0.0397	0.0161	0.0884	0.1468	-0.4772	-0.0159	-0.1977	0.2198	0.1343	-0.0043	0.9819	-0.1824	0.5651	0.7265	-0.0386	0.069	23.8006	32.7214	4.5245

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 7:299 )	A	7 - 299
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 160:175 )	B	160 - 175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 176:184 )	B	176 - 184
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 199:214 )	B	199 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID -1:300 )	C	-1 - 300
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND RESID -2:168 )	D	-2 - 168
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 169:177 )	D	169 - 177
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 199:214 )	D	199 - 214
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN E AND RESID 7:299 )	E	7 - 299
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN F AND RESID 159:175 )	F	159 - 175
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN F AND RESID 176:182 )	F	176 - 182
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN F AND RESID 200:214 )	F	200 - 214
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN G AND RESID -5:298 )	G	-5 - 298
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN H AND RESID -2:175 )	H	-2 - 175
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 176:183 )	H	176 - 183
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 198:212 )	H	198 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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