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- PDB-3v4v: crystal structure of a4b7 headpiece complexed with Fab ACT-1 and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4v
タイトルcrystal structure of a4b7 headpiece complexed with Fab ACT-1 and RO0505376
要素
  • (MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 ...) x 2
  • Integrin alpha-4
  • Integrin beta-7
キーワードCELL ADHESION / MAdCAM-1 / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent extracellular exosome endocytosis / immune response in gut-associated lymphoid tissue / negative regulation of protein homodimerization activity / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / cell-cell adhesion in response to extracellular stimulus / diapedesis / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / T cell migration ...clathrin-dependent extracellular exosome endocytosis / immune response in gut-associated lymphoid tissue / negative regulation of protein homodimerization activity / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / cell-cell adhesion in response to extracellular stimulus / diapedesis / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / T cell migration / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / axonogenesis involved in innervation / protein antigen binding / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / neuron projection extension / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of vasoconstriction / leukocyte cell-cell adhesion / leukocyte migration / endodermal cell differentiation / receptor clustering / cellular response to cytokine stimulus / fibronectin binding / positive regulation of T cell migration / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / B cell differentiation / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cell-cell adhesion / cellular response to amyloid-beta / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / virus receptor activity / growth cone / Potential therapeutics for SARS / receptor complex / cell adhesion / external side of plasma membrane / focal adhesion / neuronal cell body / cell surface / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin domains. Chain A, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily ...Integrin domains. Chain A, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0DU / Integrin alpha-4 / Integrin beta-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yu, Y. / Zhu, J. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural specializations of a4b7, an Integrin that Mediates Rolling Adhesion
著者: Yu, Y. / Zhu, J. / Mi, L.Z. / Walz, T. / Sun, H. / Chen, J. / Springer, T.A.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-4
B: Integrin beta-7
H: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 HEAVY CHAIN
L: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 LIGHT CHAIN
C: Integrin alpha-4
D: Integrin beta-7
M: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 HEAVY CHAIN
N: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,63436
ポリマ－337,0778
非ポリマー5,55728
水55831
1
A: Integrin alpha-4
B: Integrin beta-7
H: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 HEAVY CHAIN
L: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,48919
ポリマ－168,5394
非ポリマー2,95015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Integrin alpha-4
D: Integrin beta-7
M: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 HEAVY CHAIN
N: MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,14517
ポリマ－168,5394
非ポリマー2,60713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.580, 123.530, 154.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26
17
27
18
28
19
29

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and resid 1:430
211chain C and resid 1:430
112chain A and resid 432:470
212chain C and resid 432:470
113chain A and resid 480:560
213chain C and resid 480:560
114chain B and resid 133:371
214chain D and resid 133:371
115chain B and (resid 80:126 or resid 373:454)
215chain D and (resid 80:126 or resid 373:454)
116chain M and resid 1:120
216chain H and resid 1:120
117chain M and resid 121:200
217chain H and resid 121:200
118chain N and resid 1:111
218chain L and resid 1:111
119chain N and resid 112:215
219chain L and resid 112:215

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Integrin alpha-4 / CD49 antigen-like family member D / Integrin alpha-IV / VLA-4 subunit alpha


分子量: 65644.656 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 34-620 / 変異: R558A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGA4, CD49D / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P13612
#2: タンパク質 Integrin beta-7 / Gut homing receptor beta subunit


分子量: 55426.227 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 20-512 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB7 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P26010

-
抗体 , 2種, 4分子 HMLN

#3: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 HEAVY CHAIN


分子量: 23570.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 MONOCLONAL ANTIBODY Act-1 LIGHT CHAIN


分子量: 23897.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 2種, 13分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 46分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-0DU / N-(2,6-dichlorobenzoyl)-4-[1,6-dimethyl-2-oxo-4-(trifluoromethyl)-1,2-dihydropyridin-3-yl]-L-phenylalanine


分子量: 527.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H19Cl2F3N2O4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.1 M NaCl, 8-10% PEG 20,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03337 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月6日
放射モノクロメーター: double silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03337 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 286405 / Num. obs: 79083 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.1→3.2634 Å / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→50 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 1034 1.31 %
Rwork0.1971 --
obs0.1976 79033 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.854 Å2 / ksol: 0.287 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.8083 Å20 Å21.2887 Å2
2--13.2309 Å2-0 Å2
3----17.9524 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21394 0 344 31 21769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00522296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79130268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1868173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0513355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033916
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3288X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C3288X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
21A298X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C298X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
31A590X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32C590X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
41B1853X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42D1853X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
51B1006X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52D1006X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
61M941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62H941X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
71M535X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72H535X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
81N851X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
82L851X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
91N811X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
92L811X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.26340.34641500.305810934X-RAY DIFFRACTION97
3.2634-3.46790.33661450.265111004X-RAY DIFFRACTION98
3.4679-3.73560.29561480.227311098X-RAY DIFFRACTION98
3.7356-4.11140.23711380.203111195X-RAY DIFFRACTION99
4.1114-4.70610.18741640.152211182X-RAY DIFFRACTION99
4.7061-5.92820.20381240.179111284X-RAY DIFFRACTION99
5.9282-56.66640.20151650.180911302X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00970.53730.20812.12640.22922.009-0.02870.017-0.2974-0.072-0.005-0.28030.05260.56770.01260.41190.0418-0.03150.75190.03440.372812.197227.078743.2027
21.02480.41851.83121.58130.82715.5818-0.0684-0.40790.05170.19580.12360.08790.25810.268-0.06910.7776-0.0832-0.05671.67970.01290.605341.181243.676977.8444
32.8858-0.6544-0.1091.34330.07963.692-0.0528-0.1906-0.3420.1867-0.04820.41240.1308-0.46920.08240.5629-0.09780.04160.51580.00720.4306-21.303728.000753.3748
43.75750.67410.46034.03630.18454.0877-0.3983-0.54730.4290.61650.1818-0.4022-0.46860.35210.13361.2923-0.01350.06181.4138-0.15880.5807-12.988941.225482.8632
54.4567-1.5669-1.27243.77761.32012.73460.14880.21710.6618-0.089-0.12690.2351-0.55-0.1615-0.0280.8360.3791-0.03870.89010.00480.7275-44.699871.86433.1425
62.58860.8119-1.86124.11910.26261.54810.3204-0.30820.3710.242-0.46190.198-0.6376-0.05470.04981.13940.1039-0.11360.7856-0.20040.6597-52.578868.593868.6422
72.4577-0.0191-0.47592.1129-1.17284.9326-0.08020.10010.0711-0.1026-0.0580.1342-0.1481-0.49940.1320.55720.2132-0.00650.6611-0.09630.6738-40.243251.180536.5997
84.532-1.7915-0.32524.17980.10933.580.18270.0333-0.3204-0.066-0.14080.5591-0.227-0.5909-0.07380.6826-0.0021-0.00070.9793-0.22540.711-61.844255.040365.7092
91.8771-0.4748-0.21121.9385-0.40162.9496-0.01110.21280.3618-0.0811-0.0054-0.1974-0.39750.2320.00130.6815-0.1327-0.01750.75380.060.41098.953763.40588.8776
102.6299-1.4151-2.31563.50720.13345.77010.02210.577-0.6721-0.49050.00690.298-0.2810.36850.03730.93560.0099-0.04851.31970.05650.758938.581446.0258-24.8733
111.28910.56610.02320.81390.39013.7327-0.06410.24510.1783-0.0679-0.00170.3411-0.174-0.78040.05260.84890.1394-0.10111.03670.15840.5583-24.326557.151-0.3807
123.0626-0.82610.01462.87840.19814.8229-0.25050.2207-0.08030.08460.0495-0.13590.1379-0.00370.09110.8766-0.1708-0.17691.44920.0830.4207-15.348445.1985-30.509
133.53892.18751.7014.26260.66084.3284-0.05880.5183-0.4986-0.50780.11670.52940.3896-0.2463-0.08980.6326-0.015-0.07320.7839-0.26950.7778-41.160510.364821.5824
142.3253-0.7710.68030.7689-1.27393.60860.26620.6555-0.006-1.4505-0.09040.0463-0.68240.36440.00012.7105-0.3112-0.45321.9168-0.15411.0428-51.589111.2741-12.814
153.98190.24110.53275.7254-2.1334.633-0.09130.87080.1839-0.8587-0.07350.569-0.0851-0.60950.19710.64440.0621-0.12860.8406-0.1830.6759-39.590731.445517.3414
161.36050.589-0.38511.8069-0.69651.1321-0.68480.2020.7623-0.94450.36811.26640.1407-0.05990.29891.8652-0.2303-0.72112.103-0.21271.4587-62.498823.9118-9.2015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:430
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 431:587
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resid 131:371
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 81:130 or resid 372:458)
5X-RAY DIFFRACTION5chain M and resid 1:121
6X-RAY DIFFRACTION6chain M and resid 122:219
7X-RAY DIFFRACTION7chain N and resid 1:112
8X-RAY DIFFRACTION8chain N and resid 113:215
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and resid 1:430
10X-RAY DIFFRACTION10chain C and resid 431:587
11X-RAY DIFFRACTION11chain D and resid 131:371
12X-RAY DIFFRACTION12chain D and (resid 81:130 or resid 372:458)
13X-RAY DIFFRACTION13chain H and resid 1:121
14X-RAY DIFFRACTION14chain H and resid 122:218
15X-RAY DIFFRACTION15chain L and resid 1:112
16X-RAY DIFFRACTION16chain L and resid 113:215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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