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- PDB-3v30: Crystal Structure of the Peptide Bound Complex of the Ankyrin Rep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v30
タイトルCrystal Structure of the Peptide Bound Complex of the Ankyrin Repeat Domains of Human RFXANK
要素
  • DNA-binding protein RFX5
  • DNA-binding protein RFXANK
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics Consortium / SGC / RFXANK / ANK repeat / RFX5
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of MHC class II biosynthetic process / intercellular bridge / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / Ras protein signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...positive regulation of MHC class II biosynthetic process / intercellular bridge / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / Ras protein signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RFX5, C-terminal / RFX5 DNA-binding domain / RFX5 DNA-binding domain / DNA-binding, RFXANK / RFX5 N-terminal domain / RFX-like DNA-binding protein / RFX DNA-binding domain / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain ...RFX5, C-terminal / RFX5 DNA-binding domain / RFX5 DNA-binding domain / DNA-binding, RFXANK / RFX5 N-terminal domain / RFX-like DNA-binding protein / RFX DNA-binding domain / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha Horseshoe / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein RFXANK / DNA-binding protein RFX5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Lam, R. / Xu, C. / Bian, C.B. / Kania, J. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2012
タイトル: Sequence-Specific Recognition of a PxLPxI/L Motif by an Ankyrin Repeat Tumbler Lock.
著者: Xu, C. / Jin, J. / Bian, C. / Lam, R. / Tian, R. / Weist, R. / You, L. / Nie, J. / Bochkarev, A. / Tempel, W. / Tan, C.S. / Wasney, G.A. / Vedadi, M. / Gish, G.D. / Arrowsmith, C.H. / Pawson, ...著者: Xu, C. / Jin, J. / Bian, C. / Lam, R. / Tian, R. / Weist, R. / You, L. / Nie, J. / Bochkarev, A. / Tempel, W. / Tan, C.S. / Wasney, G.A. / Vedadi, M. / Gish, G.D. / Arrowsmith, C.H. / Pawson, T. / Yang, X.J. / Min, J.
履歴
登録2011年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein RFXANK
B: DNA-binding protein RFX5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6812
ポリマ－20,6812
非ポリマー00
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.804, 31.499, 63.079
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein RFXANK / Ankyrin repeat family A protein 1 / Regulatory factor X subunit B / RFX-B / Regulatory factor X- ...Ankyrin repeat family A protein 1 / Regulatory factor X subunit B / RFX-B / Regulatory factor X-associated ankyrin-containing protein


分子量: 18926.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 90-260 (ANK repeats) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANKRA1, RFXANK, RFXB / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O14593
#2: タンパク質・ペプチド DNA-binding protein RFX5 / Regulatory factor X 5


分子量: 1755.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in human RFX5. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48382
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月18日
詳細: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
放射モノクロメーター: double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 28759 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.57-1.613.80.23618390.985197.6
1.61-1.654.40.19319001.018199.5
1.65-1.694.50.16418700.98199.6
1.69-1.744.50.13319261.005199.7
1.74-1.84.50.1118800.973199.8
1.8-1.864.50.09319271.0341100
1.86-1.944.50.06918991.0281100
1.94-2.024.60.05519081.0141100
2.02-2.134.60.04419211.008199.9
2.13-2.264.60.03619390.9891100
2.26-2.444.60.03319051.043199.9
2.44-2.684.60.03219240.948199.9
2.68-3.074.50.03719511.0321100
3.07-3.874.50.0319460.948199.9
3.87-504.40.01820240.952199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.71 Å46.88 Å
Translation1.71 Å46.88 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.6.0081精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
EPICS-basedbeamline controlデータ収集
データacquisition systemsデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SO8

3so8


解像度: 1.57→46.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.339 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1954 1480 5.1 %RANDOM
Rwork0.1641 ---
obs0.1656 28745 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 42.96 Å2 / Biso mean: 15.4991 Å2 / Biso min: 6.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.67 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→46.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1352 0 0 183 1535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2081.981888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3775177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06624.91861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.12515224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.282157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211051
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.39433888
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.955183
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.36451358
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.571-1.6120.232870.1941918207896.487
1.612-1.6560.2111170.1431952208499.28
1.656-1.7040.1621340.1431837198299.445
1.704-1.7560.184810.1351885197299.696
1.756-1.8140.194970.1491772187199.893
1.814-1.8770.1731020.14117221824100
1.877-1.9480.187950.141681177799.944
1.948-2.0270.18890.15615981687100
2.027-2.1170.212970.161552165099.939
2.117-2.2210.203700.1611479155099.935
2.221-2.340.193750.1561426150299.933
2.34-2.4820.197720.1613331405100
2.482-2.6530.171560.1712831339100
2.653-2.8650.23830.1761168125299.92
2.865-3.1370.196530.19310921145100
3.137-3.5050.19470.1679961043100
3.505-4.0440.207430.15987592099.783
4.044-4.9430.159360.163743779100
4.943-6.9520.264340.19159563099.841
6.952-46.8840.156120.21535837498.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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