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- PDB-3v2u: Crystal structure of the yeast GAL regulon complex of the repress... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v2u
タイトルCrystal structure of the yeast GAL regulon complex of the repressor, Gal80p, and the transducer, Gal3p, with galactose and ATP
要素
  • Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
  • Protein GAL3
キーワードTRANSCRIPTION / Rossmann fold / GHMP superfamily / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / galactokinase activity / kinase inhibitor activity / maintenance of protein location / galactose metabolic process / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / transcription repressor complex / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nucleotide binding ...regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / galactokinase activity / kinase inhibitor activity / maintenance of protein location / galactose metabolic process / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / transcription repressor complex / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / nucleotide binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
de novo design (two linked rop proteins) - #340 / Alpha-Beta Plaits - #3170 / : / Gal80p, C-terminal domain / : / Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase ...de novo design (two linked rop proteins) - #340 / Alpha-Beta Plaits - #3170 / : / Gal80p, C-terminal domain / : / Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / de novo design (two linked rop proteins) / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / alpha-D-galactopyranose / Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80 / Protein GAL3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.105 Å
データ登録者Lavy, T. / Kumar, P.R. / He, H. / Joshua-Tor, L.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2012
タイトル: The Gal3p transducer of the GAL regulon interacts with the Gal80p repressor in its ligand-induced closed conformation.
著者: Lavy, T. / Kumar, P.R. / He, H. / Joshua-Tor, L.
履歴
登録2011年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Refinement description
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
B: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
C: Protein GAL3
D: Protein GAL3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,22412
ポリマ－213,6164
非ポリマー1,6078
水20,9511163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14160 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area68350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.186, 83.221, 92.629
Angle α, β, γ (deg.)114.04, 92.88, 90.37
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80


分子量: 48654.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GAL80, YML051W, YM9958.12, YM9827.01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04387
#2: タンパク質 Protein GAL3


分子量: 58153.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GAL3, YDR009W, YD8119.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13045

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糖 , 1種, 2分子

#5: 糖 ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1169分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 10% PEG 3350, 0.1M di-sodium succinate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月16日
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 251169 / Num. obs: 126106 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.1-2.143.90.481.5856222196.5
2.14-2.183.90.4381.6766216196.5
2.18-2.223.90.4111.7066299196.5
2.22-2.263.90.2871.6676241196.9
2.26-2.313.90.3321.7516292196.9
2.31-2.373.90.2581.6526255197
2.37-2.423.90.221.6746285197.2
2.42-2.493.90.1941.7446334197.3
2.49-2.563.90.1661.876284197.4
2.56-2.653.90.15226287197.5
2.65-2.743.90.1342.216318197.7
2.74-2.853.90.1182.5326333197.9
2.85-2.983.90.1032.9356340198
2.98-3.143.90.0923.4146326198
3.14-3.333.90.0834.0456376198.3
3.33-3.593.90.0764.756356198.4
3.59-3.953.90.0675.166355198.3
3.95-4.523.90.0615.6226363198.1
4.52-5.73.90.0575.416206196.1
5.7-5040.0414.6956418199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Gal80p (1-435) 3BTS, Gal3p (259-520) 3V5R

3bts

3v5r


解像度: 2.105→47.634 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.44 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS refinement, anisotropic for ligands only
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1965 1993 1.58 %Random
Rwork0.1497 ---
obs0.1505 125948 97.07 %-
all-251169 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.503 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.5389 Å23.1124 Å2-5.6846 Å2
2--5.7526 Å23.0121 Å2
3---0.4008 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.105→47.634 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14465 0 100 1163 15728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00120615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2175598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0692311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1049-2.18010.24791830.189911890X-RAY DIFFRACTION93
2.1801-2.26740.23732010.189412346X-RAY DIFFRACTION96
2.2674-2.37060.22422050.171912304X-RAY DIFFRACTION97
2.3706-2.49550.2111930.160812468X-RAY DIFFRACTION97
2.4955-2.65190.24281980.164312421X-RAY DIFFRACTION97
2.6519-2.85660.20122060.160112455X-RAY DIFFRACTION98
2.8566-3.1440.19581900.154512515X-RAY DIFFRACTION98
3.144-3.59890.19712050.149912560X-RAY DIFFRACTION98
3.5989-4.53360.17842100.127512540X-RAY DIFFRACTION98
4.5336-47.64640.17022020.136812456X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6034-0.18120.03150.89590.12860.7670.0066-0.0879-0.05620.0320.0483-0.15420.09750.2144-00.16960.02050.00660.32380.02730.2618-3.19840.23288.3376
21.4491-0.19560.50631.17450.01621.3093-0.0103-0.2066-0.09070.1490.03610.0174-0.0216-0.00350.00570.1009-0.01210.06550.16030.02140.1693-28.36055.37612.7682
30.5296-0.333-0.13670.333-0.05190.5510.03780.0350.10320.0554-0.0315-0.2311-0.0930.4523-0.01290.1760.00160.05770.3651-0.02110.2712-12.19552.7309-20.1301
41.51150.19170.02060.6504-0.23180.69850.08240.0737-0.0993-0.03730.07030.19570.0996-0.2682-0.00010.2057-0.0499-0.02170.3528-0.04890.3269-69.4999-0.3364-31.6567
51.29590.05890.46160.9776-0.07910.99160.03850.1984-0.1051-0.141-0.00090.08390.0184-0.05440.00050.1156-0.00620.04020.1876-0.03470.1913-44.46684.0862-25.7827
60.42120.2621-0.10110.2062-0.06750.46130.0023-0.09790.0075-0.08290.01870.1879-0.1569-0.3464-0.00440.162-0.01330.05050.32430.01840.302-60.29033.1908-3.1962
71.55490.84950.26241.87630.07570.6366-0.03850.10410.2374-0.30580.04660.5655-0.2319-0.2036-0.0070.35680.067-0.05950.33030.04840.3513-61.43637.6707-42.398
80.73290.07080.24011.5313-0.68782.0785-0.0060.15410.0984-0.2107-0.0081-0.0124-0.1268-0.0482-0.00040.2804-0.01140.05410.26390.03430.2048-36.600643.259-40.3024
91.5647-0.57070.34291.5478-0.35090.6934-0.2924-0.11150.42170.49590.1344-0.6973-0.29140.1686-0.05550.4925-0.0259-0.22280.2882-0.08760.4705-10.194638.618917.0078
101.2899-0.3920.11082.21330.02491.366-0.2178-0.33110.19460.54570.20980.0023-0.3345-0.03350.00970.47610.11250.00650.2852-0.06690.2045-34.819944.863814.7699
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 15:148 )A15 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 149:183 OR RESID 206:234 OR RESID 260:435 ) )A149 - 183
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 149:183 OR RESID 206:234 OR RESID 260:435 ) )A206 - 234
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 149:183 OR RESID 206:234 OR RESID 260:435 ) )A260 - 435
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 184:205 OR RESID 235:259 ) )A184 - 205
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 184:205 OR RESID 235:259 ) )A235 - 259
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 15:148 )B15 - 148
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND ( RESID 149:183 OR RESID 206:234 OR RESID 260:435 ) )B149 - 183
9X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND ( RESID 149:183 OR RESID 206:234 OR RESID 260:435 ) )B206 - 234
10X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND ( RESID 149:183 OR RESID 206:234 OR RESID 260:435 ) )B260 - 435
11X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND ( RESID 184:205 OR RESID 235:259 ) )B184 - 205
12X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND ( RESID 184:205 OR RESID 235:259 ) )B235 - 259
13X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND ( RESID 2:240 OR RESID 511:520 ) )C2 - 240
14X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND ( RESID 2:240 OR RESID 511:520 ) )C511 - 520
15X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 241:510 )C241 - 510
16X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND ( RESID 2:240 OR RESID 511:520 ) )D2 - 240
17X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND ( RESID 2:240 OR RESID 511:520 ) )D511 - 520
18X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND RESID 241:510 )D241 - 510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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