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Yorodumi- PDB-3v0o: Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalacto... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v0o | ||||||
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Title | Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalactosaminyltransferase (GTA, cisAB mutant L266G, G268A) in complex with a novel UDP-GalNAc derived inhibitor (4GW) and H-antigen acceptor | ||||||
Components | Histo-blood group ABO system transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / GTA / ABO / CISAB MUTANT / ROSSMANN FOLD / "closed" CONFORMATION / GLYCOSYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN / BLOOD GROUP ANTIGEN / UDP-GalNAc / METAL-BINDING / MANGANESE / Glycosylation / TRANSMEMBRANE / GOLGI APPARATUS / SECRETED / SIGNAL-ANCHOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Palcic, M.M. / Jorgensen, R. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Base-modified donor analogues reveal novel dynamic features of a glycosyltransferase. Authors: Jrgensen, R. / Pesnot, T. / Lee, H.J. / Palcic, M.M. / Wagner, G.K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3v0o.cif.gz | 265.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3v0o.ent.gz | 212.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3v0o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3v0o_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3v0o_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 3v0o_validation.xml.gz | 28.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3v0o_validation.cif.gz | 41.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3v0lC 3v0mC 3v0nC 3v0pC 3v0qC 2ritS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34654.008 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Extracellular catalytic domain / Mutation: L266G, G268A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: AB0, ABO / Plasmid: PCW DELTA 1AC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 476 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 50 mM MOPS pH 7, 50-200 mM AMMONIUM SULFATE, 50 mM MnCl2, AND 6-9% PEG-3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jan 15, 2010 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→20 Å / Num. all: 71749 / Num. obs: 70167 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 26.606 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 17.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 25.74 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2RIT Resolution: 1.65→19.664 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8998 / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: Isotropic+tls / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 17.13 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.016 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.9 Å2 / Biso mean: 22.856 Å2 / Biso min: 7.43 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→19.664 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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