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- PDB-3v0n: Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalacto... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v0n | ||||||
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Title | Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalactosaminyltransferase (GTA, cisAB mutant L266G, G268A) in complex with a novel UDP-GalNAc derived inhibitor (3GW and 4GW) | ||||||
![]() | Histo-blood group ABO system transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / GTA / ABO / CISAB MUTANT / ROSSMANN FOLD / "closed" CONFORMATION / GLYCOSYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN / BLOOD GROUP ANTIGEN / UDP-GalNAc / METAL-BINDING / MANGANESE / Glycosylation / TRANSMEMBRANE / GOLGI APPARATUS / SECRETED / SIGNAL-ANCHOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Palcic, M.M. / Jorgensen, R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Base-modified donor analogues reveal novel dynamic features of a glycosyltransferase. Authors: Jrgensen, R. / Pesnot, T. / Lee, H.J. / Palcic, M.M. / Wagner, G.K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 216.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 29.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3v0lC ![]() 3v0mC ![]() 3v0oC ![]() 3v0pC ![]() 3v0qC ![]() 2ritS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34654.008 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Extracellular catalytic domain / Mutation: L266G, G268A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase |
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-Non-polymers , 6 types, 556 molecules ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/4GW.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/3GW.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-3GW / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 50 mM MOPS pH 7, 50-200 mM AMMONIUM SULFATE, 50 mM MnCl2, 6-9% PEG-3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Mar 26, 2010 Details: Multilayer mirror, curved to focus in the vertical (R = 400 m) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03796 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→30 Å / Num. all: 64706 / Num. obs: 64658 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 26.278 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 31.56 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2RIT Resolution: 1.75→29.021 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.9029 / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: Isotropic+tls / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / Phase error: 16.42 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.549 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.34 Å2 / Biso mean: 22.1828 Å2 / Biso min: 7.01 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→29.021 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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