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Yorodumi- PDB-3v0m: Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalacto... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3v0m | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalactosaminyltransferase (GTA, cisAB mutant L266G, G268A) in complex with a novel UDP-Gal derived inhibitor (5GW) and H-antigen acceptor | ||||||
Components | Histo-blood group ABO system transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / GTA / ABO / CISAB MUTANT / AA(GLY)B / ROSSMANN FOLD / "closed" CONFORMATION / GLYCOSYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN / BLOOD GROUP ANTIGEN / UDP-GalNAc / METAL-BINDING / MANGANESE / Glycosylation / TRANSMEMBRANE / GOLGI APPARATUS / SECRETED / SIGNAL-ANCHOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationfucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / : / Golgi cisterna membrane / : / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / : / Golgi cisterna membrane / : / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.68 Å | ||||||
Authors | Palcic, M.M. / Jorgensen, R. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013Title: Base-modified Donor Analogues Reveal Novel Dynamic Features of a Glycosyltransferase. Authors: Jrgensen, R. / Pesnot, T. / Lee, H.J. / Palcic, M.M. / Wagner, G.K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 3v0m.cif.gz | 267.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3v0m.ent.gz | 214.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3v0m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3v0m_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3v0m_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
| Data in XML | 3v0m_validation.xml.gz | 29.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 3v0m_validation.cif.gz | 43.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0m | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3v0lC ![]() 3v0nC ![]() 3v0oC ![]() 3v0pC ![]() 3v0qC ![]() 2ritS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 34654.008 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Extracellular catalytic domain / Mutation: L266G, G268A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: AB0, ABO / Plasmid: PCW DELTA 1AC / Production host: ![]() References: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 549 molecules 








| #2: Chemical | | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.01 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 50 mM MOPS pH 7, 50-200 mM AMMONIUM SULFATE, 50 mM MnCl2, AND 6-9% PEG-3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-2 / Wavelength: 1.03796 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Mar 26, 2010 Details: Multilayer mirror, curved to focus in the vertical (R = 400 m) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.03796 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.68→30 Å / Num. all: 73143 / Num. obs: 70045 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 25.996 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 17.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Phasing MR | Rfactor: 30.69 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 2RIT Resolution: 1.68→29.053 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.9009 / SU ML: 0.47 / Isotropic thermal model: Isotropic+tls / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 16.96 / Stereochemistry target values: MLHL
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.444 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 90.26 Å2 / Biso mean: 21.9192 Å2 / Biso min: 7.11 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.68→29.053 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
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