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Yorodumi- PDB-3v0m: Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalacto... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v0m | ||||||
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Title | Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalactosaminyltransferase (GTA, cisAB mutant L266G, G268A) in complex with a novel UDP-Gal derived inhibitor (5GW) and H-antigen acceptor | ||||||
Components | Histo-blood group ABO system transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / GTA / ABO / CISAB MUTANT / AA(GLY)B / ROSSMANN FOLD / "closed" CONFORMATION / GLYCOSYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN / BLOOD GROUP ANTIGEN / UDP-GalNAc / METAL-BINDING / MANGANESE / Glycosylation / TRANSMEMBRANE / GOLGI APPARATUS / SECRETED / SIGNAL-ANCHOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.68 Å | ||||||
Authors | Palcic, M.M. / Jorgensen, R. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Base-modified Donor Analogues Reveal Novel Dynamic Features of a Glycosyltransferase. Authors: Jrgensen, R. / Pesnot, T. / Lee, H.J. / Palcic, M.M. / Wagner, G.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3v0m.cif.gz | 267.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3v0m.ent.gz | 214.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3v0m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0m | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3v0lC 3v0nC 3v0oC 3v0pC 3v0qC 2ritS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34654.008 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Extracellular catalytic domain / Mutation: L266G, G268A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: AB0, ABO / Plasmid: PCW DELTA 1AC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 549 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 50 mM MOPS pH 7, 50-200 mM AMMONIUM SULFATE, 50 mM MnCl2, AND 6-9% PEG-3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-2 / Wavelength: 1.03796 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Mar 26, 2010 Details: Multilayer mirror, curved to focus in the vertical (R = 400 m) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03796 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.68→30 Å / Num. all: 73143 / Num. obs: 70045 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 25.996 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 17.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 30.69 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2RIT Resolution: 1.68→29.053 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.9009 / SU ML: 0.47 / Isotropic thermal model: Isotropic+tls / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 16.96 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.444 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 90.26 Å2 / Biso mean: 21.9192 Å2 / Biso min: 7.11 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.68→29.053 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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