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- PDB-3v0l: Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalacto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v0l
タイトルCrystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalactosaminyltransferase (GTA, cisAB mutant L266G, G268A) in complex with a novel UDP-Gal derived inhibitor (2GW)
要素Histo-blood group ABO system transferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / GTA / ABO / CISAB MUTANT / ROSSMANN FOLD / "Semi-closed" CONFORMATION / GLYCOSYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN / BLOOD GROUP ANTIGEN / UDP-GalNAc / METAL-BINDING / MANGANESE / Glycosylation / TRANSMEMBRANE / GOLGI APPARATUS / SECRETED / SIGNAL-ANCHOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2GW / : / Histo-blood group ABO system transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Palcic, M.M. / Jorgensen, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Base-modified Donor Analogues Reveal Novel Dynamic Features of a Glycosyltransferase.
著者: Jrgensen, R. / Pesnot, T. / Lee, H.J. / Palcic, M.M. / Wagner, G.K.
履歴
登録2011年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42017年11月8日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4474
ポリマ－34,6541
非ポリマー7933
水3,693205
1
A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子

A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8958
ポリマ－69,3082
非ポリマー1,5876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area5180 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area22380 Å2
手法PISA
2
A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子

A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8958
ポリマ－69,3082
非ポリマー1,5876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2190 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.430, 148.580, 78.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Histo-blood group ABO system transferase / Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N- ...Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-galactosyltransferase / Histo-blood group A transferase / A transferase / Histo-blood group B transferase / B transferase / NAGAT / Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase soluble form


分子量: 34654.008 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular catalytic domain / 変異: L266G, G268A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AB0, ABO / プラスミド: PCW DELTA 1AC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-2GW / 5-phenyl-uridine-5'-alpha-d-galactosyl-diphosphate / ヒドロキシ(5-フェニル-5′-ウリジリルオキシ)ホスフィニルα-D-ガラクトピラノシド


分子量: 642.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N2O17P2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM MOPS pH 7, 50-200 mM AMMONIUM SULFATE, 50 mM MnCl2, AND 6-9% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.90772 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月29日
詳細: Multilayer mirror, curved to focus in the vertical (R = 400 m)
放射モノクロメーター: Bent silicon crystal, horizontally focusing (R = 12 m). Will be planar diamond monochromator.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 31515 / Num. obs: 31474 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 25.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.09
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
1.75-1.857.40.653.27349624740473799.9
1.85-27.40.385.544061455055505100
2-2.257.40.2029.94596362316231100
2.25-2.57.40.13514.09294303979397799.9
2.5-37.40.09119.583368245674567100
3-3.57.30.05629.271721323512351100
3.5-47.20.04735.62962913331333100
4-57.20.04138.8295181325132499.9
5-67.10.04436.784260600600100
6-106.80.04137.68461867767699.9
10-205.10.03938.45106520717383.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.7 Å
Translation2.5 Å19.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RIT

2rit


解像度: 1.75→19.7 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.907 / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: Isotropic+tls / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1777 945 3 %Random
Rwork0.1471 ---
obs0.1481 31450 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.713 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 100.62 Å2 / Biso mean: 21.896 Å2 / Biso min: 5.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0291 Å2-0 Å20 Å2
2--0.0185 Å20 Å2
3---0.0105 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2276 0 48 205 2529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0212428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8843317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.151364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.784897
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
1.75-1.84220.26991320.2043425643884388
1.8422-1.95760.17121340.1574433644704470
1.9576-2.10850.17261330.1331430744404440
2.1085-2.32040.1611350.1314434144764476
2.3204-2.65550.19811340.1379433344674467
2.6555-3.3430.18591360.1521438445204520
3.343-19.70120.15911410.1455454846894689
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6066-0.73171.14322.3077-1.10372.26210.12530.0783-0.12160.2019-0.2053-0.1096-0.09710.4690.05010.1084-0.0493-0.01690.17820.0250.129110.527-13.860533.7708
22.28680.0809-4.46760.0044-0.14688.8026-0.1697-0.206-0.13710.11180.08310.2364-0.3195-0.05510.01890.27010.01520.09510.2141-0.02310.20593.6923-2.258523.1827
32.32740.30760.08981.25220.1121.18640.0044-0.10910.1202-0.0257-0.0028-0.0892-0.1395-0.03670.00970.09430.00220.0060.0904-0.01130.11681.5928-10.470215.033
42.5588-1.7714-0.23295.5436-0.63081.0837-0.2201-0.32180.18020.26410.2472-0.2078-0.06880.0195-0.03490.092-0.0067-0.00070.14770.0010.112213.3699-19.74724.4954
51.77440.4056-1.61271.9817-0.76364.84660.11270.04550.01420.15530.06830.02350.1234-0.2504-0.18590.07260.0204-0.01890.07220.00690.087916.0943-28.392110.0116
61.78390.1572-0.26121.48690.27472.8520.02320.0469-0.0481-0.01680.0075-0.19680.15690.2352-0.03620.07690.02060.01150.0844-0.00240.114624.2406-21.04382.1037
71.481-0.4363-0.22651.33451.31485.52880.1716-0.02990.01030.01580.0679-0.15360.4154-0.0239-0.17080.086-0.0028-0.01980.0695-0.01240.091120.4936-29.81886.7717
82.3042-0.5488-1.34093.10292.8943.00970.0268-0.29480.03980.2460.2396-0.2160.18430.33520.0130.08990.06040.0210.1227-0.01930.090130.4185-28.5515-0.7929
90.91230.33910.24450.69360.60372.31540.02950.169-0.2004-0.18130.01380.04060.32290.1097-0.13050.1410.0124-0.02160.1257-0.03940.079723.2929-32.0783.1551
101.0416-0.87450.60653.8884-3.02265.02810.0080.3586-0.2489-0.41540.0509-0.04660.3919-0.3285-0.06030.2533-0.0198-0.00180.2894-0.06270.387810.2979-33.3816-1.8686
110.8681-0.1666-0.04560.52760.06521.98710.01620.03410.1397-0.07620.0141-0.047-0.12320.1287-0.02310.08040.02290.00920.06840.00240.095816.4008-20.72576.1395
121.0559-0.02050.34850.57960.16450.4210.02310.08150.1107-0.0182-0.05210.066-0.08430.03570.0190.0988-0.00420.01660.0879-0.00210.09496.1498-14.42177.8667
132.74011.30081.35213.0990.96893.8426-0.02820.0738-0.0582-0.3339-0.04150.1789-0.4466-0.42370.01540.1520.0402-0.0250.17240.03740.1485-4.9632-13.4856-7.1414
140.61240.53560.52291.09780.97362.82350.08180.10310.0091-0.2202-0.10890.3044-0.2271-0.5434-0.03960.1360.0352-0.0440.20480.00210.1401-8.9167-17.2883-4.9122
151.1595-0.49010.03721.1845-0.33090.80340.04240.0784-0.02780.034-0.0275-0.0684-0.03340.0443-0.01920.07560.00130.00430.07540.0140.0845.4038-19.8134.5416
165.27120.04540.71026.68060.5024.16230.2483-0.4017-0.82220.5905-0.04580.24740.6956-0.3952-0.04660.1612-0.0294-0.02840.15770.0340.16582.6057-32.21847.8506
173.0686-0.04933.25162.03040.60037.98510.16340.2185-0.1482-0.2950.0284-0.01870.3825-0.1137-0.28610.1568-0.0113-0.0020.1185-0.02640.13130.0177-30.9906-6.4532
180.89760.01530.50991.28970.34853.27430.00290.14930.0286-0.19330.0195-0.0258-0.0465-0.0398-0.01590.0810.00310.00470.11840.00750.0963-0.681-21.3062-1.8138
190.51490.57350.22392.5139-1.02070.95680.0183-0.08830.10320.0262-0.00540.0328-0.18350.0622-0.0150.13560.00190.01430.08850.01190.111913.297-6.42684.8795
201.99910.30340.03040.31610.45812.9630.0848-0.070.2438-0.1748-0.0782-0.1132-0.32440.2801-0.19650.1374-0.01590.05850.10920.01860.119216.9962-9.06516.8156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 65:76 )A65 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 77:82 )A77 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 83:98 )A83 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 99:111 )A99 - 111
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 112:122 )A112 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 123:143 )A123 - 143
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 144:154 )A144 - 154
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 155:163 )A155 - 163
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 164:177 )A164 - 177
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 181:203 )A181 - 203
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 204:218 )A204 - 218
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 219:241 )A219 - 241
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 242:250 )A242 - 250
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 251:262 )A251 - 262
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 263:274 )A263 - 274
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN A AND RESID 275:279 )A275 - 279
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN A AND RESID 280:293 )A280 - 293
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN A AND RESID 294:318 )A294 - 318
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 319:335 )A319 - 335
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN A AND RESID 336:345 )A336 - 345

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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