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Yorodumi- PDB-3v0n: Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalacto... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v0n | ||||||
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Title | Crystal structure of the Fucosylgalactoside alpha N-acetylgalactosaminyltransferase (GTA, cisAB mutant L266G, G268A) in complex with a novel UDP-GalNAc derived inhibitor (3GW and 4GW) | ||||||
Components | Histo-blood group ABO system transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / GTA / ABO / CISAB MUTANT / ROSSMANN FOLD / "closed" CONFORMATION / GLYCOSYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN / BLOOD GROUP ANTIGEN / UDP-GalNAc / METAL-BINDING / MANGANESE / Glycosylation / TRANSMEMBRANE / GOLGI APPARATUS / SECRETED / SIGNAL-ANCHOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Palcic, M.M. / Jorgensen, R. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Base-modified donor analogues reveal novel dynamic features of a glycosyltransferase. Authors: Jrgensen, R. / Pesnot, T. / Lee, H.J. / Palcic, M.M. / Wagner, G.K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3v0n.cif.gz | 269.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3v0n.ent.gz | 216.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3v0n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3v0n_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3v0n_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 3v0n_validation.xml.gz | 29.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3v0n_validation.cif.gz | 43.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/3v0n | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3v0lC 3v0mC 3v0oC 3v0pC 3v0qC 2ritS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34654.008 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Extracellular catalytic domain / Mutation: L266G, G268A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: AB0, ABO / Plasmid: PCW DELTA 1AC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase |
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-Non-polymers , 6 types, 556 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-3GW / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 50 mM MOPS pH 7, 50-200 mM AMMONIUM SULFATE, 50 mM MnCl2, 6-9% PEG-3350 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-2 / Wavelength: 1.03796 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Mar 26, 2010 Details: Multilayer mirror, curved to focus in the vertical (R = 400 m) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03796 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→30 Å / Num. all: 64706 / Num. obs: 64658 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 26.278 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 17.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 31.56 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2RIT Resolution: 1.75→29.021 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.9029 / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: Isotropic+tls / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / Phase error: 16.42 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.549 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.34 Å2 / Biso mean: 22.1828 Å2 / Biso min: 7.01 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→29.021 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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