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- PDB-3v0c: 4.3 angstrom crystal structure of an inactive BoNT/A (E224Q/R363A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v0c
タイトル4.3 angstrom crystal structure of an inactive BoNT/A (E224Q/R363A/Y366F)
要素BoNT/A
キーワードTOXIN / Botulinum neurotoxin / Neurotoxin associated protein / Progenitor toxin complex / VHH bound interlocked complex / NTNHA
機能・相同性
機能・相同性情報


bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region ...bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Gu, S. / Rumpel, S. / Zhou, J. / Strotmeier, J. / Bigalke, H. / Perry, K. / Shoemaker, C.B. / Rummel, A. / Jin, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Botulinum neurotoxin is shielded by NTNHA in an interlocked complex.
著者: Gu, S. / Rumpel, S. / Zhou, J. / Strotmeier, J. / Bigalke, H. / Perry, K. / Shoemaker, C.B. / Rummel, A. / Jin, R.
履歴
登録2011年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BoNT/A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,2642
ポリマ－151,1991
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.521, 167.521, 158.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 BoNT/A / Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A / Neurotoxin A / Neurotoxin BoNT


分子量: 151198.719 Da / 分子数: 1 / 断片: Inactive full length BoNT/A1 / 変異: E224Q,R363A,Y366F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: bont/a, boNT/A, bonta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B8V4, UniProt: P0DPI1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 20% PEG3350, 200mM MgSO4,100mM Hepes, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月28日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→50 Å / Num. all: 17896 / Num. obs: 17863 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 8.4 / Observed criterion σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 4.3→4.4 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BTA

3bta


解像度: 4.3→45.114 Å / SU ML: 1.68 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3492 912 5.11 %RANDOM
Rwork0.3222 ---
all0.3235 17896 --
obs0.3235 17863 99.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 195.683 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.1474 Å2-0 Å20 Å2
2--7.1474 Å20 Å2
3----14.2947 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→45.114 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10389 0 1 0 10390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02710621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3814381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2773932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1251585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.3003-4.52680.42561280.41022399X-RAY DIFFRACTION100
4.5268-4.81010.38111540.37332354X-RAY DIFFRACTION100
4.8101-5.1810.40611240.34882371X-RAY DIFFRACTION100
5.181-5.70150.40531300.35322409X-RAY DIFFRACTION100
5.7015-6.52440.42951190.3762432X-RAY DIFFRACTION100
6.5244-8.21190.38261330.34132439X-RAY DIFFRACTION100
8.2119-45.11640.25481240.25382547X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7937-2.00180.74074.3396-1.7281.0009-0.8862-0.28410.7520.0586-0.13610.2712-1.52990.0971-02.0552-0.2663-0.03791.9431-0.00671.5116-5.801198.31155.4419
21.23021.33341.78863.7361.58191.0951-0.16730.0697-0.1381-0.17690.08810.29750.46280.017301.63790.04650.11521.432-0.06441.3694-5.978180.70189.0404
30.8011-0.73130.68382.55180.06041.62420.3919-0.2339-0.9185-0.64250.3556-0.01440.1855-0.70.00021.4923-0.2840.43961.61850.16441.4147-13.310870.5305-3.3798
42.8823-1.27122.8893.7651-2.6093.63870.11520.04880.1176-0.43440.05450.19880.27720.14440.00161.32760.32390.15821.46720.10311.2024-15.969853.23362.1926
55.93642.74742.39161.82081.19714.1195-0.17551.2943-1.8318-0.78450.6082-1.02390.46881.11520.00441.29730.18930.32031.5244-0.43431.7931-17.795123.87161.6555
63.83272.06143.53826.18330.8191.26740.35-1.11910.83820.9250.17640.18090.8762-0.27260.00011.8267-0.30050.33921.8429-0.11511.9205-50.442217.43970.4374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:80)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 81:471)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 472:603)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 604:859)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 860:1112)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 1113:1296)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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