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- PDB-3uyr: Structure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uyr
タイトルStructure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen
要素
  • H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
  • antibody Fab heavy chain
  • antibody Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig-fold 3 / 10 helix
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / immune response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...: / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-Type / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
If kappa light chain / H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Margulies, D.H. / Mage, M.G. / Wang, R. / Natarajan, K.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2012
タイトル: The Peptide-receptive transition state of MHC class I molecules: insight from structure and molecular dynamics.
著者: Mage, M.G. / Dolan, M.A. / Wang, R. / Boyd, L.F. / Revilleza, M.J. / Robinson, H. / Natarajan, K. / Myers, N.B. / Hansen, T.H. / Margulies, D.H.
履歴
登録2011年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: antibody Fab heavy chain
L: antibody Fab light chain
P: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1814
ポリマ－48,1193
非ポリマー621
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)193.524, 40.423, 59.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-281-

HOH

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要素

#1: 抗体 antibody Fab heavy chain


分子量: 23163.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 antibody Fab light chain


分子量: 23967.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain


分子量: 987.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01897
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M LiSO4, 0.1M Tris pH 8.5, 30% (w/v) PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.07 Å / Num. all: 49985 / Num. obs: 49813 / % possible obs: 99.57 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→45.067 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2256 2523 5.07 %Random
Rwork0.1924 ---
all0.1941 49809 --
obs0.1941 49809 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.458 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4735 Å2-0 Å22.8875 Å2
2---0.8414 Å20 Å2
3----1.6321 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.067 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3349 0 4 328 3681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1684678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5161215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005593
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.75710.35222220.29624637X-RAY DIFFRACTION97
1.7571-1.82750.32642600.25634657X-RAY DIFFRACTION100
1.8275-1.91070.272440.22554713X-RAY DIFFRACTION100
1.9107-2.01140.24582370.21754712X-RAY DIFFRACTION100
2.0114-2.13740.27112270.21564764X-RAY DIFFRACTION100
2.1374-2.30250.2412830.20644674X-RAY DIFFRACTION100
2.3025-2.53410.23722810.20074742X-RAY DIFFRACTION100
2.5341-2.90080.2342630.19794748X-RAY DIFFRACTION100
2.9008-3.65440.22222590.19394744X-RAY DIFFRACTION99
3.6544-45.08330.18862470.16434895X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4354-0.97750.49540.78130.20180.99060.10780.1002-0.3965-0.115-0.29710.1504-0.1225-0.15580.05860.24570.01230.01730.2159-0.03020.316.6961-9.576521.9977
23.0456-0.46730.80560.7155-0.05391.7369-0.0215-0.0687-0.23390.0553-0.11470.1078-0.2208-0.22460.06070.24640.01280.04770.2325-0.01590.233517.6698-8.078325.9935
30.6925-0.6334-0.60890.74690.96061.57010.07790.17460.0764-0.0303-0.0549-0.03720.0027-0.0993-0.01830.23770.04780.03870.28770.04870.226211.3633-3.4727-6.9798
42.0114-0.19910.02142.3052-0.81850.59390.08010.28980.0610.3029-0.1113-0.0148-0.2490.2061-0.00850.11060.0242-0.0280.14490.00630.156641.1176-10.56318.6678
51.1619-0.2023-0.57170.4579-0.11830.64110.08770.3004-0.25890.022-0.125-0.06140.21160.0296-0.05690.25260.0316-0.02840.1719-0.06530.258135.9038-18.097215.7519
61.0208-0.21690.86610.4792-0.44940.96770.17360.4152-0.01090.0133-0.0935-0.01740.04570.47590.13410.16640.090.01030.2655-0.00440.164728.8866-6.62661.9602
70.72030.39640.11250.9534-0.30171.680.0990.12080.1501-0.0267-0.0178-0.035-0.12850.69290.08320.1964-0.02360.02420.34810.04140.153924.33766.0313-12.8802
81.36051.30320.6311.48121.08551.61590.37640.0815-0.29020.06290.3072-0.48170.1351-0.177-0.38180.8132-0.07790.07780.51620.09260.616529.4924-15.617934.8121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resseq 2:51)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resseq 52:115)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resseq 116:216)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resseq 1:37)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resseq 38:80)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resseq 81:132)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resseq 133:218)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'P'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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