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万見
- PDB-3uw5: Crystal structure of the BIR domain of MLIAP bound to GDC0152 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uw5
タイトルCrystal structure of the BIR domain of MLIAP bound to GDC0152
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 7, Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
  • GDC-0152
キーワードApoptosis Inhibitor / BIR domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell apoptotic process / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response ...regulation of natural killer cell apoptotic process / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / lens development in camera-type eye / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of innate immune response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of PTEN localization / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / defense response to bacterium / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GDC0152 / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Baculoviral IAP repeat-containing protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Maurer, B. / Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Discovery of a Potent Small-Molecule Antagonist of Inhibitor of Apoptosis (IAP) Proteins and Clinical Candidate for the Treatment of Cancer (GDC-0152).
著者: Flygare, J.A. / Beresini, M. / Budha, N. / Chan, H. / Chan, I.T. / Cheeti, S. / Cohen, F. / Deshayes, K. / Doerner, K. / Eckhardt, S.G. / Elliott, L.O. / Feng, B. / Franklin, M.C. / Reisner, ...著者: Flygare, J.A. / Beresini, M. / Budha, N. / Chan, H. / Chan, I.T. / Cheeti, S. / Cohen, F. / Deshayes, K. / Doerner, K. / Eckhardt, S.G. / Elliott, L.O. / Feng, B. / Franklin, M.C. / Reisner, S.F. / Gazzard, L. / Halladay, J. / Hymowitz, S.G. / La, H. / Lorusso, P. / Maurer, B. / Murray, L. / Plise, E. / Quan, C. / Stephan, J.P. / Young, S.G. / Tom, J. / Tsui, V. / Um, J. / Varfolomeev, E. / Vucic, D. / Wagner, A.J. / Wallweber, H.J. / Wang, L. / Ware, J. / Wen, Z. / Wong, H. / Wong, J.M. / Wong, M. / Wong, S. / Yu, R. / Zobel, K. / Fairbrother, W.J.
履歴
登録2011年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22012年5月23日Group: Database references
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7, Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7, Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
Z: GDC-0152
Y: GDC-0152
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4658
ポリマ－27,1424
非ポリマー3234
水3,405189
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7, Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
Z: GDC-0152
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7334
ポリマ－13,5712
非ポリマー1612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area5050 Å2
手法PISA
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 7, Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
Y: GDC-0152
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7334
ポリマ－13,5712
非ポリマー1612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area5390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.396, 87.396, 73.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-49-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 7, Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / Kidney inhibitor of apoptosis protein / KIAP / Livin / Melanoma inhibitor of apoptosis protein / ML- ...Kidney inhibitor of apoptosis protein / KIAP / Livin / Melanoma inhibitor of apoptosis protein / ML-IAP / RING finger protein 50 / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / IAP-like protein / ILP / hILP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / IAP-3 / hIAP-3 / hIAP3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP


分子量: 13072.521 Da / 分子数: 2 / 断片: BIR domain 63-179 / 変異: S150G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: BIRC7, KIAP, LIVIN, MLIAP, RNF50, UNQ5800/PRO19607/PRO21344, API3, BIRC4, IAP3, XIAP
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96CA5, UniProt: P98170
#2: タンパク質・ペプチド GDC-0152


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 498.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic mimetic / 参照: GDC0152
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: Protein at 25 mg/mL in 10 mM MES was mixed with peptide (AVPW)n a 1:2 protein/peptide ratio. The MLIAP peptide complex was mixed with crystallization well solution (100 mM Bis ...詳細: Protein at 25 mg/mL in 10 mM MES was mixed with peptide (AVPW)n a 1:2 protein/peptide ratio. The MLIAP peptide complex was mixed with crystallization well solution (100 mM Bis tris(hydroxymethyl)aminomethane (tris), pH 6; 200 mM lithium sulfate; 20 25% (w/v) poly(ethylene glycol) 3350) in a ratio of 1 uL of protein complex to 1 uL of well solution, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. all: 31343 / Num. obs: 31343 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.71→1.77 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3045 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.71→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.274 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1658 1557 5 %RANDOM
Rwork0.15609 ---
all0.15656 31343 --
obs0.15656 31303 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.935 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20 Å2
2---0.74 Å2-0 Å2
3---1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1539 0 12 189 1740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021628
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1381.982208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8023.0052604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7365182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.24522.91179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.18215222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.233159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02373
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.754 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 104 -
Rwork0.188 1955 -
obs--99.42 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 81.3186 Å / Origin y: 63.9912 Å / Origin z: 36.1251 Å
111213212223313233
T0.0036 Å20.0021 Å20.0095 Å2-0.0145 Å2-0.0036 Å2--0.0427 Å2
L0.5455 °20.1116 °2-0.3496 °2-1.3694 °2-1.0159 °2--2.1807 °2
S0.0163 Å °0.0517 Å °-0.0181 Å °-0.0214 Å °-0.0142 Å °0.0057 Å °-0.0093 Å °-0.0236 Å °-0.0021 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A78 - 167
2X-RAY DIFFRACTION1B78 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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