PDB-3uvt: Crystal structure of the third catalytic domain of ERp46

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uvt

タイトル

Crystal structure of the third catalytic domain of ERp46

要素

Thioredoxin domain-containing protein 5

キーワード

ISOMERASE / thioredoxin-like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体 / protein disulfide-isomerase / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / protein folding / endoplasmic reticulum lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Gulerez, I.E. / Gehring, K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structure of the third catalytic domain of the protein disulfide isomerase ERp46.
著者: Gulerez, I.E. / Kozlov, G. / Rosenauer, A. / Gehring, K.

履歴

登録	2011年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uvt.cif.gz	221.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uvt.ent.gz	180.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uvt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uvt_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uvt_full_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示
XML形式データ	3uvt_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	3uvt_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/3uvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/3uvt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f8uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2m1z-d 1tw6-5 4ye7-2 1svy-d 3gt9-1 3fov-d 5ioi-3 1tw6-1 4a76-1 4hlx-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
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アミロイド (Amyloids)
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Hsp90 (Hsp90)
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類似性 (3)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (3)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioredoxin domain-containing protein 5

B: Thioredoxin domain-containing protein 5

C: Thioredoxin domain-containing protein 5

D: Thioredoxin domain-containing protein 5

E: Thioredoxin domain-containing protein 5

ヘテロ分子

61.4 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Thioredoxin domain-containing protein 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thioredoxin domain-containing protein 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Thioredoxin domain-containing protein 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Thioredoxin domain-containing protein 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Thioredoxin domain-containing protein 5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.106, 61.886, 71.002
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thioredoxin domain-containing protein 5 / Endoplasmic reticulum resident protein 46 / ER protein 46 / ERp46 / Thioredoxin-like protein p46 分子量: 12193.891 Da / 分子数: 5 / 断片: catalytic domain 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TXNDC5, TLP46, UNQ364/PRO700 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NBS9, protein disulfide-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月3日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→68.12 Å / Num. all: 36285 / Num. obs: 36285 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F8U

3f8u

解像度: 2→68.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 8.43 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24549	1912	5 %	RANDOM
R_work	0.20391	-	-	-
all	0.207	36285	-	-
obs	0.20599	36285	99.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.503 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7 Å²	0 Å²	0.21 Å²
2-	-	-0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→68.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4047	0	25	366	4438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	4206
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.033	1.964	5693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.989	5	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.138	23.064	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.67	15	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.516	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2785
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.165	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.125	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.44	1.5	2693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.772	2	4183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.043	3	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.719	4.5	1504

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	142	-
R_work	0.221	2461	-
obs	-	-	93.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7925	0.6669	0.9054	3.0852	-0.4491	0.6988	0.0344	0.0363	-0.144	0.0681	0.0822	0.0285	-0.0116	-0.0068	-0.1166	0.0023	-0.0034	0.019	0.0133	-0.0077	0.0615	0.9593	-9.6005	-3.5614
2	3.0149	1.2545	0.3228	2.5037	0.0456	1.4538	-0.0212	0.2621	-0.1942	0.0016	0.1138	-0.0891	0.0361	-0.0218	-0.0926	-0.002	-0.002	-0.0032	0.0242	-0.0246	0.0523	4.5966	-8.8732	-8.3861
3	4.2305	4.2334	-2.6514	7.6595	-1.9905	3.053	-0.2947	0.1139	-0.4956	-0.918	0.1722	-0.4457	0.5183	0.1723	0.1225	0.0761	0.0333	0.0281	-0.0171	-0.0898	0.0717	5.5319	-20.0876	-9.7062
4	2.8459	-0.2943	-0.4036	0.2946	-0.4567	1.708	0.0352	0.0175	0.0877	0.0395	-0.0426	-0.0753	-0.0802	-0.0265	0.0074	0.0235	-0.0147	0.0039	0.0155	0.0048	0.0714	-23.6753	-20.5767	4.4039
5	3.0325	-0.1171	-1.0642	1.2713	-0.3717	1.6571	-0.057	0.1265	-0.1118	0.0146	0.0642	-0.0254	-0.0594	-0.1228	-0.0071	0.0121	-0.0025	-0.0012	0.0256	0.0036	0.0419	-27.9759	-23.8243	2.3091
6	7.5455	2.0565	0.9826	2.6394	-0.061	2.0069	-0.1499	0.3296	0.0653	-0.1269	0.0155	-0.1597	-0.1637	-0.0909	0.1344	0.0454	0.007	0.0329	0.0687	0.0148	-0.0372	-27.8901	-19.3061	-9.3918
7	3.1725	1.7617	2.232	2.5493	2.8824	3.2885	0.3383	-0.385	-0.1336	0.5218	-0.3215	-0.2135	0.6902	-0.4112	-0.0168	0.1524	-0.1461	-0.015	0.0715	0.0874	-0.016	-29.9383	-3.9022	24.0058
8	1.4885	-0.4552	-0.0423	4.1277	2.5863	4.1324	0.2201	-0.27	-0.0216	0.3827	-0.0738	-0.5078	0.2112	0.0218	-0.1463	0.017	-0.072	-0.0379	0.0433	0.0561	-0.0208	-25.04	2.3909	20.9313
9	0.0775	0.1453	0.484	2.0561	0.4507	3.1416	0.0503	-0.0657	-0.0789	0.0071	0.0074	-0.1626	-0.0174	-0.2564	-0.0577	0.0257	-0.0451	0.0159	0.0651	-0.0078	0.0126	-31.3994	3.5319	13.6536
10	2.2442	0.05	0.6206	0.5196	-0.4425	1.6062	-0.0432	0.0969	-0.2598	-0.0213	-0.0127	0.0041	-0.0833	0.0168	0.056	0.0216	0.0018	0.0143	0.0678	-0.0172	0.019	-21.2271	0.8777	-20.3007
11	13.5903	-3.4885	-4.9166	5.4375	-0.1401	10.1749	-0.1945	0.5048	-0.3513	-0.5872	-0.0443	0.3674	0.6875	-0.3736	0.2387	0.1288	-0.0787	0.0097	0.0743	-0.0929	-0.0505	-19.5191	-0.2985	-33.855
12	1.1668	0.3207	0.3589	1.4095	-0.7708	1.9775	-0.0958	-0.0362	-0.1355	-0.0203	0.0191	-0.04	-0.2737	0.0186	0.0767	0.0567	-0.0098	0.0098	0.0632	-0.0163	-0.0149	-17.7532	7.2855	-20.6836
13	5.0117	1.1581	-1.3865	5.0259	-0.8104	2.6006	-0.5424	0.4048	0.596	-0.1069	0.5346	0.3413	-0.2933	-0.0169	0.0078	0.1696	0.0099	-0.153	-0.0177	0.0464	0.067	10.7487	0.4795	19.5041
14	33.4153	1.9533	8.3509	4.5304	-3.3283	7.818	0.2287	-1.8098	0.31	0.558	-0.1808	0.7676	-0.869	-0.8417	-0.0479	-0.0017	0.2922	-0.0126	-0.0297	-0.27	0.2037	4.0516	-4.1733	32.735
15	24.2382	2.2828	20.6285	0.7137	0.4873	21.805	-0.8891	-0.2749	1.3894	0.0638	0.1772	1.1056	-1.7596	-0.0206	0.7119	0.1604	0.1367	-0.1873	-0.1261	-0.1296	0.1731	10.9323	-1.1906	27.1566
16	62.638	20.4058	-2.7942	12.1352	-1.9286	10.4106	-1.4248	-2.2635	2.8075	-2.6242	2.1704	1.6007	-1.9318	-2.4398	-0.7456	0.4675	-0.0974	-0.5701	0.3321	0.3768	0.0008	4.9125	-5.4308	11.7376
17	5.5658	2.6497	-1.4821	8.855	-1.6611	2.7045	-0.7057	0.3724	0.2586	-1.052	0.5004	0.4106	-0.1092	-0.1553	0.2053	0.3388	0.0249	-0.1905	-0.0471	0.0332	-0.0945	11.1871	-9.3467	19.2716
18	7.4662	1.6374	-3.6731	3.5639	1.0752	6.9142	-0.2425	-0.5308	0.2518	0.0018	-0.0964	0.1291	-0.8317	-0.3383	0.339	0.1814	0.2152	-0.0604	0.0718	-0.0153	-0.0996	9.5386	-12.9799	31.4353

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	322 - 365
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	366 - 404
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	405 - 428
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	321 - 362
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	363 - 407
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	408 - 428
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	319 - 345
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	346 - 388
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	389 - 428
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	322 - 360
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	361 - 371
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	372 - 428
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	324 - 346
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	353 - 370
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	371 - 379
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	383 - 392
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	393 - 410
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	411 - 428

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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