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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3utc | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Ec_IspH in complex with (E)-4-hydroxybut-3-enyl diphosphate | ||||||
Components | 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / iron-sulfur protein / IspH / LytB / isoprenoid biosynthesis / non-mevalonate pathway | ||||||
| Function / homology | Function and homology information4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Li, K. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2012Title: Discovery of acetylene hydratase activity of the iron-sulphur protein IspH. Authors: Span, I. / Wang, K. / Wang, W. / Zhang, Y. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Li, K. / Schulz, C. / Oldfield, E. / Groll, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3utc.cif.gz | 274.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3utc.ent.gz | 222.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3utc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3utc_validation.pdf.gz | 473.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3utc_full_validation.pdf.gz | 483.7 KB | Display | |
| Data in XML | 3utc_validation.xml.gz | 28.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 3utc_validation.cif.gz | 41.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/3utc | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3urkC ![]() 3utdC ![]() 3uv3C ![]() 3uv6C ![]() 3uv7C ![]() 3uwmC ![]() 3ke8S ![]() 3uv8 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
| #1: Protein | Mass: 35790.512 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.77 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M ammonia sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 3, 2010 |
| Radiation | Monochromator: double-crystal fixed-exit monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→24.85 Å / Num. all: 51128 / Num. obs: 50463 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.8 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 94.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 3KE8 Resolution: 1.9→24.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.299 / SU ML: 0.097 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.593 / ESU R Free: 0.145 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 35.541 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→24.85 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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