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- PDB-3uqe: Crystal structure of the Phosphofructokinase-2 mutant Y23D from E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uqe
タイトルCrystal structure of the Phosphofructokinase-2 mutant Y23D from Escherichia coli
要素6-phosphofructokinase isozyme 2
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHOFRUCTOKINASES / PFK-2 / GLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


tagatose-6-phosphate kinase activity / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / glycolytic process / DNA damage response / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tagatose/fructose phosphokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE 2- / ATP-dependent 6-phosphofructokinase isozyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pereira, H.M. / Caniuguir, A. / Baez, M. / Cabrera, R. / Garatt, R.C. / Babul, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of E. coli PFK2 mutant Y23D
著者: Pereira, H.M. / Caniuguir, A. / Baez, M. / Cabrera, R. / Garratt, R.C. / Babul, J.
履歴
登録2011年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphofructokinase isozyme 2
B: 6-phosphofructokinase isozyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,34110
ポリマ－64,8782
非ポリマー1,4648
水4,630257
1
A: 6-phosphofructokinase isozyme 2
B: 6-phosphofructokinase isozyme 2
ヘテロ分子

A: 6-phosphofructokinase isozyme 2
B: 6-phosphofructokinase isozyme 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,68220
ポリマ－129,7554
非ポリマー2,92716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area16370 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area44590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.838, 89.123, 175.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-599-

HOH

21B-552-

HOH

31B-555-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 6-phosphofructokinase isozyme 2 / Phosphofructokinase-2


分子量: 32438.814 Da / 分子数: 2 / 変異: Y23D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1723, JW5280, PFK2, pfkB / プラスミド: PET21-D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06999, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: 23% PEG 4000, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.75, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月1日
放射モノクロメーター: DCM SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→58.62 Å / Num. all: 35587 / Num. obs: 33605 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 38.63 Å2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
直接法位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3CQD

3cqd


解像度: 2.2→48.98 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / SU ML: 0.84 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1686 5.02 %
Rwork0.219 --
obs0.22 33560 93.3 %
all-35587 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.62 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5031 Å20 Å20 Å2
2--0.3302 Å20 Å2
3---3.0681 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4436 0 84 257 4777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9276274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1711716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004815
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.26470.41761310.37622533X-RAY DIFFRACTION91
2.2647-2.33780.33821300.31472589X-RAY DIFFRACTION92
2.3378-2.42140.35261390.28672609X-RAY DIFFRACTION92
2.4214-2.51830.29361080.25872618X-RAY DIFFRACTION93
2.5183-2.63290.29431460.24982646X-RAY DIFFRACTION94
2.6329-2.77170.30811550.24632661X-RAY DIFFRACTION95
2.7717-2.94540.27611320.23392658X-RAY DIFFRACTION94
2.9454-3.17280.27611470.22812667X-RAY DIFFRACTION94
3.1728-3.4920.24511280.22982627X-RAY DIFFRACTION93
3.492-3.99710.25591600.20272632X-RAY DIFFRACTION92
3.9971-5.03510.18941430.16282628X-RAY DIFFRACTION91
5.0351-48.99690.20711670.19053006X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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