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- PDB-3upy: Crystal structure of the Brucella abortus enzyme catalyzing the f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3upy
タイトルCrystal structure of the Brucella abortus enzyme catalyzing the first committed step of the methylerythritol 4-phosphate pathway.
要素Oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / NADPH binding
機能・相同性
機能・相同性情報


NADP binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Oxidoreductase DRL, catalytic domain / Aspartate/homoserine dehydrogenase, NAD-binding / SAF domain / Homoserine dehydrogenase, NAD binding domain / SAF / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[FORMYL(HYDROXY)AMINO]PROPYLPHOSPHONIC ACID / Oxidoreductase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Calisto, B.M. / Perez-Gil, J. / Fita, I. / Rodriguez-Concepcion, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Brucella abortus deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase-like (DRL) enzyme involved in isoprenoid biosynthesis.
著者: Perez-Gil, J. / Calisto, B.M. / Behrendt, C. / Kurz, T. / Fita, I. / Rodriguez-Concepcion, M.
履歴
登録2011年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase
B: Oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5615
ポリマ－95,3292
非ポリマー2323
水11,800655
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area32740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.391, 63.379, 79.334
Angle α, β, γ (deg.)68.790, 75.540, 72.070
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Oxidoreductase


分子量: 47664.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: BAB2_0264, DRL / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YIM3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FOM / 3-[FORMYL(HYDROXY)AMINO]PROPYLPHOSPHONIC ACID / FOSMIDOMYCIN / 3-ホスホノ1-(N-ホルミルヒドロキシアミノ)プロパン


分子量: 183.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10NO5P / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14-20% PEG4000, 0.1M HEPES, 0.2M magnesium chloride, 0.5 mM fosmidomycin , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 78348 / Num. obs: 73258 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique all: 6096 / % possible all: 77.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3UPL

3upl


解像度: 1.8→39.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 5.697 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2042 3657 5 %RANDOM
Rwork0.1627 ---
all0.1648 73258 --
obs0.1648 69601 93.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 39.56 Å2 / Biso mean: 18.47 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å2-0.23 Å2-0.37 Å2
2---0.32 Å20.57 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6502 0 13 655 7170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0226686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8351.9849093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.068311049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1455894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.9724.389262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.69151139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4821546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0021.54370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3361.51789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68827040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.96432316
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8024.52042
LS精密化 シェル解像度: 1.798→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 202 -
Rwork0.295 4081 -
all-4283 -
obs-4081 74.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5669-0.308-0.31881.24290.41411.47780.001-0.07750.00470.0626-0.01440.05730.0304-0.01410.01340.0114-0.0159-0.01590.08150.00550.062-2.7708-3.229913.5925
20.4192-0.3151-0.53711.5836-0.24691.91250.0251-0.10670.0340.1059-0.0676-0.1282-0.11380.27360.04250.0618-0.05330.00720.07160.00650.05274.8624-8.956713.3848
31.55610.10290.63032.313-1.36894.18960.0294-0.1146-0.13920.0475-0.08840.09150.22230.0790.05890.097-0.0260.0080.03830.03070.06383.1059-25.692925.2269
40.86880.43820.63811.00350.35121.31910.00950.05510.0074-0.0757-0.03450.0445-0.0119-0.00160.0250.03680.02160.02390.0461-0.00610.0477-3.15323.5643-13.7066
50.5130.4390.33821.099-0.2551.8221-0.03020.0792-0.0543-0.0745-0.0357-0.0960.06390.21150.06590.05470.0161-0.0140.03840.0060.05125.15128.8947-13.9061
61.00160.0091-0.53792.1215-0.52383.8668-0.03290.11880.1754-0.0266-0.00860.1254-0.3401-0.00620.04160.1264-0.0098-0.04190.02140.02660.07473.549925.7804-25.4434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 169
2X-RAY DIFFRACTION1A241 - 324
3X-RAY DIFFRACTION2A170 - 240
4X-RAY DIFFRACTION2A325 - 349
5X-RAY DIFFRACTION3A350 - 437
6X-RAY DIFFRACTION4B2 - 169
7X-RAY DIFFRACTION4B241 - 324
8X-RAY DIFFRACTION5B170 - 240
9X-RAY DIFFRACTION5B325 - 349
10X-RAY DIFFRACTION6B350 - 437

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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