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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3upj | ||||||
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タイトル | HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 2 PROTEASE MUTANT WITH LYS 57 REPLACED BY LEU (K57L) COMPLEX WITH U096333 [4-HYDROXY-3-[1-(PHENYL)PROPYL]-7-METHOXYCOUMARIN] | ||||||
要素 | HIV-2 PROTEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (ACID PROTEASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-2 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Watenpaugh, K.D. / Mulichak, A.M. / Janakiraman, M.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1995 タイトル: Structure-based design of novel HIV protease inhibitors: carboxamide-containing 4-hydroxycoumarins and 4-hydroxy-2-pyrones as potent nonpeptidic inhibitors. 著者: Thaisrivongs, S. / Watenpaugh, K.D. / Howe, W.J. / Tomich, P.K. / Dolak, L.A. / Chong, K.-T. / Tomich, C.-S.C. / Tomasselli, A.G. / Turner, S.R. / Strohbach, J.W. / Mulichak, A.M. / ...著者: Thaisrivongs, S. / Watenpaugh, K.D. / Howe, W.J. / Tomich, P.K. / Dolak, L.A. / Chong, K.-T. / Tomich, C.-S.C. / Tomasselli, A.G. / Turner, S.R. / Strohbach, J.W. / Mulichak, A.M. / Janakiraman, M.N. / Moon, J.B. / Lynn, J.C. / Horng, M.-M. / Hinshaw, R.R. / Curry, K.A. / Rothrock, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3upj.cif.gz | 50.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3upj.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3upj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3upj_validation.pdf.gz | 445.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3upj_full_validation.pdf.gz | 449.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3upj_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3upj_validation.cif.gz | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/up/3upj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10712.315 Da / 分子数: 2 / 変異: K57L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04584, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | ChemComp-U03 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | ATOMS OA2 AND OA3 OF RESIDUE U03 [THE INHIBITOR] ARE, RESPECTIVELY, THE CARBONYL OXYGEN AND RING ...ATOMS OA2 AND OA3 OF RESIDUE U03 [THE INHIBITOR] ARE, RESPECTIVE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年4月23日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 6651 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.179 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 46.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 21608 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 46.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: EARLIER STRUCTURE 解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CEDAR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.208 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |