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万見
- PDB-3up3: Nuclear receptor DAF-12 from hookworm Ancylostoma ceylanicum in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3up3
タイトルNuclear receptor DAF-12 from hookworm Ancylostoma ceylanicum in complex with (25S)-cholestenoic acid
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • aceDAF-12
キーワードSTEROID BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION / ligand binding domain / nematode / STEROID BINDING PROTEIN-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol ...RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Circadian Clock / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / cell differentiation / nuclear body / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-XCA / aceDAF-12 / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Zhi, X. / Zhou, X.E. / Melcher, K. / Motola, D.L. / Gelmedin, V. / Hawdon, J. / Kliewer, S.A. / Mangelsdorf, D.J. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Conservation of Ligand Binding Reveals a Bile Acid-like Signaling Pathway in Nematodes.
著者: Zhi, X. / Zhou, X.E. / Melcher, K. / Motola, D.L. / Gelmedin, V. / Hawdon, J. / Kliewer, S.A. / Mangelsdorf, D.J. / Xu, H.E.
履歴
登録2011年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Database references
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aceDAF-12
P: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2399
ポリマ－29,4522
非ポリマー7877
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area12350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.545, 85.296, 46.325
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 aceDAF-12


分子量: 27770.740 Da / 分子数: 1 / 断片: Ligand binding domain
変異: K475A, K505R, K550G, K642Q, C553S, C607S, C625S, C661S
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
遺伝子: daf-12 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H0USY8*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / SRC2 / steroid receptor coactivator-2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / ...SRC2 / steroid receptor coactivator-2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1680.855 Da / 分子数: 1
断片: nuclear receptor binding motif (UNP residues 741-754)
由来タイプ: 合成 / 詳細: SRC2 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-XCA / (8alpha,10alpha,25S)-3-hydroxycholesta-3,5-dien-26-oic acid / (25S)-cholestenoic acid


分子量: 414.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H42O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化温度: 293 K
詳細: 20% w/v PEG3350, 0.2 M diammonium tartrate, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月5日
放射モノクロメーター: Kohzu Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→29.295 Å / Num. all: 70792 / Num. obs: 64363 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / % possible all: 57.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.4 Å11.97 Å
Translation3.4 Å11.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 0.583 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1804 4660 7.2 %RANDOM
Rwork0.1662 ---
all0.1672 64400 --
obs0.1672 64363 91.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 200 Å2 / Biso mean: 12.5833 Å2 / Biso min: 4.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20.08 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2048 0 54 224 2326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.9952861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90733681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9145253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.22624105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.32515392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1251519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8871.51272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.241.5510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61222048
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4643860
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9184.5813
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.284 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 206 -
Rwork0.214 2624 -
all-2830 -
obs--54.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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