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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3un4 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Yeast 20S proteasome in complex with PR-957 (morpholine) | ||||||
Components | (Proteasome component ...) x 14 | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Proteasome / antigen presentation / drug development / protein degradation / HYDROLASE -HYDROLASE-INHIBITOR complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationproteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome endopeptidase complex / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.4 Å | ||||||
Authors | Huber, E. / Basler, M. / Schwab, R. / Heinemeyer, W. / Kirk, C. / Groettrup, M. / Groll, M. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2012Title: Immuno- and constitutive proteasome crystal structures reveal differences in substrate and inhibitor specificity. Authors: Huber, E.M. / Basler, M. / Schwab, R. / Heinemeyer, W. / Kirk, C.J. / Groettrup, M. / Groll, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 3un4.cif.gz | 2.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3un4.ent.gz | 2.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3un4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3un4_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3un4_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
| Data in XML | 3un4_validation.xml.gz | 227.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 3un4_validation.cif.gz | 309.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3un4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3un4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3un8C ![]() 3unbC ![]() 3uneC ![]() 3unfC ![]() 3unhC ![]() 1rypS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
-Proteasome component ... , 14 types, 28 molecules AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZMaNb
| #1: Protein | Mass: 27191.828 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #2: Protein | Mass: 28748.230 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #3: Protein | Mass: 28478.111 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #4: Protein | Mass: 28649.086 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #5: Protein | Mass: 25634.000 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #6: Protein | Mass: 31575.068 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #7: Protein | Mass: 28033.830 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #8: Protein | Mass: 25114.459 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: Protein | Mass: 22627.842 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #10: Protein | Mass: 22545.676 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #11: Protein | Mass: 23325.248 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #12: Protein | Mass: 24883.928 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #13: Protein | Mass: 25945.496 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex #14: Protein | Mass: 21517.186 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex |
|---|
-Non-polymers , 2 types, 1328 molecules 


| #15: Chemical | ChemComp-04C / ![]() References: 1,2,4-TRIDEOXY-4-METHYL-2-{[N-(MORPHOLIN-4-YLACETYL)-L-ALANYL-O-METHYL-L-TYROSYL]AMINO}-1-PHENYL-D-XYLITOL, proteasome endopeptidase complex #16: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|---|
| Sequence details | THE STARTING EPOXIDE RING OF AN EPOXOMICIN-LIKE INHIBITOR UNDERGOES RE-CYCLIZATION REACTION WITH ...THE STARTING EPOXIDE RING OF AN EPOXOMICIN |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.68 Å3/Da / Density % sol: 66.58 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.8 Details: 100 mM MES, 12% MPD, 20 mM MgAc2, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 2, 2011 |
| Radiation | Monochromator: Double-crystal fixed-exit monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.4→30 Å / Num. all: 144376 / Num. obs: 141633 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 8.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: pdb entry 1RYP Resolution: 3.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 53.346 / SU ML: 0.352 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.471 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK PARAMETER FOR MASK CALCULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 80.525 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→15 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 3.4→3.484 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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