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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3unh | ||||||
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| Title | Mouse 20S immunoproteasome | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / 20S proteasome comprises 28 subunits / Protease / Cytosol | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationRegulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 ...Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Assembly of the pre-replicative complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / G2/M Checkpoints / Degradation of AXIN / Asymmetric localization of PCP proteins / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Regulation of RAS by GAPs / Regulation of PTEN stability and activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / Degradation of GLI1 by the proteasome / UCH proteinases / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of DVL / Orc1 removal from chromatin / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / spermatoproteasome complex / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Activation of NF-kappaB in B cells / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Interleukin-1 signaling / Downstream TCR signaling / Separation of Sister Chromatids / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / ABC-family proteins mediated transport / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome core complex / antigen processing and presentation / fat cell differentiation / myofibril / immune system process / NF-kappaB binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / T cell proliferation / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / skeletal muscle tissue development / proteasomal protein catabolic process / Neutrophil degranulation / proteolysis involved in protein catabolic process / proteasome complex / sarcomere / response to bacterium / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / P-body / lipopolysaccharide binding / protein catabolic process / response to virus / nuclear matrix / cell morphogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cilium / ciliary basal body / ribosome / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Huber, E. / Basler, M. / Schwab, R. / Heinemeyer, W. / Kirk, C. / Groettrup, M. / Groll, M. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2012Title: Immuno- and constitutive proteasome crystal structures reveal differences in substrate and inhibitor specificity. Authors: Huber, E.M. / Basler, M. / Schwab, R. / Heinemeyer, W. / Kirk, C.J. / Groettrup, M. / Groll, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 3unh.cif.gz | 2.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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| PDB format | pdb3unh.ent.gz | 2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3unh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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-Validation report
| Summary document | 3unh_validation.pdf.gz | 564.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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| Data in XML | 3unh_validation.xml.gz | 197.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 3unh_validation.cif.gz | 270.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3unh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/3unh | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3un4C ![]() 3un8C ![]() 3unbC ![]() 3uneC ![]() 3unfC ![]() 1iruS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
-Proteasome subunit alpha type- ... , 7 types, 14 molecules AOBPCQDRESFTGU
| #1: Protein | Mass: 25955.613 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P49722, proteasome endopeptidase complex #2: Protein | Mass: 29512.807 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: Q9R1P0, proteasome endopeptidase complex #3: Protein | Mass: 27897.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: Q9Z2U0, proteasome endopeptidase complex #4: Protein | Mass: 26435.977 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: Q9Z2U1, proteasome endopeptidase complex #5: Protein | Mass: 29586.576 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: Q9R1P4, proteasome endopeptidase complex #6: Protein | Mass: 28442.248 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: O70435, proteasome endopeptidase complex #7: Protein | Mass: 27405.434 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: Q9QUM9, proteasome endopeptidase complex |
|---|
-Proteasome subunit beta type- ... , 7 types, 14 molecules HVIWJXKYLZMaNb
| #8: Protein | Mass: 24830.314 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: O35955, proteasome endopeptidase complex #9: Protein | Mass: 22988.895 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: Q9R1P1, proteasome endopeptidase complex #10: Protein | Mass: 22935.377 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: Q9R1P3, proteasome endopeptidase complex #11: Protein | Mass: 22674.686 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P28063, proteasome endopeptidase complex #12: Protein | Mass: 23576.969 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: O09061, proteasome endopeptidase complex #13: Protein | Mass: 24384.715 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P99026, proteasome endopeptidase complex #14: Protein | Mass: 21345.162 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() References: UniProt: P28076, proteasome endopeptidase complex |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 582 molecules 






| #15: Chemical | ChemComp-IOD / #16: Chemical | ChemComp-CL / #17: Chemical | ChemComp-K / #18: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.46 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 0.2 M NaI, 40% MPD, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2011 |
| Radiation | Monochromator: double-crystal fixed-exit monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.2→30 Å / Num. all: 122308 / Num. obs: 121329 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 10.4 |
| Reflection shell | Resolution: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.4 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: pdb entry 1IRU Resolution: 3.2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 65.629 / SU ML: 0.473 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.541 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 82.186 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→15 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 3.2→3.279 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Citation



























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