PDB-3umn: Crystal Structure of Lamin-B1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3umn

タイトル

Crystal Structure of Lamin-B1

要素

Lamin-B1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Structural Genomics Consortium / SGC / Ig-like domain / INTERMEDIATE FILAMENT / LIPOPROTEIN / MEMBRANE / NUCLEUS

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of nuclear lamina / Breakdown of the nuclear lamina / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear pore localization / lamin filament / protein localization to nuclear envelope / nuclear lamina / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Xu, C. / Bian, C.B. / Amaya, M.F. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of the coil 2B fragment and the globular tail domain of human lamin B1.
著者: Ruan, J. / Xu, C. / Bian, C. / Lam, R. / Wang, J.P. / Kania, J. / Min, J. / Zang, J.

履歴

登録	2011年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2011年11月30日	ID: 3HN9
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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HIVカプシド (HIV Capsid)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lamin-B1

B: Lamin-B1

C: Lamin-B1

40.3 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Lamin-B1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lamin-B1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lamin-B1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.538, 169.963, 53.613
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1- HOH

#1: タンパク質	Lamin-B1 分子量: 13426.978 Da / 分子数: 3 / 断片: Globular Tail Domain, UNP residues 428-550 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LMNB1, LMN2, LMNB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20700
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.55 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→100 Å / Num. all: 33777 / Num. obs: 33473 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→25.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 9.533 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26397	1698	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24264	-	-	-
obs	0.24374	31763	99.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.645 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2711	0	0	104	2815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.034	0.02	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.424	1.926	3738
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.703	5	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.698	25.385	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.333	15	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.956	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.151	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	114	-
R_work	0.388	2001	-
obs	-	-	92.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8428	-0.1656	0.0378	0.2331	0.1574	0.1418	0.0021	0.0418	0.0452	-0.0103	-0.0686	0.0906	0.0165	-0.0298	0.0665	0.1425	-0.0139	-0.017	0.1476	-0.0121	0.1186	5.6344	40.2457	30.0713
2	0.1875	0.3171	0.2174	0.8172	0.4878	0.3038	-0.0186	-0.0009	0.0313	0.0284	0.0401	-0.0619	0.0099	0.0199	-0.0215	0.1352	-0.0121	-0.0098	0.1404	-0.0003	0.1153	16.3071	42.402	35.9552
3	0.2716	0.0921	-0.1972	0.2476	0.2147	0.5364	0.0354	0.0325	-0.0219	0.0543	-0.0137	-0.0106	0.0622	-0.0321	-0.0217	0.1773	-0.0194	-0.006	0.1193	0.0024	0.0849	12.0185	32.7541	38.1691
4	2.0593	0.1728	0.3935	0.0158	0.0384	0.2436	-0.0101	-0.0456	0.2678	-0.0046	-0.0024	0.0109	0.0545	-0.0542	0.0125	0.136	-0.0008	0.0021	0.13	-0.0034	0.1546	13.1457	47.947	33.4441
5	10.1157	-1.8599	-2.2182	1.3016	2.0315	3.2421	0.1065	-0.2665	0.3285	-0.1328	-0.2504	0.0764	-0.2122	-0.3609	0.1439	0.096	0.0072	-0.0481	0.2182	-0.0293	0.16	-1.2311	49.3125	34.7096
6	1.4087	-2.0587	-2.5586	16.9095	18.8194	21.0082	0.1778	0.0098	-0.0425	-0.1657	-0.0237	-0.1702	-0.2216	-0.0543	-0.1541	0.1687	0.0002	0.0424	0.08	-0.0195	0.0933	19.1291	21.0514	50.8885
7	0.3657	0.3194	0.2247	0.2893	0.2603	0.8115	0.0278	-0.0279	-0.0082	-0.0028	-0.0308	-0.0114	-0.0357	0.0182	0.0029	0.1543	-0.0026	0.0082	0.1168	-0.0183	0.1256	18.8104	17.4938	62.1511
8	0.8558	0.1804	0.7814	0.6062	1.2152	2.6596	0.1591	-0.1066	-0.0542	-0.1034	0.0029	-0.0718	-0.1083	-0.0797	-0.162	0.149	-0.0249	0.0033	0.1313	0.0108	0.1134	5.9467	16.1484	58.7251
9	0.0283	-0.0477	-0.0021	0.6547	0.032	0.0074	0.0445	-0.0362	-0.0262	0.1451	-0.0665	-0.0747	0.0339	0.0034	0.0219	0.2226	-0.044	-0.0203	0.1644	0.0207	0.1239	15.094	13.6056	68.4757
10	1.6189	0.4873	1.29	2.5256	0.3973	1.032	-0.0167	-0.0205	0.0061	0.2315	0.0213	0.1012	-0.0083	-0.0375	-0.0046	0.1668	-0.0195	0.0103	0.1264	0.0117	0.0591	11.4064	6.2823	66.1772
11	1.202	-0.5679	-1.5429	0.2693	0.7298	1.9824	0.0561	0.0254	0.0279	-0.0319	-0.0157	-0.0217	-0.0781	-0.0465	-0.0404	0.1728	-0.0065	-0.0094	0.1267	-0.0009	0.1031	10.7294	13.8705	51.8388
12	4.7871	-1.5755	0.6855	6.7074	-0.7652	4.0662	-0.0026	0.0514	0.5317	0.1554	-0.0547	-0.1638	-0.2561	-0.224	0.0573	0.1399	0.0057	0.0166	0.0824	-0.0242	0.0869	7.7927	28.2718	61.8874
13	1.1201	1.2221	0.8822	1.6405	1.8818	3.4803	0.0832	0.1048	-0.015	0.1121	0.0849	-0.0913	0.1721	-0.0862	-0.1681	0.1607	0.0042	0.0091	0.1222	-0.0224	0.1219	16.0971	16.4193	47.3223
14	0.8068	0.7194	-0.3764	0.642	-0.3353	0.1776	-0.0295	-0.049	-0.1512	-0.0294	-0.05	-0.1382	0.0041	0.0156	0.0795	0.1289	-0.0031	0.0297	0.124	-0.0133	0.15	29.3488	20.2491	54.517
15	1.2051	0.3986	-1.1545	3.4888	-0.5024	1.1121	0.0105	0.0582	-0.2681	-0.0002	-0.269	-0.0226	-0.0173	-0.0359	0.2585	0.0821	-0.0121	0.0553	0.1314	0.008	0.1783	37.3658	25.6479	46.8368
16	2.4684	-0.3633	0.459	0.0706	-0.0693	0.0856	0.0046	-0.1306	-0.3437	-0.0081	0.0215	-0.0296	-0.004	-0.0213	-0.0262	0.0184	0.0173	0.0646	0.0521	0.1454	0.427	40.453	16.3031	52.5684
17	0.8877	-0.2627	-0.7568	0.1837	0.1841	0.6602	0.1338	-0.0914	-0.029	-0.0038	-0.1518	-0.0136	-0.1468	0.1381	0.018	0.0465	-0.0796	-0.0393	0.2499	0.0451	0.1787	41.7593	25.9881	58.5453
18	0.8674	-0.4067	-1.0067	2.2897	1.9514	2.2215	-0.004	0.1054	-0.1627	0.0531	-0.0995	-0.0517	0.0079	-0.1388	0.1034	0.151	-0.0399	0.0403	0.1508	-0.03	0.1268	29.6636	26.6216	47.3987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	431 - 461
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	462 - 486
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	487 - 523
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	524 - 540
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	541 - 548
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	432 - 440
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	441 - 466
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	467 - 484
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	485 - 503
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	504 - 520
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	521 - 532
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	533 - 539
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	540 - 547
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	431 - 463
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	464 - 480
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	481 - 501
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	502 - 526
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	527 - 548

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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