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万見
- PDB-3jt0: Crystal Structure of the C-terminal fragment (426-558) Lamin-B1 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jt0
タイトルCrystal Structure of the C-terminal fragment (426-558) Lamin-B1 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR5546A
要素Lamin-B1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / HR5546A / LMNB1_HUMAN / Lamin-B1 / Acetylation / Chromosomal rearrangement / Coiled coil / Intermediate filament / Leukodystrophy / Lipoprotein / Membrane / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Prenylation
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of nuclear lamina / Breakdown of the nuclear lamina / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear pore localization / lamin filament / protein localization to nuclear envelope / nuclear lamina / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation ...structural constituent of nuclear lamina / Breakdown of the nuclear lamina / Depolymerization of the Nuclear Lamina / nuclear envelope organization / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear pore localization / lamin filament / protein localization to nuclear envelope / nuclear lamina / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / nuclear inner membrane / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / nuclear migration / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / phospholipase binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Meiotic synapsis / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / sequence-specific double-stranded DNA binding / nuclear envelope / heterochromatin formation / nuclear membrane / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Lamin Tail domain / Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. ...Lamin Tail domain / Lamin tail domain superfamily / Lamin tail domain / Lamin Tail Domain / Lamin-tail (LTD) domain profile. / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / Phenix / 解像度: 2.392 Å
データ登録者Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target HR5546A
著者: Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Belote, R.L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lamin-B1
B: Lamin-B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2942
ポリマ－32,2942
非ポリマー00
水37821
1
A: Lamin-B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1471
ポリマ－16,1471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lamin-B1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1471
ポリマ－16,1471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.437, 72.793, 81.402
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lamin-B1


分子量: 16147.178 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 426-558 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LMN2, LMNB, LMNB1 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: P20700
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.01 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 100 mM NH4H2PO4, 100 mM Hepes, 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月6日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.392→30 Å / Num. obs: 17107 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 7.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.4_115精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: Phenix / 解像度: 2.392→28.322 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 447 4.79 %
Rwork0.2379 --
obs0.2383 9337 95.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.059 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.369 Å20 Å20 Å2
2--0.095 Å20 Å2
3----3.464 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.392→28.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1665 0 0 21 1686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3422294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.726609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3916-2.73740.26651560.26852970X-RAY DIFFRACTION99
2.7374-3.44790.26161500.2673062X-RAY DIFFRACTION100
3.4479-28.32450.22791410.21232858X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.4386 Å / Origin y: 44.9057 Å / Origin z: 29.3476 Å
111213212223313233
T0.1704 Å2-0.0257 Å20.0337 Å2-0.1491 Å2-0.0293 Å2--0.1839 Å2
L0.6576 °20.5334 °20.0096 °2-1.0164 °20.0662 °2--0.2975 °2
S-0.0101 Å °0.0372 Å °-0.0042 Å °0.1385 Å °-0.0408 Å °-0.0085 Å °0.0138 Å °0.0447 Å °0.043 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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