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- PDB-3uka: CRYSTAL STRUCTURE OF UDP-galactopyranose mutase from Aspergillus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uka
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF UDP-galactopyranose mutase from Aspergillus fumigatus
要素UDP-galactopyranose mutase
キーワードISOMERASE / UDP-GALACTOPYRANOSE MUTASE / AFUGM / FLAVOENZYME / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / cell wall organization / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)-binding Rossmann-like domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / UDP-galactopyranose mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Van Straaten, K.E. / Sanders, D.A.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Insight into the Unique Substrate Binding Mechanism and Flavin Redox State of UDP-galactopyranose Mutase from Aspergillus fumigatus.
著者: van Straaten, K.E. / Routier, F.H. / Sanders, D.A.
履歴
登録2011年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22012年7月18日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactopyranose mutase
B: UDP-galactopyranose mutase
C: UDP-galactopyranose mutase
D: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,0818
ポリマ－229,9394
非ポリマー3,1424
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14350 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area80750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.830, 73.560, 116.010
Angle α, β, γ (deg.)102.02, 101.07, 91.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 2:201 or resseq 208:312 or resseq...
211chain B and (resseq 2:201 or resseq 208:312 or resseq...
311chain C and (resseq 2:201 or resseq 208:312 or resseq...
411chain D and (resseq 2:201 or resseq 208:312 or resseq...

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999955, 0.003604, 0.008732), (-0.00522, 0.559566, -0.828769), (-0.007873, -0.828778, -0.559522)92.424797, 4.52145, 7.82584
2given(0.969182, -0.114131, -0.218314), (-0.123014, -0.992024, -0.027493), (-0.213434, 0.053502, -0.975491)2.03359, 153.427002, -63.260101
3given(-0.971239, 0.099799, 0.216183), (0.130218, -0.537495, 0.833152), (0.199345, 0.837341, 0.509041)90.841698, 137.710999, -89.130898

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要素

#1: タンパク質
UDP-galactopyranose mutase


分子量: 57484.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: CBS 144-89 / 遺伝子: glf, glfA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD / 参照: UniProt: Q4W1X2, UDP-galactopyranose mutase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.2M MgCl2, 13% PEG 3350, 4% acetonitrile, microbatch, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97969 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月7日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→19.9 Å / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rsym value: 0.153 / Net I/σ(I): 5.24
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.42-2.651.9470.6421.210.642185.1
2.65-2.931.9910.5071.620.507197.3
2.93-3.281.9890.3092.750.309197.6
3.28-3.721.9910.1545.20.154197.7
3.72-4.31.9930.0858.90.085198.1
4.3-5.11.9910.0612.160.06198.2
5.1-6.261.9880.06211.820.062198.5
6.26-8.121.9830.04914.40.049198
8.12-11.551.9760.02523.990.025198
11.55-19.91.9670.02428.810.024176.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: structure of reduced AfUGM:UDP-galp complex

解像度: 2.64→19.72 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / SU ML: 0.86 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2.09 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2674 3241 5.11 %
Rwork0.2062 --
obs0.2093 63418 97.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.65 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7083 Å2-2.8483 Å2-0.5624 Å2
2--2.847 Å2-7.997 Å2
3----2.1387 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15925 0 212 355 16492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56922546
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3546184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032901
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3942X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3942X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.378
13C3928X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.529
14D3942X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.568
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.64-2.73410.36133050.29985960X-RAY DIFFRACTION97
2.7341-2.84330.34443150.26456023X-RAY DIFFRACTION97
2.8433-2.97230.34253220.25215932X-RAY DIFFRACTION97
2.9723-3.12840.32293410.24136025X-RAY DIFFRACTION98
3.1284-3.32360.30763330.21866055X-RAY DIFFRACTION98
3.3236-3.57880.26893190.19195964X-RAY DIFFRACTION98
3.5788-3.93630.25023290.17666048X-RAY DIFFRACTION98
3.9363-4.50.21063310.16456024X-RAY DIFFRACTION98
4.5-5.64740.22833310.17546068X-RAY DIFFRACTION98
5.6474-19.72010.23883150.21126078X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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