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万見
- PDB-3ujk: Crystal structure of protein phosphatase ABI2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ujk
タイトルCrystal structure of protein phosphatase ABI2
要素Protein phosphatase 2C 77
キーワードHYDROLASE / ABI2 / protein phosphatase 2C / ABA signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


photoinhibition / regulation of stomatal opening / response to abscisic acid / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway / response to osmotic stress / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of protein kinase activity ...photoinhibition / regulation of stomatal opening / response to abscisic acid / response to water deprivation / abscisic acid-activated signaling pathway / response to osmotic stress / protein serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of protein kinase activity / response to heat / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein phosphatase 2C 77
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhou, X.E. / Soon, F.-F. / Ng, L.-M. / Kovach, A. / Tan, M.H.E. / Suino-Powell, K.M. / He, Y. / Xu, Y. / Brunzelle, J.S. / Li, J. ...Zhou, X.E. / Soon, F.-F. / Ng, L.-M. / Kovach, A. / Tan, M.H.E. / Suino-Powell, K.M. / He, Y. / Xu, Y. / Brunzelle, J.S. / Li, J. / Melcher, K. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Molecular mimicry regulates ABA signaling by SnRK2 kinases and PP2C phosphatases.
著者: Soon, F.F. / Ng, L.M. / Zhou, X.E. / West, G.M. / Kovach, A. / Tan, M.H. / Suino-Powell, K.M. / He, Y. / Xu, Y. / Chalmers, M.J. / Brunzelle, J.S. / Zhang, H. / Yang, H. / Jiang, H. / Li, J. ...著者: Soon, F.F. / Ng, L.M. / Zhou, X.E. / West, G.M. / Kovach, A. / Tan, M.H. / Suino-Powell, K.M. / He, Y. / Xu, Y. / Chalmers, M.J. / Brunzelle, J.S. / Zhang, H. / Yang, H. / Jiang, H. / Li, J. / Yong, E.L. / Cutler, S. / Zhu, J.K. / Griffin, P.R. / Melcher, K. / Xu, H.E.
履歴
登録2011年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein phosphatase 2C 77
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8574
ポリマ－35,7841
非ポリマー733
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.666, 89.666, 91.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Protein phosphatase 2C 77 / AtPP2C77 / Protein ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 2 / Protein phosphatase 2C ABI2 / PP2C ABI2


分子量: 35783.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ABI2, At5g57050, MHM17.19 / プラスミド: pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O04719, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M sodium formate, 18% w/v PEG 8000, 10% w/v sucrose, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月5日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 34066 / % possible obs: 92.14 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.4 Å11.97 Å
Translation3.4 Å11.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→29.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.856 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2204 2449 7.2 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
all0.1971 ---
obs0.1971 34066 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.2 Å2 / Biso mean: 38.4224 Å2 / Biso min: 19.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20.43 Å20 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2316 0 3 158 2477
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2811.9573189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80134000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1995295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.37223.269104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.94415413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8081520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0561.51480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2291.5602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94422384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4533882
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0884.5805
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 194 -
Rwork0.255 2299 -
all-2493 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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