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- PDB-3ujj: Crystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 4025 in complex with Con A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ujj
タイトルCrystal structure of anti-HIV-1 V3 Fab 4025 in complex with Con A peptide
要素
  • Fab region of the heavy chain of anti-HIV-1 V3 monoclonal antibody 4025
  • Gp120
  • Light chain of anti-HIV-1 V3 monoclonal antibody 4025
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig domains / antibody Fab / antigen binding / The third variable region of HIV-1 gp120
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / viral process / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / viral process / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Envelope glycoprotein gp160 / Glycoprotein 120
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kong, X.P. / Sampson, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Human Anti-V3 HIV-1 Monoclonal Antibodies Encoded by the VH5-51/VL Lambda Genes Define a Conserved Antigenic Structure.
著者: Gorny, M.K. / Sampson, J. / Li, H. / Jiang, X. / Totrov, M. / Wang, X.H. / Williams, C. / O'Neal, T. / Volsky, B. / Li, L. / Cardozo, T. / Nyambi, P. / Zolla-Pazner, S. / Kong, X.P.
履歴
登録2011年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Light chain of anti-HIV-1 V3 monoclonal antibody 4025
H: Fab region of the heavy chain of anti-HIV-1 V3 monoclonal antibody 4025
P: Gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,62837
ポリマ－49,6963
非ポリマー2,93234
水8,809489
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11760 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.143, 136.143, 73.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The Fab is the biological assembly and there is only one Fab in the asymmetric subunit.

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド Gp120


分子量: 2452.747 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 30-52 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthesized based on HIV-1 strain of consensus clade A
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9YXJ8, UniProt: Q9Q714*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Light chain of anti-HIV-1 V3 monoclonal antibody 4025


分子量: 22903.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab region of the heavy chain of anti-HIV-1 V3 monoclonal antibody 4025


分子量: 24340.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 4種, 523分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.86 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 3.8
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 80 mM sodium acetate, 30% glycerol, pH 3.8, EVAPORATION, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97883 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月12日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97883 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 52860 / Num. obs: 52523 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 67.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 2B0S

2b0s


解像度: 2→39.301 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2134 2665 5.08 %random
Rwork0.1766 ---
obs0.1784 52488 98.41 %-
all-55153 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.199 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2404 Å20 Å20 Å2
2---0.2404 Å2-0 Å2
3---0.4843 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.301 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3448 0 182 489 4119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073689
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1494979
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6221293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9973-2.03360.31421260.28172248X-RAY DIFFRACTION85
2.0336-2.07270.28681220.24952371X-RAY DIFFRACTION90
2.0727-2.1150.2851430.23262539X-RAY DIFFRACTION96
2.115-2.1610.2551490.21572620X-RAY DIFFRACTION99
2.161-2.21130.25861500.21122593X-RAY DIFFRACTION99
2.2113-2.26660.26551680.20592614X-RAY DIFFRACTION100
2.2666-2.32780.22281290.20462656X-RAY DIFFRACTION100
2.3278-2.39630.22481460.19342643X-RAY DIFFRACTION100
2.3963-2.47370.24331330.18722661X-RAY DIFFRACTION100
2.4737-2.56210.22221260.1752659X-RAY DIFFRACTION100
2.5621-2.66460.21571560.18132647X-RAY DIFFRACTION100
2.6646-2.78590.21641470.17662647X-RAY DIFFRACTION100
2.7859-2.93270.23981300.17342671X-RAY DIFFRACTION100
2.9327-3.11640.19581310.16922671X-RAY DIFFRACTION100
3.1164-3.35690.2021480.16032675X-RAY DIFFRACTION100
3.3569-3.69440.17981310.15642697X-RAY DIFFRACTION100
3.6944-4.22850.19691480.14112676X-RAY DIFFRACTION100
4.2285-5.32540.16511430.14632723X-RAY DIFFRACTION100
5.3254-39.30870.21631390.20042812X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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