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万見
- PDB-3uif: CRYSTAL STRUCTURE OF putative sulfonate ABC transporter, periplas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uif
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF putative sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein SsuA from Methylobacillus flagellatus KT
要素Sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein SsuA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / sulfonate ABC transporter / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性SsuA/THI5-like / NMT1/THI5 like / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein SsuA
機能・相同性情報
生物種Methylobacillus flagellatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Bonanno, J.B. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF putative sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein SsuA from Methylobacillus flagellatus KT
著者: Malashkevich, V.N. / Bonanno, J.B. / Bhosle, R. / Toro, R. / Seidel, R. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein SsuA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5044
ポリマ－39,2201
非ポリマー2843
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.097, 101.097, 66.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein SsuA


分子量: 39219.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus flagellatus (バクテリア)
株: KT / 遺伝子: 4000324, Mfla_1563 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q1H106
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Li-sulfate, 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 22865 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.18 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Χ2Diffraction-IDRmerge(I) obsNum. unique all% possible all
0.9611
0.9651
2.59-2.647.10.96810.6991124100
2.64-2.697.10.94210.5991139100
2.69-2.757.20.95610.611146100
2.75-2.827.20.96810.5061155100
2.82-2.897.10.96910.4091149100
2.89-2.9670.99410.323113699.9
2.96-3.0571.02610.2711135100
3.05-3.156.90.97810.221133100
3.15-3.2671.00510.1871146100
3.26-3.396.90.97610.13113899.9
3.39-3.556.91.1310.1141137100
3.55-3.736.91.22910.095115999.9
3.73-3.976.91.38210.0781125100
3.97-4.276.81.50910.0681137100
4.27-4.771.66810.0631149100
4.7-5.3871.56910.0611142100
5.38-6.7871.410.0591152100
6.78-5072.03410.048115899.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / WRfactor Rfree: 0.245 / WRfactor Rwork: 0.1717 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8081 / SU B: 24.775 / SU ML: 0.254 / SU R Cruickshank DPI: 0.2609 / SU Rfree: 0.3719 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2783 528 4.8 %RANDOM
Rwork0.1951 ---
obs0.1989 11101 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.57 Å2 / Biso mean: 49.1495 Å2 / Biso min: 35.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2593 0 16 59 2668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3021.9513685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6165337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.79224.38121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.38515437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3391514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212054
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 34 -
Rwork0.242 652 -
all-686 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.8947 Å / Origin y: 26.8726 Å / Origin z: 3.8492 Å
111213212223313233
T0.0406 Å20.0071 Å20.0281 Å2-0.0146 Å20.0007 Å2--0.0872 Å2
L1.9757 °2-0.2811 °20.9569 °2-1.229 °20.1659 °2--3.0658 °2
S0.0017 Å °-0.0549 Å °0.0692 Å °0.1412 Å °-0.0278 Å °0.0943 Å °0.0176 Å °-0.1217 Å °0.0261 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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