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- PDB-3mgm: Crystal structure of human NUDT16 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mgm
タイトルCrystal structure of human NUDT16
要素U8 snoRNA-decapping enzyme
キーワードHYDROLASE / hNUDT16 / Nudix fold / two domains / dimmer
機能・相同性
機能・相同性情報


inosine diphosphate phosphatase / sno(s)RNA catabolic process / dIDP phosphatase activity / dITP catabolic process / IDP phosphatase activity / positive regulation of cell cycle process / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / dITP diphosphatase activity / negative regulation of rRNA processing / phosphodiesterase decapping endonuclease activity ...inosine diphosphate phosphatase / sno(s)RNA catabolic process / dIDP phosphatase activity / dITP catabolic process / IDP phosphatase activity / positive regulation of cell cycle process / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / dITP diphosphatase activity / negative regulation of rRNA processing / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / NAD-cap decapping / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / metalloexopeptidase activity / chloride ion binding / cobalt ion binding / snoRNA binding / mRNA catabolic process / manganese ion binding / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / U8 snoRNA-decapping enzyme-like / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U8 snoRNA-decapping enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Yan, J. / Lu, G. / Zhang, J. / Qi, J. / Li, Z. / Gao, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and the template mRNA decapping activity of human NUDT16
著者: Lu, G. / Zhang, J. / Li, Z. / Zhang, Q. / Qi, J. / Gao, F. / Peng, H. / Wang, T. / Gao, G.F. / Yan, J.
履歴
登録2010年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U8 snoRNA-decapping enzyme
B: U8 snoRNA-decapping enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9722
ポリマ－43,9722
非ポリマー00
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.412, 79.153, 97.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 U8 snoRNA-decapping enzyme / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 16 / Nudix motif 16 / U8 snoRNA-binding protein H29K


分子量: 21986.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hNUDT16, NUDT16 / プラスミド: pET-30a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96DE0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1M imidazole, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 32018 / Num. obs: 32018 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 39.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 7.75 / Num. unique all: 230397 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U20

1u20


解像度: 1.801→24.355 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 18.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2005 1589 5.04 %
Rwork0.1839 --
obs0.1847 31528 96.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.09 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→24.355 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2554 0 0 367 2921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042610
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8623526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.016956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003466
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8008-1.85890.23711350.1803252491
1.8589-1.92530.22891510.1662255993
1.9253-2.00230.19891240.1589263496
2.0023-2.09340.19051270.1643269696
2.0934-2.20370.20591400.1596269997
2.2037-2.34170.20261610.1701268197
2.3417-2.52230.22681430.1812273898
2.5223-2.77580.21981430.18279399
2.7758-3.17670.21161490.1916280099
3.1767-3.99950.15121490.17172846100
3.9995-24.35770.19231670.19312969100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.1706 Å / Origin y: 2.1127 Å / Origin z: 3.5338 Å
111213212223313233
T0.0948 Å2-0.0025 Å20.0042 Å2-0.0943 Å20.0041 Å2--0.1214 Å2
L0.4481 °2-0.0276 °20.0715 °2-0.6419 °20.0161 °2--1.0648 °2
S0.0065 Å °-0.0323 Å °-0.031 Å °0.0367 Å °-0.0122 Å °0.0548 Å °0.0339 Å °-0.0765 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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