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- PDB-3uia: Structural Determinants of Trimerization Specificity in HIV-1 gp4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uia
タイトルStructural Determinants of Trimerization Specificity in HIV-1 gp41 Protein
要素Glycoprotein 41
キーワードVIRAL PROTEIN / gp41 / HIV-1 / trimerization domain / oligomeric structure
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, J. / Lu, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Determinants of Trimerization Specificity in HIV-1 gp41 Protein
著者: Liu, J. / Li, Q. / Dey, A.K. / Moore, J.P. / Lu, M.
履歴
登録2011年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein 41
B: Glycoprotein 41
C: Glycoprotein 41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0618
ポリマ－18,5533
非ポリマー5085
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area10530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.027, 76.316, 65.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glycoprotein 41


分子量: 6184.180 Da / 分子数: 3 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN / 変異: I34L, L37I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12487
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 34% MPD, 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M Tris, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→63.5 Å / Num. all: 25339 / Num. obs: 25339 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2541 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U91

3u91


解像度: 2→63.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.945 / SU ML: 0.09 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25227 1291 5.1 %RANDOM
Rwork0.21156 ---
all0.21378 25339 --
obs0.21378 25339 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å2-2.67 Å2
2--1.27 Å20 Å2
3----2.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→63.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1299 0 33 148 1480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0221336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8861.9811803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1135155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.37825.41772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.09115265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2441512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02964
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.2925
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.297
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2680.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3591.5828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03521250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8823589
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.794.5553
LS精密化 シェル解像度: 2→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 84 -
Rwork0.255 1710 -
obs-1794 94.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.672-6.2697.706314.7132-16.589621.06870.11040.3032-0.0228-0.3594-0.4608-0.50050.44170.82660.3504-0.25560.02580.0603-0.1754-0.0666-0.1885.07816.412327.9001
26.019-3.90419.58544.6417-7.739821.387-0.18650.0865-0.01230.20940.1183-0.1298-0.0266-0.03010.0683-0.2886-0.02470.0488-0.2826-0.0256-0.1701-2.14917.517730.613
31.5283-2.81334.856610.468-17.196628.96260.23030.0468-0.3824-0.45820.21480.24820.9645-0.0592-0.4452-0.14690.07560.0062-0.1998-0.0677-0.1357-0.658511.323125.7947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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