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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uhk | ||||||
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タイトル | HBI (K96R) without ligand bound | ||||||
![]() | Globin-1 | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE / OXYGEN TRANSPORT / allostery / oxygen binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, Z. / Srajer, V. / Knapp, J.E. / Royer Jr., W.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cooperative macromolecular device revealed by meta-analysis of static and time-resolved structures. 著者: Ren, Z. / Srajer, V. / Knapp, J.E. / Royer, W.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3qobC ![]() 3ugyC ![]() 3ugzC ![]() 3uh3C ![]() 3uh5C ![]() 3uh6C ![]() 3uh7C ![]() 3uhbC ![]() 3uhcC ![]() 3uhdC ![]() 3uheC ![]() 3uhgC ![]() 3uhhC ![]() 3uhiC ![]() 3uhnC ![]() 3uhqC ![]() 3uhrC ![]() 3uhsC ![]() 3uhtC ![]() 3uhuC ![]() 3uhvC ![]() 3uhwC ![]() 3uhxC ![]() 3uhyC ![]() 3uhzC ![]() 3ui0C ![]() 3sdhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15995.317 Da / 分子数: 4 / 変異: K96R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PCS-26 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 2.1-2.3 M phosphate buffer, pH 7.5, MICROBATCH, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月23日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. all: 39433 / Num. obs: 36200 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 94.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3SDH 解像度: 2→30.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1474448.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.619 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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