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- PDB-3uez: Crystal structure of the human Colony-Stimulating Factor 1 (hCSF-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uez
タイトルCrystal structure of the human Colony-Stimulating Factor 1 (hCSF-1) cytokine in complex with the viral receptor BARF1
要素
  • Macrophage colony-stimulating factor 1
  • Secreted protein BARF1
キーワードCYTOKINE RECEPTOR/CYTOKINE / VIRAL RECEPTOR / RTKIII / EXTRACELLULAR / CYTOKINE RECEPTOR-CYTOKINE complex / CYTOKINE / FOUR-HELIX BUNDLE / GLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / ONCOGENE / RECEPTOR / CYTOKINE/SIGNALING / PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macrophage derived foam cell differentiation / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / macrophage homeostasis / monocyte activation / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte homeostasis / osteoclast proliferation / positive regulation of macrophage migration / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth ...regulation of macrophage derived foam cell differentiation / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / macrophage homeostasis / monocyte activation / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte homeostasis / osteoclast proliferation / positive regulation of macrophage migration / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / developmental process involved in reproduction / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of microglial cell migration / mammary duct terminal end bud growth / microglial cell proliferation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / myeloid leukocyte migration / neutrophil homeostasis / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of Ras protein signal transduction / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of cell-matrix adhesion / Other interleukin signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / Interleukin-10 signaling / monocyte differentiation / macrophage differentiation / regulation of ossification / positive regulation of protein kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of protein metabolic process / osteoclast differentiation / cytokine activity / response to ischemia / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Ras protein signal transduction / nuclear body / positive regulation of cell migration / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BARF1 second Ig-like domain / Macrophage colony stimulating factor-1 / Macrophage colony stimulating factor-1 (CSF-1) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...BARF1 second Ig-like domain / Macrophage colony stimulating factor-1 / Macrophage colony stimulating factor-1 (CSF-1) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Secreted protein BARF1 / Macrophage colony-stimulating factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.414 Å
データ登録者Elegheert, J. / Bracke, N. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Allosteric competitive inactivation of hematopoietic CSF-1 signaling by the viral decoy receptor BARF1
著者: Elegheert, J. / Bracke, N. / Pouliot, P. / Gutsche, I. / Shkumatov, A.V. / Tarbouriech, N. / Verstraete, K. / Bekaert, A. / Burmeister, W.P. / Svergun, D.I. / Lambrecht, B.N. / Vergauwen, B. / Savvides, S.N.
履歴
登録2011年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secreted protein BARF1
B: Secreted protein BARF1
C: Secreted protein BARF1
D: Secreted protein BARF1
E: Macrophage colony-stimulating factor 1
F: Macrophage colony-stimulating factor 1
G: Macrophage colony-stimulating factor 1
H: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,47012
ポリマ－165,1238
非ポリマー2,3464
水00
1
A: Secreted protein BARF1
D: Secreted protein BARF1
E: Macrophage colony-stimulating factor 1
F: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子

A: Secreted protein BARF1
D: Secreted protein BARF1
E: Macrophage colony-stimulating factor 1
F: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子

A: Secreted protein BARF1
D: Secreted protein BARF1
E: Macrophage colony-stimulating factor 1
F: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,20418
ポリマ－247,68512
非ポリマー3,5196
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area32770 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area89330 Å2
手法PISA
2
B: Secreted protein BARF1
C: Secreted protein BARF1
G: Macrophage colony-stimulating factor 1
H: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子

B: Secreted protein BARF1
C: Secreted protein BARF1
G: Macrophage colony-stimulating factor 1
H: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子

B: Secreted protein BARF1
C: Secreted protein BARF1
G: Macrophage colony-stimulating factor 1
H: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,20418
ポリマ－247,68512
非ポリマー3,5196
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area32630 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area88770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.240, 235.240, 95.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Secreted protein BARF1 / 33 kDa early protein / p33


分子量: 23412.654 Da / 分子数: 4 / 変異: T169S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: BARF1 / プラスミド: pHLSec / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03228
#2: タンパク質
Macrophage colony-stimulating factor 1 / CSF-1 / M-CSF / MCSF / Lanimostim / Processed macrophage colony-stimulating factor 1


分子量: 17868.219 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 33-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: P09603
#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris HCl, 1.0M ammonium sulphate, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9714 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日
放射モノクロメーター: Bartels monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→58.81 Å / Num. all: 25862 / Num. obs: 25862 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.41→3.5 Å / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_874) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.414→40 Å / SU ML: 1 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2735 1296 5.01 %RANDOM
Rwork0.2314 ---
all0.2336 25859 --
obs0.2336 25859 96.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.999 Å2 / ksol: 0.296 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9074 Å20 Å20 Å2
2---5.9074 Å20 Å2
3---11.8149 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.414→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10531 0 156 0 10687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64314855
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3624041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381696
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021869
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.414-3.55070.3151430.2846257492
3.5507-3.71220.3411430.2759273797
3.7122-3.90790.32221450.2461279898
3.9079-4.15270.2711440.2171277397
4.1527-4.47320.24411450.203272298
4.4732-4.92320.25771450.2043277497
4.9232-5.63510.28181440.2223274997
5.6351-7.09770.26871420.2339272797
7.0977-58.81870.24231450.2348270995

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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