PDB-3uel: Crystal structure of the catalytic domain of rat poly (ADP-ribose...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3uel

タイトル

Crystal structure of the catalytic domain of rat poly (ADP-ribose) glycohydrolase bound to ADP-HPD

要素

Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

キーワード

HYDROLASE / mammalian PARG / macrodomain / ADP-HPD

機能・相同性

機能・相同性情報

POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / detection of bacterium / regulation of DNA repair / positive regulation of DNA repair / carbohydrate metabolic process / DNA damage response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kim, I.K. / Kiefer, J.R. / Stegemann, R.A. / Classen, S. / Tainer, J.A. / Ellenberger, T.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of mammalian poly(ADP-ribose) glycohydrolase reveals a flexible tyrosine clasp as a substrate-binding element.
著者: Kim, I.K. / Kiefer, J.R. / Ho, C.M. / Stegeman, R.A. / Classen, S. / Tainer, J.A. / Ellenberger, T.

履歴

登録	2011年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3uel.cif.gz	620.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3uel.ent.gz	514.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3uel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3uel_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3uel_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3uel_validation.xml.gz	57 KB	表示
CIF形式データ	3uel_validation.cif.gz	76.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3uel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/3uel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uekC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uek-d 6rre-5 2f90-d 2zif-d 1xpu-1 6ome-d 6zvn-d 2a9j-d 6myv-4 2no0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

B: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

C: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

205 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	130.773, 195.989, 163.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.988584, 0.039094, -0.145508), (0.054861, 0.992854, -0.105978), (0.140325, -0.112751, -0.983665)	136.62363, -3.28051, 16.33627
3	given	(-0.994212, -0.053887, -0.092947), (0.047685, -0.996565, 0.067701), (-0.096276, 0.062876, 0.993367)	135.74771, -4.44907, -19.35456

#1: タンパク質	Poly(ADP-ribose) glycohydrolase 分子量: 67780.156 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 385-972 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Parg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QYM2, poly(ADP-ribose) glycohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-A1R / 5'-O-[(S)-{[(S)-{[(2R,3R,4S)-3,4-DIHYDROXYPYRROLIDIN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]ADENOSINE / アデノシン5′-二りん酸β-[(3β,4β-ジヒドロキシピロリジン-2α-イル)メチル] 分子量: 542.332 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₆O₁₂P₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16-20% PEG2000 monomethylether, 0.1M Tris-HCl pH7.5, 0.1M NaCl. 0.2M potassium thiocyanate. 200 uM ADP-HPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.12712 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月8日
放射	モノクロメーター: Cryo-cooled Si(111) double crystal プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12712 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→30 Å / Num. obs: 35972 / % possible obs: 90.1 %
反射シェル	解像度: 3→3.08 Å / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 60.053 / SU ML: 0.474 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.5 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27378	1946	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2455	-	-	-
obs	0.24694	35972	89.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 106.691 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11847	0	105	0	11952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	12271
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	8049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.404	1.96	16773
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.124	3	19581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.371	5	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.76	23.596	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.157	15	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.746	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	13901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2588
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.081 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	141	-
R_work	0.297	2677	-
obs	-	-	97.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3795	-1.0368	0.3202	6.2532	-0.1203	1.0588	-0.1584	0.0254	0.4762	0.3885	-0.1592	0.1577	-0.0971	-0.1409	0.3177	0.2664	0.0242	-0.1184	0.26	-0.1241	0.3058	48.0462	31.6082	5.8255
2	2.9697	2.8213	-0.0624	7.294	0.9067	1.562	0.1354	-0.6695	-0.1405	-0.2857	-0.6264	-0.4057	0.0861	-0.0443	0.491	0.4158	-0.0512	-0.1405	0.4804	0.0322	0.3857	88.06	32.3561	19.4844
3	1.4583	-2.2676	0.5783	7.6228	-1.1953	2.8562	0.6344	0.6283	-0.3528	-1.0266	-0.6285	0.5934	0.5776	0.2277	-0.0059	0.4496	0.2572	-0.2122	0.5806	-0.1152	0.1378	86.7766	-27.7496	36.0505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	438 - 958
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	438 - 958
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	438 - 958

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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