- PDB-3uek: Crystal structure of the catalytic domain of rat poly (ADP-ribose... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3uek
タイトル
Crystal structure of the catalytic domain of rat poly (ADP-ribose) glycohydrolase
要素
Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
キーワード
HYDROLASE / mammalian PARG / macrodomain
機能・相同性
機能・相同性情報
POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / regulation of DNA repair / detection of bacterium / positive regulation of DNA repair / carbohydrate metabolic process / DNA damage response ...POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / regulation of DNA repair / detection of bacterium / positive regulation of DNA repair / carbohydrate metabolic process / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能
解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 43903 / % possible obs: 98.1 %
反射 シェル
解像度: 1.95→2 Å / % possible all: 85.4
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
HKL-2000
データ収集
SOLVE
位相決定
REFMAC
5.6.0117
精密化
HKL-2000
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 9.187 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21659
2343
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.1805
-
-
-
obs
0.18232
43903
98.08 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK